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2003年度（2003年4月?2004年3月）の調査ではプライムタイムの視聴率が日本テレビを上回った。この結果2004年には「三冠」を日本テレビから奪還し低迷期から脱した。2004年度においては、「四冠」も獲得した。
2004年度からはお笑い系のバラエティ番組だけでなく、『IQサプリ』や『タモリのジャポニカロゴス』、『熱血!平成教育学院』などの教養系なバラエティ番組も多く制作しだした。これは今までこの様な番組を制作していた日テレよりも若干多くなっており、視聴率的にも成功している番組もある。
2008年5月15日、フジテレビは2008年4月に施行の改正放送法に基づく『認定放送持株会社』制への移行を取締役会で決定した。[1]。
その概要は、現在の株式会社フジテレビジョンを純粋持株会社『株式会社フジ・メディア・ホールディングス(FUJI MEDIA HOLDINGS,INC.)』に商号変更、地上波テレビ放送事業は放送免許も含め、分社型新設分割方式によって新設する『株式会社フジテレビジョン（新設会社）』への移管・免許承継する予定。
2008年6月27日、定時株主総会にて放送持株会社制への移行が承認された。今後、主務大臣の認可・法的な処理を実施の上、2008年10月1日から新体制になる予定。
1980年（昭和55年）に掲げた「軽チャー路線」がようやく波に乗り出し、1984年（昭和59年）には年間売上高も開局以来初めて在京キー局でトップに躍り出た。局舎のお台場移転構想が持ち上がったのはこのころである。
当時のフジサンケイグループ議長鹿内春雄が、所用で当時はまだ更地だったお台場を訪れ「テレビ局を運営するならビルの林立した都心よりも、その都心を広々と見渡すことのできるお台場のような場所がいい」と考え、後のフジテレビ役員会議で提唱した。当時の東京都知事鈴木俊一も「情報の集まる所に人は集まる」と考えており、「臨海副都心計画を成功させるためにはお台場エリアに一大エンターテインメントも必要」という方針を打ち出していた。そのようなこともあり、かねてから親交が深かった春雄にフジテレビの誘致を積極的に行っていたことが、この移転構想へつながったと見られている。お台場は当時未開発の地であり、都心と比較しても地価が安く、用地も都から安価で提供してもらえたことも大きく影響した。
当時はレインボーブリッジやゆりかもめはおろか、臨海副都心線さえ開通していなかったことや、都心からも遠いこともあり、ほとんどの役員はお台場移転案に消極的であった。前述のように将来における民放の衛星放送への参画や、それに伴うスタジオの増設、局内のデジタル回線への変更などで当時の河田町の局舎では限界があったため、新局舎の建設が必要であることは役員の誰もが理解していた。このため、再三にわたる議論の末、
河田町の局舎解体後、跡地に新局舎を建て直す案（移転不要案）
都心に近くて広大な土地のある品川区大崎（現在の大崎ニューシティやゲートシティ大崎があるJR大崎駅東口地区）への移転案
春雄のお台場移転案
の3つに絞られた。フジテレビの現場サイドも局舎そのものを観光名所にして、そこから新たな収益構造を作りたいという目的があったため、住宅地のど真ん中にある河田町では地理的に集客力に限界があり、この目的は達成できないとして1.の移転不要案は却下された。また、2.と3.を比べても、お台場は海沿いで眺めも良く、開発されつくした大崎エリアと比べても未開発で集客面でも将来性が大きかったことと、前述の地価の面でも大きく有利に動いた。これに加えて鈴木都知事の協力が得られたことにより、3.の春雄のお台場移転案が決定的になった。
