一般的にタイムズはリベラルな論調を持つとされる。これは政治記事と社会記事において顕著である。もっとも日本と違って、アメリカでは大統領選挙などで新聞が特定候補の支持を鮮明にするなど、政治色を強く打ち出すことは許容されている。保守系テレビ局のFOXテレビのFOXニュースから近年、一貫して攻撃を受けている。
マサチューセッツ工科大学のリカルド・パグリシは2004年に " Being the New York Times: The Political Behaviour of a Newspaper " という論文を発表した。この中で彼は1946年から1994年の期間におけるタイムズ紙の取り上げた記事を調査し、タイムズが民主党支持であることを統計から立証している。例えば大統領選では優先的に民主党候補を取り上げ、対立する共和党候補については小さな記事で扱う、などである。
特集項目の中の芸術関連記事（主要項目を参照）における政治的コメントについてはジャーナリズムにおけるバイアスの典型であるとの指摘もある。例として、A・O・スコットの映画評論記事は時折保守派に対する皮肉が散見され、フランク・リッチ執筆のアート関連コラムでは頻繁に芸術とは関連性の薄い保守派攻撃がなされている。一方これらは筆者のユーモアであるとの意見も存在する。
タイムズの専属コラムニストにより執筆される Op-Eds については他の紙面に比べ独立性が高く政治的偏向も少ないとされる。しかしこのセクションについても政治的中立性が批判されることがある。
2008年時点におけるコラムニストの政治的スタンスは一般的に、モーリーン・ダウド、ポール・クルーグマン、ボブ・ハーバートが左派、ニコラス・D・クリストフが中道左派、トマス・フリードマンが中道右派、ディヴィッド・ブルックスとジョン・ティーニーが右派、ウィリアム・クリストル（ネオコンの始祖に数えられるアーヴィング・クリストルの息子）が強固な右派とされている。しかしこれらのコラムニストをアメリカの政治的スペクトラムで色分けすることは過度の単純化であるとの批判も存在し、実際、民主党は左派、共和党は右派とのされる中で、共和党ジョージ・W・ブッシュ政権への厳しい批評で知られるモーリーン・ダウドは、民主党ビル・クリントン大統領の弾劾裁判の記事でピューリッツァー賞を受けており、派閥ごとの立場をそれぞれのコラムニストが擁護しているとの意見は短絡的である。
2002年11月25日、紙面のトップ記事として "女性選手のオーガスタ参加について沈黙を続けるCBS" との記事を掲載した。この記事ではマスターズ選手権の主催者であるオーガスタ・ゴルフクラブが女性ゴルファーの参加を拒否している問題を扱い、ボイコットの支持を示唆していたが、これに対し批評家からは事実報道と論説の混同であるとの批判がよせられた。保守派ブログの主催者ミッキー・カウスは編集長のレインズが "ニュース" という言葉の再概念化を行っていること、ここでいう "ニュース" とは個人や団体がレインズが望むような失敗をすることであろう、と批判した。
社説のページにおいてエクソンモービルの広告記事を掲載していることにも批判が存在する。紙面に掲載される編集者への手紙 " letters to the editors " を恣意的に選択しているとの批判もある。
2004年の夏、上記のような批判に対してパブリック・エディターであるダニエル・オクレント執筆の調査記事が掲載された。彼はタイムズ紙が幾つかの項目においてリベラル支持のバイアスを有していることは確かであるとし、例としてゲイカップルの結婚問題をあげた。彼はこのバイアスがニューヨークの新聞としてのコスモポリタニズムに起因しているとしている。
オクレントは経済、政治、外交問題、市民権などに関する記事については言及を避けている。ただ彼はイラク戦争の問題に関してブッシュ政権批判が不足していたとしている。
伝統的に保守・リベラルを問わず日本や日本人を憎悪する傾向がある。 1991年の湾岸戦争の際、同紙の女性コラムニストが「日本は国際的責任分担しておらず、無責任」とする著名入り社説を掲載。2008年現在、この女性コラムニストが同紙編集長である。また一貫した強硬な反捕鯨論調でも知られる。
2005年に行われた総選挙を巡る記事について、自民党長期政権を独裁国家の中国や北朝鮮の共産党と比較している事などから、日本の外務省から「不公正な記事である」との正式な抗議を受けるに至った。
2006年12月 「北朝鮮による日本人拉致問題について、本来の拉致問題解決に焦点を絞らず、北朝鮮・中国に対する日本国民の嫌悪感をあおり、そうした世論を憲法改正問題などの政治的問題にも利用しようとしている」とする記事を掲載、後日、日本政府はこの報道を問題視し、中山恭子・首相補佐官（拉致問題担当）の反論文を同紙と、記事を転載した国際紙インターナショナル・ヘラルド・トリビューンに投稿、後者へは26日付で掲載されたが、ニューヨーク・タイムズ紙には拒否された。
2007年3月には安倍晋三首相(当時)の強制連行否定発言を受け、安倍晋三を「国家主義者」と呼び、日本政府の対応を批判する従軍慰安婦特集記事を一面に掲載した。