1962年、アプラ党による選挙不正に抗議するために決起した軍事クーデターは、ペレス・ゴドイ将軍を首班にして、農地改革法などを施行した。現在、ペルーではこのクーデターがペルー史の一大転換点であったとされている。
選挙監視内閣だったゴドイ政権は1963年の選挙が終わり、人民行動党のベラウンデ・テリー政権が軍部の支援で誕生すると解散した。穏健的改良主義者だったベラウンデは軍部の意向を反映して農地改革などを行ったが、ベラウンデはすぐに改革を放棄すると、農村問題とIPC（インターナショナル石油）問題でつまずき、IPCとの間のタララ協定で発覚したスキャンダルが国民の強い不満を引き起こした。
こうした状況の中で1968年10月3日、フアン・ベラスコ・アルバラード将軍による軍事クーデターによりベラウンデは失脚した。クーデターを起こしたベラスコ将軍は、これまでの軍事政権とは打って変わって反米と自主独立を旗印に「ペルー革命」を推進することを約束し、独自の「軍事革命路線」によって外国資本の国有化や第三世界外交が展開された。
貧しい生まれだったベラスコ将軍はかつてトゥパク・アマルー2世が掲げた標語を再び掲げ、革命後すぐに司法改革がなされた。農地改革が推進されてコスタの大農園は次々に解体されて多くの土地が小作人に分与され、「40家族支配」体制と呼ばれていたペルーの伝統的な地主寡頭支配層の解体が行われた。それまでアメリカ合衆国一辺倒だった外交が、第三世界を中心に多角化され、キューバやチリ（同時期にチリで似たような改革を進めていたチリ人民連合のサルバドール・アジェンデ大統領は、ベラスコを「同志」と呼んだ）といった域内の左派政権との関係改善が行われ、兵器輸入を中心にソ連との関係も深まった。日本との交流が深まるのもこの頃である。
また、将軍は先住民をカンペシーノ（農民）と呼ぶようにし、以後政府の文書で侮蔑的な響きのあったインディオという言葉が使われることはなくなった。 任期の最後の年にはケチュア語が公用語となったが、軍部主導で国民の広範な支持を得られなかった革命は、ポプリスモ的な分配による対外債務の増加、軍部とアプラ系の労組との衝突や、人民の組織化の失敗などもある中で、将軍は自身の体調の悪化と経済政策の失敗により、将軍の失脚をもって1975年に終焉した。
1975年、軍部内右派と左派の妥協により、軍内中道派のモラレス・ベルムデスが大統領となった。モラレスは「革命の第二段階」を称していたが、1976年5月には事実上のIMF管理下に置かれるなど革命からの後退が続き、国民の反軍感情の高まりの中、軍は名誉ある撤退を掲げて1978年6月には制憲議会が開かれ、軍部とアプラ党の歴史的な和解の中で、非識字層に投票権を認めた1979年憲法が制定された。
1980年には選挙によって民政に移り、再び人民行動党のベラウンデ・テリー政権が誕生した。しかし、災害や不況で政権運営は多難を極め、ベラスコ時代に地主層が解体された後の、農村部における権力の真空状態を背景に、センデロ・ルミノソなどのゲリラ勢力が力をつけてきた。また、1984年にはキューバ派のトゥパク・アマルー革命運動（MRTA）が都市を中心に武装闘争を始める。
1985年、当時32歳だったアラン・ガルシア大統領を首班とする「アメリカ人民革命同盟」の政権が発足し、アプラ党が結成以来ようやく61年目にしてはじめての政権を握った。国民の支持を背景に民族主義を掲げ、外交ではIMFへの債務の繰り延べなどの強硬な路線をとる一方で、内政では貧困層の救済に尽力した。しかしセンデロ・ルミノソをはじめとする農村部での極左テロ組織の攻撃が多発した。また、このようなポプリスモ経済政策は行き詰まり、任期の後半の1988年にはインフレーションの発生と治安悪化が大問題となり、国民の支持を失って退陣した。
1990年当時にはセンデロ・ルミノソはアヤクーチョを中心にシエラの大部分を占領し、パンアメリカンハイウェイや主要幹線道路までがセンデロ・ルミノソに押さえられてリマは包囲され、センデロ・ルミノソによる革命が間近に迫っているかのように思われた。
このような危機的状況下にて行われた大統領選挙では、ノーベル文学賞作家のマリオ・バルガス・リョサを破って「変革90」を率いた日系二世のアルベルト・フジモリ（フヒモリ）が勝利し、フジモリは南米初の日系大統領となる。綱領も示さないまま、既存政治勢力への失望の結果により当選した彼は、それでも「フジ・ショック」と呼ばれたショック政策によるインフレ抑制と、財政赤字の解消による経済政策を図って、新自由主義的な改革により悪化したペルー経済の改善を図り、農村部の農民を武装させたゲリラ対策により治安の安定に一部成功するなど素人とは思えない業績を残した。
しかし、このような強権的なやり方が反発され、また議会を自らの行った改革の障害と見做すと、1992年4月5日にはフジモリは議会を解散し、憲法を停止して非常国家再建政府を樹立した。このようにして確立した権力を最大限に活用して、センデロ・ルミノソの首謀者グスマンを逮捕し、組織を壊滅状態に追いやるなど治安回復に大きな成果を挙げたが、この自主クーデターは、アメリカ合衆国や、ヨーロッパ諸国から「非民主的」と非難された。1994年からは軍部よりの政策になると首相辞任などの政治混乱を招いたが、自らの再選を認める1993年憲法を公布した後に、1995年の選挙で再任した。
フジモリ政権は日本との友好関係を強化し、日本はこの時期にペルーへの最大の援助国となったが、これを原因として1996年にトゥパク・アマルー革命運動による日本大使公邸占拠事件が発生した。
また、こうした中で、1998年にはエクアドルとの国境紛争に勝利し、両国の間で長年の問題となっていた国境線を画定することになる。
2000年にはフヒモリは強引なやり方で三選を果すが、徐々に独裁的になっていった政権に対する国民の反対運動の高まりや、汚職への批判を受け、11月21日に訪問先の日本から大統領職を辞職した。顧問のモンテシノスに行わせていた買収工作や諜報機関の存在が明らかになり、フジモリ政権はペルー史上最大の腐敗政権として幕を閉じた。
2001年の選挙により、「可能なペルー」から先住民初（チョロ）の大統領、アレハンドロ・トレドが就任した。貧困の一掃と雇用創出、政治腐敗の追及を公約とした政権は、しかし経済政策は成果を上げることはできず、国民の支持は下り坂。左翼ゲリラによるテロ活動も復活し治安は悪化している。
2006年の選挙により、アメリカ人民革命同盟（アプラ）から再びアラン・ガルシアが大統領に就任した。
2007年8月15日に発生したペルー大地震によって、死者540人、負傷者1,500人以上、被災者数85,000人が報告されている。
詳細はペルーの政治を参照
大統領を元首とする共和制国家であり、行政権は大統領が行使する。大統領、副大統領共に普通選挙によって選出され、任期は五年。