2004年の夏、上記のような批判に対してパブリック・エディターであるダニエル・オクレント執筆の調査記事が掲載された。彼はタイムズ紙が幾つかの項目においてリベラル支持のバイアスを有していることは確かであるとし、例としてゲイカップルの結婚問題をあげた。彼はこのバイアスがニューヨークの新聞としてのコスモポリタニズムに起因しているとしている。

オクレントは経済、政治、外交問題、市民権などに関する記事については言及を避けている。ただ彼はイラク戦争の問題に関してブッシュ政権批判が不足していたとしている。

日本関連記事を巡る問題

伝統的に保守・リベラルを問わず日本や日本人を憎悪する傾向がある。 1991年の湾岸戦争の際、同紙の女性コラムニストが「日本は国際的責任分担しておらず、無責任」とする著名入り社説を掲載。2008年現在、この女性コラムニストが同紙編集長である。また一貫した強硬な反捕鯨論調でも知られる。

2005年に行われた総選挙を巡る記事について、自民党長期政権を独裁国家の中国や北朝鮮の共産党と比較している事などから、日本の外務省から「不公正な記事である」との正式な抗議を受けるに至った。

2006年12月 「北朝鮮による日本人拉致問題について、本来の拉致問題解決に焦点を絞らず、北朝鮮・中国に対する日本国民の嫌悪感をあおり、そうした世論を憲法改正問題などの政治的問題にも利用しようとしている」とする記事を掲載、後日、日本政府はこの報道を問題視し、中山恭子・首相補佐官（拉致問題担当）の反論文を同紙と、記事を転載した国際紙インターナショナル・ヘラルド・トリビューンに投稿、後者へは26日付で掲載されたが、ニューヨーク・タイムズ紙には拒否された。

2007年3月には安倍晋三首相(当時)の強制連行否定発言を受け、安倍晋三を「国家主義者」と呼び、日本政府の対応を批判する従軍慰安婦特集記事を一面に掲載した。

また1990年代には、東京支局長だったN・クリストフ、S・ウーダン夫妻記者によって日本を特殊視しようとする記事が多く掲載された。一例としては、1995年の沖縄で起きた米兵3人による沖縄米兵少女暴行事件の直後、「日本女性が読む野蛮なコミック」と題して、「日本女性はレディースコミックを読み漁り、レイプされることを望んでいる」、「電車で痴漢に遭っても無抵抗」と書いたことが挙げられる。

2008年にも、やはり沖縄で起きた少女レイプ事件を速報せず、3日後に小さく記事にしただけである。このような報道姿勢は、日本の保守・リベラル派双方から疑問視されている。1998年には見かねたニューヨーク在住の女性を中心とする日本人７人が、同紙のこれまでの日本関連記事から最も誤解の酷い10の記事を選んで検証・批判した『笑われる日本人 -- ニューヨーク・タイムズが描く不可思議な日本』（ジパング編集部・編、ジパング・刊 1998年9月 ISBN 4-8123-0615-9）を日米同時に自費出版し、「米国メディアの日本報道に見る誤解」と題するパネルディスカッションを左派系の学者上野千鶴子らを招い開催した。上野は「米国が捏造する日本」、「米国だけが世界だなんて狭すぎる」と厳しく批判した[4]。

経営者および記者など

発行人

アドルフ・オークス （1896年 - 1935年）

アーサー・へイス・ザルツバーガー （1935年 - 1961年）

オーヴィル・ドライフス（1961年 - 1963年）

パンチ・ザルツバーガー （1963年 - 1992年）

アーサー・オークス・ザルツバーガー・ジュニア （1992年 - ）

編集長

ターナー・カトリッジ （1964年 - 1968年）

ジェームズ・レストン （1968年 - 1969年）

＜空席＞ （1969年 - 1976年）

エイブ・ローゼンタール (1977年 - 1986年）

マックス・フランケル (1986年 - 1994年）

ジョセフ・リリヴェルド（1994年 - 2001年）

ホゥエル・レインズ （2001年 - 2003年）

ビル・ケラー （2003年 - ）

現在活躍するコラムニスト

デイヴィッド・ブルックス

モーリーン・ダウド

トマス・L・フリードマン

ボブ・ハーバート

ニコラス・D・クリストフ

ポール・クルーグマン

フランク・リッヒ

ジョン・ティーニー

ウィリアム・サファイア

過去に在籍した著名な記者・コラムニスト

フランシス・チャーチ

デイヴィッド・ハルバースタム