大学院プログラムはハーバード大学の中核である。大学院は、リベラルアーツのGSASなどのほか、ビジネス・スクール（HBS、経営学大学院）、ロー・スクール（HLS、法科大学院）、ケネディスクール（HKS、行政・政治学大学院）、メディカル・スクール（医学）などの専門職大学院がある。ロースクールはハーバードヤード北側、ケネディスクールはヤードから少し離れた場所にある。ビジネススクールはチャールズ川をはさんだオールストン（ボストン）キャンパスに、メディカルスクールは距離的に離れたロングウッド（ボストン）キャンパスにある。これらの大学院は全米で常にトップクラスにランキングされている。ハーバード・メディカル・スクール
GSAS (The Graduate School of Arts and Sciences)GSASは、Faculty of Arts and Sciencesの大学院で、大学院生数は最多。50以上の部局があり、Master of arts (AM), master of science (SM), master of engineering (ME), master of forest science (MFS), the doctor of philosophy (PhD)の学位を出す。Dudley Houseは、ハーバード13番目のハウスとして、大学院生を組織化しているが居住のための寮ではない。ハーバード大学が、不動産部門、アパートを持っており、大学院生のための住居を斡旋している。コナントホールなどの大学院生専用居住施設もある。
ハーバード・ビジネス・スクール
ハーバード・ロー・スクール
ハーバードケネディスクール
ハーバード・メディカルスクールこのメディカルスクールは、マサチューセッツ総合病院の運営を行っている他、いくつかの病院と提携をしている。世界最先端の医療研究も行われている。
他に教育学、デザイン学、公衆衛生、歯学、神学大学院がある。
図書館システムは1530万冊の蔵書を持ち大学図書館として世界最大級の規模を誇る。この規模は、米国議会図書館に次いで全米2位の蔵書数であり、世界では米国議会図書館、大英図書館、フランスのビブリオテーク・ナショナルに次いで4位となっている。図書館システムの中心にあるのは、ワイドナー記念図書館であり、その他、90個あまりの図書館を有する。 例えば、多数の日本語書籍を所蔵するイェンチン図書館やカウントウェイ医学図書館などがある。
ハーバード大学の巨大なシステムを支えているのは、寄付金などを蓄積してきた349億ドル（2007年度・約4兆円）という米国内はもとより、全世界でも飛び抜けて巨大な大学基金とその運用であり、全米2位イェール大学の2倍近くある。年間の寄付金（エンダウメント）は、約800億円。（参考までに、世界的な研究教育拠点の形成と銘打つ日本の21世紀COEプログラムは年間全予算が約370億円である。）
学長：ドルー・ギルピン・ファウスト ⇒w:Drew Gilpin Faustハーバード大学史上初の女性学長にして、史上初の非ハーバード出身の学長である。歴史学者であり、就任前は大学附属のラドクリフ研究所長であった。
プロボスト：スティーブ・ハイマン（医学関係者）
教員数：2,300（うち終身雇用権テニュアを持つもの：870；テニュアを持つ教員数が少ないのが、他の大学と比べた場合の特徴となっている。他大学ではAssociate Professorになるとテニュアを持つ場合が多いが、ハーバード大学は異なる。）
学部生：6,650（男性3,400 女性 3,200）（白人48%、アジア系17%、アフリカ系8%、ヒスパニック8%など）
大学院生：13,000
（GSAS:3,600、ビジネススクール:1,800、ロースクール:1,900、教育学:1,100、メディカル:800など）
大学学費：$34,998(約400万円)（2008年度）(注:2学期分、約8ヵ月分の学費。夏学期を受講すればさらに上乗せされる)
必要経費：$2,000(約23万円)および寄宿費$9,260(約100万円)（食事込み）
政府研究費（2004年度）：FAS（直接経費$80,204,000、間接経費$32,660,000、合計$112,864,000）、メディカルスクール（直接経費$141,587,000 、間接経費$60,062,000、合計$201,649,000）
特徴
歴史的には清教徒会衆派が指導者を育成するために設立したので、現在でも神学校（ディビニティースクール）があり、卒業式にはプロテスタント関係者が参加するなどの関係がある。またキャンパス内にあるメモリアル教会でも宗教関連の行事が開かれる。
ラドクリフ研究所：1879年創立のラドクリフRadcliffe大学は、ハーバード大学関連の女子大学であったが、1999年に完全に吸収されラドクリフ研究所となった。ヘレン・ケラーが卒業したことで知られる（1904年）。
ハーバード大学、イェール大学、プリンストン大学、スタンフォード大学の4大学はHYPSと呼ばれ別格である。ハーバード大学は他に比べ「リベラル」であると言われ、マイノリティーの受け入れにも積極的である。アメリカ合衆国の政権でいえば、前学長がクリントン政権にいたことからわかるように民主党と関わりが深い。ただ、ジョージ・W・ブッシュ現大統領（共和党）がハーバードビジネススクール出身であり、かつてのヘンリー・キッシンジャー氏のように共和党政権の主要人物が教鞭をとっていたことからも単純には議論できない。いずれにしても、アメリカ人の多数にとって、ハーバード大学が特別な意味合いを持つエリート大学であることは間違いない。
東部アイビー・リーグであるハーバード大学、イェール大学、プリンストン大学などのほかに、カリフォルニア州のスタンフォード大学の間で、大学院進学時に学生の移動が頻繁に見られる[要出典]。
ハーバード大学の学部教育の問題として、マイノリティへの成績の付け方が他大学に比べ甘いこと、また実際の教育が教授でない教員（フェロー）によって行われている実態があることが指摘されている。これは教授が研究や大学院教育に重点を置いているためであるが、教授が学生の指導を密接に行うリベラルアーツ・カレッジとの違いになっている。
