フリーエージェントに関する問題でで経営者サイドと選手会が折り合わず、6月12日からストライキを決行した。ストライキは50日間に及び、スト解除は7月31日であった。そのため、この年はレギュラーシーズンが前後期制となった。
この年のストライキは越年し、メジャーリーグベースボール史上最大となった。オーナーがチームの総年俸に上限を定める「サラリーキャップ制度」を導入しようとしたものの、選手会側がこれに反発しレギュラーシーズン途中の8月12日からストライキを行った。ストライキは232日間にも及び、この年は残りの公式戦やプレーオフはもちろん、第二次世界大戦中も中止にならなかったワールド・シリーズも中止になってしまった。早期解決を促すべく翌1995年2月にはクリントン大統領（当時）も調停に入るが、調停は失敗に終わった。ストライキは4月1日をもって解除されたが、この年の大リーグ開幕は4月25日と例年より約1ヶ月遅ることとなった。当初は4月2日開幕の予定だった。なお開催が中止されたワールドシリーズに代わり、アメリカの一部では日本の日本シリーズが中継された。
これがもとでサラリーキャップ制度導入は中止となり、その後の話し合いでいわゆるぜいたく税の制度が導入された。これはチームの総年俸が一定額を超えた場合、そのチームから超えた分の一定の割合をぜいたく税として徴収し、総年俸の低いチームへ還元するというものである。このストライキでは大規模なファン離れが生じ、1997年のインターリーグ導入の契機にもなった。
実際には実行には移されなかったが、ストライキが行われる直前まで至った。年俸総額や球団削減などを織り込んだ新労使交渉が選手会とオーナーの間で折り合わず、8月30日までに妥結されない場合はストライキを決行することにした。ストライキ開始日となる8月30日が近づいても交渉はこう着状態のままでストライキ回避は不可能と思われていたが、ストライキ決行日に決めていた8月30日に事態は急転し交渉が妥結され、ストライキは回避された。急転妥結の原因として、1994年のストライキによる野球離れの再来を労使ともに警戒したためとされる。
2002年8月に妥結された労使協定は2006年12月19日までとなっており対応が注目されたが、2006年10月24日に過去最長となる5年間の新労使協定を締結。今回の契約内容には、2011年12月までストライキや施設封鎖（ロックアウト）が行われないことなどが盛り込まれている。
現在コミッショナーを務めているバド・セリグ・コミッショナーは、かつて収益や観客動員の少ないミルウォーキー・ブルワーズのオーナーを長年務め、チームの経営難に苦慮した経験を持っていたため、コミッショナーに就任して以来戦力均衡策の導入に積極的だった。インターリーグ（交流戦）、プレーオフでのワイルドカード、年俸総額が一定の額を超えたチームに課徴金（Luxury Tax、ぜいたく税）を課す課徴金制度などを導入した。1965年に導入されていた完全ウェーバー制ドラフトなどもあり、2001年以降ワールドシリーズの優勝チームが毎年入れ替わっている。ただし、所属選手の年俸総額を比較すれば各チームの戦力差に大きな開きが有るのは事実である。たとえ制度を充実させても、補強に積極的なチームとそうでないチームがあるため、必然的に戦力に差が出てきている。また、サラリーキャップ制や収益の完全分配などを導入することも検討されている。
MLBの収益分配制度は2つある。1つ目はBase Planと呼ばれるもので、各チームの純収入（総収入から球場経費を除いた額）に20%課税し、各チームから集められた課税金の4分の3が全チームに均等に分配され、4分の1が全チームの平均収入を下回るチームに下回る額に比例して按分分配するという内容（スプリット・プール方式）である。1996年に導入され、その後、2002年8月に締結された労使協定で、税率が34%で課税額の全てを全チームに均等分配する内容（ストレート・プール方式）に改められた。2つ目はCentral Fund Componentと呼ばれるもので、収入の高いチームに課税して、一定の規則のもと収入の低いチームに再分配するという内容（スプリット・プール方式）。
