ルーシ全域が混乱していた1249年、南西ルーシのハールィチ・ヴォルィーニ公ダニールはローマ教皇インノケンティウス4世から王号を受け、塗油と戴冠を受けた。こうしたダニールの動きに、コンスタンディヌーポリ総主教は脅威を感じる。キエフ府主教は先述の通りコンスタンディヌーポリ総主教の影響下にあり、コンスタンディヌーポリ総主教の利害の下に動いていた。ダニールの推挙を受けたキエフ府主教キリルでさえもその例外ではなかった。荒廃したキエフからの遷座[8]の行き先を決めるさい、親ローマの旗幟を鮮明にするハールィチ・ヴォルィーニ大公ダニールとは距離を置いたキリル府主教が着目したのは、ローマとの対決姿勢を鮮明にする北東ルーシのウラジーミルであった。

キリルはウラジーミルへの遷座の準備を精力的に進めたが、実現前に永眠する（1282年）。その後、北東ルーシ諸公の抗争の為に遷座は暫く延期されたが、戦乱が収束した1299年、キリルの後継であるキエフ府主教マクシモスはウラジーミルへの遷座を実行した。

府主教マクシモスは「キエフ及び全ルーシの府主教」の称号を初めて用いた府主教でもある。ウラジーミルへの遷座後もこの称号は維持され、キエフ及びルーシの府主教マクシモスは「ウラジーミル主教」を兼任。それまでのウラジーミル主教はロストフ主教に転出した。これはルーシの安定を志向した府主教座が、自らの称号に「全ルーシ」を加える事によって、ルーシが一体となった安定した姿を理想として提示しようとした意思表示でもあったとされる。「キエフ」の名を残したのは、キエフ以外の都市名を冠した第二府主教座の設置が、ルーシの教会組織の統一性の阻害要因になると判断された為であった。

遷座により、モンゴルやローマカトリック諸国からの直接的脅威から免れるという目的は達成された。だがこれ以降、理想的状況とは程遠い北東ルーシ諸公の抗争が特にトヴェーリとモスクワの間で戦われていく中、キエフ府主教座は否応無しに政争に巻き込まれ、あるいは政争に介入せざるを得ない局面が生まれてくる事になる。

キエフ及び全ルーシの府主教座は、1325年頃以降、モスクワへその根拠地を移転していく事になるが、これが定着するまでにはなお紆余曲折があった（後述）。

荒野修道院の成立

14世紀・15世紀はロシア正教会の修道院の歴史において重要な運動が起きた世紀である。先述したキエフの洞窟修道院にみられる通りそれまでのルーシにも修道院は存在していたが、モスクワ対トヴェーリの抗争が終息に向かい平和が訪れたルーシで、中部・北部ロシアの原生林に多くの荒野修道院が建設されていった。これはビザンツ帝国（東ローマ帝国）で起きていたヘシュカスム[9]が修道士のネットワークを通じてもたらされた刺激の結果でもあった。ロシアの広大な原生林での苦行・労働・祈りを通した修行は、中東の正教会の修道士が行っていた砂漠での修行と似通ったものとして捉えられた[10]。至聖三者セルギイ大修道院のパノラマ

1345年、のちに至聖三者セルギイ大修道院に発展する修道院がラドネジのセルギイにより創始された。当初は小さな木造教会を有するだけの修道院だったが、こうした荒野修道院運動の主要な担い手として瞬く間に修道院の規模は拡大。至聖三者セルギイ大修道院からだけでも8つの都市修道院、27の荒野修道院が生まれている。至聖三者セルギイ大修道院は後々、帝政ロシア・現代ロシアに至るまで、ロシア正教会最大級の修道院として大きな影響力を有する事となる。

ソロヴェツキー諸島の修道院群も、1429年にサヴァーチイにより、その基礎となる僧庵が建てられた事に出発している。サヴァーチイの死後、ノヴゴロド出身のゾシマが白海修道院を建設し、修道院群発展の道筋をつけた。のちのソ連時代に強制収容所に転用された事もある（後述）ほどその環境は過酷なものであるところに、当時の荒野修道院の目指した土地の有り様が垣間見える。

自給自足を原則とした農業共同体としての修道院は、ルーシの精神面・物質面に多大な影響を及ぼした。アンドレイ・ルブリョフのイコン「至聖三者」

精神面ではモンゴルによる恐怖政治と相次ぐ戦乱にあえいでいた人心の安定に大きく寄与した。また当時の修道士達の足跡は、後代、ロシア正教会のみに留まらない正教会全体に大きな影響を及ぼすものとなった。当時活躍したイコン画家であり修道士でもあったアンドレイ・ルブリョフのイコン「至聖三者」は、正教会のみならずカトリック教会でも使用される事がある。

物質面では無人の原生林を開拓して国土開発を行った。14世紀に至るまで戦乱の為に行われる事の無かった西欧の農業技術（輪作）の導入を行う主体ともなり、ルーシの農業技術の改良にも貢献する事となった。

第二の府主教座設置要求による動揺

トヴェーリとモスクワの抗争、そしてリトアニア大公国とモスクワの抗争を通じ、「キエフ及び全ルーシの府主教」を誰が保護下に置くのか、そして「キエフ及び全ルーシの府主教」が誰を保護者として選ぶのかは重大な問題であり続けた。府主教座の掌握は、全ルーシ支配の正当性をもたらすものだったからである。イワン・カリターは1328年、ウラジーミルからモスクワに府主教を移動させる事に成功し、モスクワによる全ルーシ支配の正当性を得る礎を築いた。

キエフ府主教の北東ルーシへの遷座に伴い、ある種の置き捨てられた感を持った南西ルーシ諸公と、南西ルーシに自らの影響下にある府主教座を置くことで南西ルーシの正教徒への支配権確立の正当化を画策するリトアニア大公国[11]は、新たな府主教座の設置をコンスタンディヌーポリに要求していく事になった。こうした要求には本来、全ルーシを管轄する者は名義通りキエフに所在しなければならず、ウラジーミルにとどまらないモスクワへの遷座は認められないという主張を伴っていた。これはもっともな理屈ではあったが、ウラジーミルに遷座した上にモスクワへの事実上の遷座を行った事には確かに疑問が大きかったとはいえ既にキエフ府主教が居る以上、キエフに重複する府主教座を設ける事が教会法違反であった事も確かであった。ましてモンゴル系汗国やカトリック諸国からの軍事的脅威を避けるためという止むを得ない事情によって北東ルーシへ拠点を移した府主教座にとって、このような論は当然認められるものではなく、第二の府主教座設置はルーシ分裂の契機とも成り得る危険を孕むものであった。