ハマースとファタハの内部抗争は、連立政権の発足後も続いた。また、イスラエルによって立法評議会（国会）議員が多数拉致されており、立法評議会は事実上機能停止に追い込まれている。両者の内部抗争では、イスラエル・アメリカは一貫してファタハを援助しており、両者が内戦を煽っているとする批判もある（早尾貴紀「 ⇒ハマスとファタハの抗争と連立内閣崩壊を言う前に――意図的な連立潰し」）。イギリスの『ガーディアン』紙によると、中東和平の実務者会議の中で、米国の特使は二度も「この武装衝突はいいね」と放言したという（Karma NABULSI「 ⇒The people of Palestine must finally be allowed to determine their own fate」、「 ⇒Alvaro de Soto's end of mission report」）。
2007年6月11日からの抗争は、本格的な内戦に突入。ハマースはガザ地区を武力で占拠し、ファタハはこれを「クーデター」と批判。背景には、パレスチナ治安維持相で、ハマースと敵対し、また親米派と目されていたムハンマド・ダハランとの抗争があり、またダハラン側が先に手を出していたとする主張もある[1]。結果、ファタハは内閣からの閣僚引き上げを宣言した。6月14日、ファタハのアッバース議長は非常事態宣言を出し、内閣の解散を宣言。6月15日、親米派のサラム・ファイヤドをハニーヤの後任の首相に指名したが、ハニーヤは解散を無効として無視した。ハマースは立法評議会の多数を握っているため、基本法（憲法）上後任の首相もハマースから任命しなければならず、アッバースの行為は違憲とする批判がある（「 ⇒Whose Coup, Exactly? Virginia Tilley, The Electronic Intifada, 18 June 2007」）。ファイヤドは6月17日に「非常事態内閣」として30日間の限定で組閣したが、ハニーヤは組閣は「非合法」と反発。逆にアッバース議長は、ハマースの軍事部門を非合法化する議長令を発表し、「メンバーは処罰する」方針を示した。こうしてパレスチナの政権は、完全に分裂した。イスラエルや米国は、ハマースを排除したファイヤド政権を正式な交渉相手と認めた。また、イスラエルは、差し押さえを続けていた代理徴収した税のファイヤド政権への返還を表明した。6月20日、アッバース議長は「人殺しのテロリストたちとは対話はしない」と、ハマースを相手にしないことを表明した。また、1ヶ月前、ハマースによる暗殺未遂事件があったと主張した。
現在、ガザ地区をハマースが実効支配し、ヨルダン川西岸のみファイヤド政権の支配下にある。もちろん、イスラエルの入植者に占拠されている地域は、いずれの支配も及んでいない。7月2日、イスラエルが差し押さえていた税収の一部引き渡しを受け、ファイヤド政権は17ヶ月ぶりにハマース党員を除く公務員給与の満額支払いを発表。ガザ地区では、ファイヤド政権に従うことを条件に給与を支払うと発表した。
従来、欧米諸国は、経済制裁解除の条件として、早期の総選挙を要求して来た（「 ⇒Various Arab and European countries urge P.A to go for early elections」、英語）。経済制裁による財政難は引き続き続いており、総選挙になれば自国に都合の悪い存在であるハマースの勝利はあり得ない（裏返せば、ハマースを敗北させなければ制裁を止めないと、パレスチナの有権者を脅したと言える）との読みといわれている。結果として、総選挙を経ることなくハマースの排除が実現した形となった。しかし、経済制裁を武器に、選挙により成立した政権を否定する行為に対し、民主主義の否定とする強い批判がある。
パレスチナ囚人保護団体のナファ協会によると、イスラエルは拉致したハマースなどの評議員に対し、釈放の条件として議員辞職するよう脅した。評議員らのほとんどは、「（辞職するくらいなら）喜んでイスラエルの拘置所に留まることを選ぶ」と声明を出した（「 ⇒Israeli interrogators demand detained MP's to resign from their posts」、英語）。
また、日本は2007年6月12日に、いったんはODA再開の意向を麻生太郎外務大臣がパレスチナ側に伝えたが、挙国一致内閣の崩壊で、再び棚上げになった。
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2007年5月20日より、レバノンのナハル・アルバリド・パレスチナ難民キャンプでイスラム教スンニ派武装組織武装組織「ファタハ・イスラム」とレバノン政府軍の武力衝突が起きた。ファタハ・イスラムはファタハとは無関係で、パレスチナ人の組織でもないが、パレスチナ人支援を名目に、合法的にレバノン入国を果たしたといわれる。レバノン政府側は、ファタハ・イスラムが軍組織を攻撃しようとしたことを攻撃の理由に挙げている。ファタハ・イスラム側は「いわれのない攻撃」と反論している。レバノンの国会は、全会一致で難民キャンプへの攻撃を承認した。
アルジャジーラによると、5月23日現在で武装メンバー20人、政府軍兵士32人、民間人27人が殺されたとしている。また、『毎日新聞』によると、5月27日現在で、キャンプにいた難民約4万のうち3分の2は避難したが、銃撃戦の巻き添えや、レバノン人によるパレスチナ人狩りの噂などが立ち、避難に踏み切れない者もいるという。
選挙は中選挙区比例代表並立制。選挙区、比例区共に66議席ずつ。重複立候補制度はない。日本の参議院に近いが、選挙区は完全連記制。また、選挙区は少数派のキリスト教徒枠として6議席があらかじめ割り当てられている。18歳以上の普通選挙。
1996年1月20日に初めて行われ、ファタハが第一党となった。しかし、多くの党派は選挙をボイコットした。
2006年1月15日、二度目の総選挙が行われた。アメリカはハマース躍進を恐れ、ファタハに肩入れする選挙干渉を行ったとも言われた。また、事前にハマースの立候補予定者など300人が、イスラエルに逮捕された。
ファタハは45議席と惨敗し、ハマースは74議席と過半数を獲得する地滑り的勝利を収めた。ファタハの腐敗や、イスラエルによる白色テロを阻止できないことへの不満があり、一方でハマースが社会福祉に力を入れたことなどが勝因と言われる。
