日本初のテレビアニメ『鉄腕アトム』を放送し、『ゲゲゲの鬼太郎』『世界名作劇場』『科学忍者隊ガッチャマン』や『ドラゴンボール』シリーズを初めとする週刊少年ジャンプの漫画原作作品などの人気アニメ番組を数多く放送するなど、かつてフジテレビは民放一のアニメ局であった。現在でもアニメ番組では視聴率トップクラスの『サザエさん』を、日曜午前9時台には数多くの人気作品を放送している。
しかし、1997年以降、『世界名作劇場』の終了や、ポケモンショック、少子化などで次第に地位が低下し、2001年には平日枠（深夜枠以外）のアニメ番組が消滅した。このはるか前、1980年代まではタツノコプロとの関係が深かったが、1983年の「イタダキマン」の不振がきっかけとなって絶縁し（最後の作品は1985年の「炎のアルペンローゼ」）今日に至っている。2004年には『こちら葛飾区亀有公園前派出所』が終了、『ONE PIECE』も2006年10月より日曜日午前9時半（ローカルセールス枠）からの放送になった事により、ゴールデンタイム枠のアニメ番組は消滅した。
2002年?2003年にかけて番組数が比較的多かったが、当時地上デジタルテレビ放送の準備による放送機器メンテナンスが相次ぎ放送スケジュールが不安定になり、それに伴う地上波放送の打ち切り・枠廃止も相次いだことから視聴者や制作会社から不満の声が高まり、その影響で関東地区では独立U局でのネットに切り替える作品が相次ぎ（その名残で、現在も関西・中京圏では従来通り系列局の関西テレビおよび東海テレビでの放映作品枠が1本ある）、2004年10月にすべての枠が一旦廃止となった（深夜アニメの項を参照）。
しかし、2005年4月14日から『ノイタミナ』枠でスタートした『ハチミツとクローバー』（木曜深夜0:35?）で復活することになったが、『蟲師』がまたもシリーズ途中で地上波放送では打ち切りになるなど、依然として他局と比べても異常に不安定な放映状況を完全には解消出来ていない。2007年12月現在は『ノイタミナ』枠のほかは土曜深夜に1本（2008年4月からは『二十面相の娘』）放映しているのみである。
関連会社のフジテレビKIDSがBSフジでポンキッキシリーズ（現在は『Beポンキッキ』）などを制作している。2007年3月に『ポンキッキ』が終了して以降、地上波でのレギュラー子供向け番組は消滅している。
毎年恒例の『FNS27時間テレビ』を始め、『FNSドキュメンタリー大賞』『FNSソフト工場』といったコンテンツをFNS各局が総力を挙げて制作。単発でバラエティー、ドキュメンタリー、スポーツ、ドラマ、映画などを放送。ミニ番組についてはミニ番組一覧#フジテレビを参照。
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1991年10月31日 -「とんねるずのみなさんのおかげです」にて、盲腸で入院していた木梨憲武がまるで亡くなったかのような演出を行ない、抗議の電話が殺到あった（→参考記事）。
1993年6月24日 - バラエティー番組『ウッチャンナンチャンのやるならやらねば』の収録中に香港のロックバンドメンバーがセットから転落して死亡。この事故を受けて番組は打ち切られた。
1998年 - 情報バラエティー番組「ウォンテッド?13人の金曜日?」で「仕事をマジメにしない自堕落な看護婦」を紹介する際「看護婦（当時の呼び名）の実態」というタイトルで放送し、医師団体から「看護婦のイメージを損ねる」として抗議。その後番組は打ち切られた。
1998年11月29日 - 情報番組『スーパーナイト』で取り上げた隣人トラブルについて、片方の言い分だけを鵜呑みにし、相手方を一方的に非難した内容で放映した。それにより、非難された側の経営する会社が倒産に追い込まれ、娘の婚約が破談になるなどの報道被害を受け、BRC（放送と人権等権利に関する委員会）へ救済を訴えた。BRCはフジテレビの報道姿勢に対し、「人権への配慮が不十分で、放送倫理上問題があった」と認定した。
1999年 - バラエティー番組『愛する二人別れる二人』でやらせが発覚。出演者がやらせを告白した遺書を残して自殺し、スポンサーが降板を申し出たために番組は打ち切られた。
1999年 - 美容師の腕を競わせる番組『シザーズリーグ』に出演していた「カリスマ美容師」が無免許であることが発覚した。
