2002年?2003年にかけて番組数が比較的多かったが、当時地上デジタルテレビ放送の準備による放送機器メンテナンスが相次ぎ放送スケジュールが不安定になり、それに伴う地上波放送の打ち切り・枠廃止も相次いだことから視聴者や制作会社から不満の声が高まり、その影響で関東地区では独立U局でのネットに切り替える作品が相次ぎ（その名残で、現在も関西・中京圏では従来通り系列局の関西テレビおよび東海テレビでの放映作品枠が1本ある）、2004年10月にすべての枠が一旦廃止となった（深夜アニメの項を参照）。
しかし、2005年4月14日から『ノイタミナ』枠でスタートした『ハチミツとクローバー』（木曜深夜0:35?）で復活することになったが、『蟲師』がまたもシリーズ途中で地上波放送では打ち切りになるなど、依然として他局と比べても異常に不安定な放映状況を完全には解消出来ていない。2007年12月現在は『ノイタミナ』枠のほかは土曜深夜に1本（2008年4月からは『二十面相の娘』）放映しているのみである。
関連会社のフジテレビKIDSがBSフジでポンキッキシリーズ（現在は『Beポンキッキ』）などを制作している。2007年3月に『ポンキッキ』が終了して以降、地上波でのレギュラー子供向け番組は消滅している。
毎年恒例の『FNS27時間テレビ』を始め、『FNSドキュメンタリー大賞』『FNSソフト工場』といったコンテンツをFNS各局が総力を挙げて制作。単発でバラエティー、ドキュメンタリー、スポーツ、ドラマ、映画などを放送。ミニ番組についてはミニ番組#フジテレビを参照。
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1991年10月31日 -「とんねるずのみなさんのおかげです」にて、盲腸で入院していた木梨憲武がまるで亡くなったかのような演出を行ない、抗議の電話が殺到あった（→参考記事）。
1993年6月24日 - バラエティー番組『ウッチャンナンチャンのやるならやらねば』の収録中に香港のロックバンドメンバーがセットから転落して死亡。この事故を受けて番組は打ち切られた。
1998年 - 情報バラエティー番組「ウォンテッド!!」で「仕事をマジメにしない自堕落な看護婦」を紹介する際「看護婦（当時の呼び名）の実態」というタイトルで放送し、医師団体から「看護婦のイメージを損ねる」として抗議。その後番組は打ち切られた。
1998年11月29日 - 情報番組『スーパーナイト』で取り上げた隣人トラブルについて、片方の言い分だけを鵜呑みにし、相手方を一方的に非難した内容で放映した。それにより、非難された側の経営する会社が倒産に追い込まれ、娘の婚約が破談になるなどの報道被害を受け、BRC（放送と人権等権利に関する委員会）へ救済を訴えた。BRCはフジテレビの報道姿勢に対し、「人権への配慮が不十分で、放送倫理上問題があった」と認定した。
1999年 - バラエティー番組『愛する二人別れる二人』でやらせが発覚。出演者がやらせを告白した遺書を残して自殺し、スポンサーが降板を申し出たために番組は打ち切られた。
1999年 - 美容師の腕を競わせる番組『シザーズリーグ』に出演していた「カリスマ美容師」が無免許であることが発覚した。同番組のプロデューサーは制作会社からの制作費のキックバックを受けていた事等が発覚し退社。その後、金融業者・無免許美容師・美容院を恐喝し逮捕された。
1999年11月 - 役員待遇であった男性アナウンサー（当時）が同局の公金を横領したとの疑惑が浮上した。公金は政界への工作資金と報道され、男性アナは出演していた報道番組を降板した。しかしアナ本人やフジテレビ側は一切事実関係を明らかにせず、男性アナは定年まで勤め上げた後2年間も役員として同局に在籍していた。
2000年12月24日- アニメ『サザエさん』にて、サンタクロースを題材にした物語を放送したが、サンタクロースは実際は家族の人だったと分かるストーリーだったため、番組を見た視聴者からフジテレビに「子供の夢を壊さないで」などの苦情や抗議があった。
2001年2月3日 - 男性アナウンサー（当時）が自動車運転中に人身事故を起こし、被害者男性が死亡した。アナウンサーは業務上過失致死傷容疑で逮捕されたが、被害者家族と示談が成立して不起訴処分となる。社内での処分は1年間の謹慎であった。
2002年10月25日 - 『FNN報道特別番組』として北朝鮮拉致被害者横田めぐみさんの娘とされているキム・ヘギョンの独占インタビューなどを放送した。放送途中からフジテレビやその系列局に「北朝鮮のプロパガンダに乗せられたのでは」などの抗議があったほか、救う会や家族会などが会見し批判した。
2003年 - 『ネプリーグ』（深夜時代）の番組内で通行人の持ち物をひったくってその被害者と競争するといった企画があり、番組内でラグビーの日本代表ユニフォームを着ていたことから、ラグビー協会抗議、フジテレビ側が謝罪した。
