20世紀に入ると清朝は北方の自国領の人口密度を高くすることでロシア側の侵略を防ぐ政策を実施し、それまでの辺境への漢人入植制限を廃止した。内モンゴルでは遊牧地が漢人により耕地に変えられ、モンゴル民族のうちに反漢・独立感情が高まり、反漢暴動が頻発した。中には貴族のトクトホのように「馬賊」となり漢人襲撃を繰り返す者もいた。一方で知識人ハイシャンらは漢人商人の活動に反発を覚えてはいたが、未だ危機感の薄かった外モンゴル地域と連携して独立を達成することを画策。外モンゴル貴族のツェレンチミドらと協力し外モンゴル諸侯に独立のための説得工作を行った。
1911年に辛亥革命が起こると、すでにハイシャンらの説得工作が功を奏し、ロシアに独立のための財政援助を求めていたハルハ地方（外モンゴルの多くの地域）の王侯たちは清からの独立を宣言。モンゴルにおけるチベット仏教界で最高権威かつ民族全体のシンボルとして君臨していた化身ラマ（活仏）のジェプツンダンバ・ホトクト八世をモンゴル国の君主（ハーン）として推戴し、ボグド・ハーン政権を樹立した。1913年には、チベットとの間で相互承認条約を締結した。統治機構は清朝の整備したものをほぼそのまま利用することで、スムーズな政府の設置ができた。ただ内モンゴルとの連携については、内モンゴル解放軍を派遣し、一時的には内蒙古の大部分を制圧したが、モンゴルの後ろ盾として経済的、軍事的支援を行っていた帝政ロシアが中国への配慮から、内蒙古からの撤退を要求、撤収を余儀なくされた。
1915年、キャフタ条約で中国の宗主権下での外モンゴル「自治」のみが、清の後を引き継いだ中華民国（以後、中国とする）とロシアによって承認されるが、内モンゴルについてはこの地への進出をうかがっていた日本に配慮して現状維持とされた。また、内モンゴルでも外モンゴルの独立に呼応する動きが見られたが、内モンゴルのかなりの地域が漢人地域になっており中国が手放そうとしなかったこと、モンゴル人の間で統一行動が取れなかったことなどから内外モンゴルの合併には至らず、以後別々の道を歩むことになる。
1917年、ロシア革命が勃発して力の空白が生じると中国は外モンゴルでの勢力回復に乗り出し、1919年には自治を撤廃するが、1920年10月、赤軍との内戦で不利な状況に追い込まれていたウンゲルン率いる白軍が体制の建て直しのためにモンゴルへと侵入して中国軍を駆逐、ボグド・ハーン政権を復興させた。しかし、ウンゲルンの残虐な行動に人心が離反、そんな中でボドー、ダンザン、スフバートル、チョイバルサンら民族主義者、社会主義者はモンゴル人民党（後のモンゴル人民革命党）を結成、ソビエトの援助を求めた。これに応じた赤軍や極東共和国軍はモンゴルに介入し、7月にジェプツンタンパ八世を君主として戴いたままモンゴル人民政府を樹立した。こうして立憲君主制国家としてスタートすることになった新生モンゴルだが、1924年にジェプツンタンパ八世の死去を契機に人民共和国へと政体を変更、モンゴル人民共和国（社会主義国）が成立した。なお、これら一連の動きや内モンゴルとの連帯において、リンチノらブリヤート・モンゴル人の活躍や理論的支えが大きく貢献していた。ブリヤート人の活動なしにはこの独立はありえなかったであろうが、モンゴル国では彼らを過小評価しがちである。
モンゴル人民共和国は、1924年-1928年ダンバドルジ政権の下、狭量な社会主義政策にとらわれない開明的諸策を打ち出したが、コミンテルンの指導、ソ連からの圧力により、中ソ対立以後も徹底した親ソ・社会主義路線をとることになる（一方ソ連側は一時期モンゴルを第16番目の共和国としてソ連に加えようとしていたとの説もある。）。1929年-1932年には厳しい宗教弾圧と遊牧の強制集団化など急進的な社会主義政策をとるが、各地で国民の約45％が参加した暴動が発生、多くのチベット仏教僧、富裕遊牧民が暴動の指導者として虐殺された。その後は急進的な政策はやや緩和され、教育や産業の充実が図られたたものの、反革命のかどで粛清された国民はかなりの数に上った。なお、モンゴル人民革命党は共産党であったことは一度もなく、「モンゴル共産党」への改名申請を時期尚早としてソ連に却下された経緯がある。
モンゴルのスターリンと呼ばれ軍人スフバートルと共に革命の中心メンバーの一人であり、1930年代より指導者であったチョイバルサンは1930年代後半から仏教徒、親ソ派に対立する政治家、文学者などを日本帝国主義のスパイ等の理由をつけ粛正し、コミンテルンの指示でモンゴル語からモンゴル文字を廃止しキリル文字使用を決めるなどした。チョイバルサン時代にスパイとして粛清された人物としてはゲンデン首相が有名である。チョイバルサンは1952年に死去するまで独裁政治を行った。後継者であるツェデンバルは、西部の少数民族の出身ながら粛清による極端な人材不足に乗じて一気にトップに昇りつめ、ロシア人の夫人とともに数十年間にわたってモンゴル人民共和国を支配したが、1984年に健康上の理由に（認知症との説が有力）より書記長を事実上解任され、テクノクラート出身の実務派であるバトムンフが書記長に選ばれた。バトムンフはモンゴルのゴルバチョフと呼ばれ、ソ連のペレストロイカに呼応した体制内改革を行った。
近代のモンゴルと外国との戦争は第二次大戦中、1939年に現在の中国領であるノモンハン（モンゴル語ではハルヒンゴル/ハルハ河）で日本軍・満州国軍とモンゴル人民軍・ソ連赤軍連合軍と軍事衝突したハルハ河戦争（ノモンハン事件）のみで、それ以降は殆ど諸外国とは戦争は行ってないが中国とは中ソ対立でモンゴルがソ連を支持したことによる政治的対立があった。
1989年末、ソ連・東欧情勢に触発されてモンゴルでも反官僚主義・民主化運動が起き、年明けの1990年春には、初めて日本を公式訪問したソドノム閣僚会議議長（首相）の決断により、一党独裁を放棄した。1992年にはモンゴル人民共和国からモンゴル国へと改称、新憲法を制定し、社会主義を完全に放棄した。