この制度の目的は、収入の低いチームにより多くの分配金を分配することで収支を改善し、戦力均衡を促すことにあった。ところが、チームがポストシーズンに進出できなくなると球団側は有力選手を放出し、チーム全体の年俸総額を下げて多額の分配金を受け取ることを画策するようになり、結果的に戦力の均衡は達成できなかった。
そのため、2002年8月に締結された労使協定において、球団側が選手に支払う年俸総額が一定額を超えた場合、超過分に課徴金を課す「課徴金制度」（Luxury Tax、ぜいたく税）が導入された。4年間に一定額と超えた回数に応じて税率を引き上げていく内容となっており、2003年は40人枠の年俸総額が1億1,700万ドルを超えたチームは超過額の17.5%を課税される。以降、2004年は1億2,050万ドルで1回目22.5%・2回目30%、2005年は1億2,800万ドルで1回目22.5%・2回目30%・3回目40%、2006年は1億3,650万ドルで1回目0%・2回目40%・3回目40%・4回目40%課税されることとなっており、年俸の高騰を抑制し戦力の均衡を図った（ポスティングシステムによる入札金に、課徴金制度は適用されない）。その結果、2001年以降ワールドシリーズの優勝チームが毎年入れ替わるなど一定の成果を上げている。
また、2006年10月24日に締結された新労使協定では、Base Planにおける税率が34%から31%に変更され、またCentral Fund Componentでは、Base Planで再分配される全額の41.066%分の額が、Base Planで支払う側のチームから受け取る側のチームにBase Planとは別に再分配されるよう変更された。支払う側のチームの負担額は、各チームの収入が全チームの平均収入の超過分に応じて、Base Planの41.066%分の額が按分徴収され、その徴収額は受け取る側のチームにスプリット・プール方式で再分配される。それと同時に、チームの収入の定義を「過去3年間の平均値（変動制）」から「2005 - 2006年の実績値と2007 - 2008年の売上げ予測の平均値（固定制）」に変更された。
チーム収入の定義が変動制から固定制に変更されたことにより、各チームの収入増減が分配額に影響しないようになった。この結果、全チームの限界税率は31%で統一され、安易な有力選手の放出が抑制されるため戦力が均衡しやすくなっている。
他にも、課徴金制度の2007年の年俸総額の一定額が1億4,800万ドルに設定され、以降1年ごとに5％ずつ増加する。また、選手の最低年俸は、2006年の32万7,000ドルから2007年は38万ドルに変更され、以降1年ごとに1万ドルずつ増える。
なお、日本のメディアにおいて「ぜいたく税制度によって徴収された課徴金は年俸総額の低いチームに配分される」と報道されることがあるが、これは上述のCentral Fund Componentと混同した誤りである。課徴金は収益分配の対象ではない。 徴収されたぜいたく税は、最初の250万ドルが内部留保され、それを超えた額については、75%が選手の福利厚生財源として、残りの25%が“業界成長基金”（IGF:Industry Growth Fund）の財源として用いられることになる。IGFは1996年の労使協定において、アメリカやカナダをはじめとする全世界で野球を普及させる目的で設置されたものである[3][4][5]。
MLBのテレビ放映権は、全国放送に限りMLB機構が管轄し、ローカル放送は各チームがFOXスポーツネット（FSN）に代表されるローカルスポーツ専門チャンネル（Regional Sports Network）や地元放送局などと直接契約を結んでいる。ただし、WGNやTBS（ターナー・ブロードキャスティング・システム）のようなスーパーステーションと契約しているチーム（WGNはシカゴ・カブスとシカゴ・ホワイトソックス、TBSはアトランタ・ブレーブス（2007年シーズンまで））の試合は結果的に全米で視聴可能となるため、放送局はチームに支払う放映権料とは別に機構に対していわゆる「スーパーステーション税」を支払う必要がある。