2005年

1月17日 - フジテレビジョン（現・フジ・メディア・ホールディングス）がニッポン放送発行済み株式の公開買付 (TOB) を発表（これにより両社の資本関係が逆転し、フジテレビの子会社になる予定だった）。

2月8日 - インターネット関係会社ライブドア（現：LDH）が子会社のライブドア・パートナーズと合わせて株式の35%を取得、ライブドアグループが筆頭株主となる。

2月10日 - フジテレビがニッポン放送株式TOBでの株式保有比率目標を「50％超」から「25％超」に引き下げ、買い付けの期限を3月2日まで延長すると発表。

2月23日 - フジテレビに対し4720万株分の新株予約権を割り当てると発表。

2月25日 - ライブドアがフジテレビを対象とした新株予約権発行を不服として東京地裁に発行差し止めの仮処分申請。

3月8日 - フジテレビによるニッポン放送株式TOBが成立、同社発行済み株式総数（3280万株）の36.47％を取得したと発表。

3月11日 - ライブドアの差止請求が認められ上記の新株予約権発行は無効に。ニッポン放送は東京高裁に対して即日抗告。

3月23日 - 上記の新株予約権発行差し止めの仮処分を不服としたニッポン放送の東京高裁に対する抗告が棄却された。同社は新株予約権発行を断念。

3月24日 - ニッポン放送はソフトバンク・インベストメント (SBI) に対して、ニッポン放送が現在所有するフジテレビ株を5年間の期限付きで貸し与えた。

3月27日 - 1955年以来、50年間続いた長寿番組『新日鉄コンサート』が終了。

4月18日 - ライブドアとフジテレビが和解、ライブドアグループが所有するニッポン放送株式全てをフジテレビに譲渡すると発表。フジテレビによる完全子会社化に目途が立つ。

4月22日 - ライブドアが「ニッポン放送株式をフジテレビと“共同保有している”」とした「大量保有報告書」を関東財務局に提出。

5月23日 - フジテレビがライブドア・パートナーズを買収し同社の商号を「ニッポン放送ホールディングス」（2006年4月に存在した会社とは別の会社で、2005年7月12日にフジテレビと合併）に変更、フジテレビ保有のニッポン放送株式が合わせて68.87%となる。フジテレビによるニッポン放送の子会社化を円滑に進めるため、産業活力再生特別措置法の適用認定を申請。

5月24日 - ニッポン放送株式を東京証券取引所が監理ポストに割り当てる。

5月25日 - ニッポン放送が自社株式のTOBを開始。

6月10日 - 総務省が産業活力再生特別措置法の適用を認定。

6月16日 - ニッポン放送による自社株式のTOBが完了。ライブドアが保有する株式の大半を含む964万株を取得。これに伴いライブドアは主要株主から外れる。

6月22日-7月20日 - フジテレビの深夜ドラマ枠『ディビジョン1』で、ニッポン放送（主にオールナイトニッポンの制作現場）を舞台としたドラマ「1242kHz こちらニッポン放送」が放送（全4回）。この番組は6月22日深夜（正確には6月23日）の松浦亜弥のオールナイトニッポンで松浦がこのドラマの模様を解説。

6月24日 - 磯原裕専務が社長に就任、亀渕昭信社長は退任し相談役に。

6月28日 - ニッポン放送株式が東京証券取引所の整理ポストに移行。

6月30日 - SBIに貸し出されていたフジテレビ株式がニッポン放送に返却される。これによりニッポン放送がフジテレビの筆頭株主に復活。

7月28日 - ニッポン放送株式が東京証券取引所の上場廃止。

9月1日 - フジテレビとの間で株式交換を実施、フジテレビによるニッポン放送の完全子会社化完了。

10月3日 - 「ニッポン放送Podcasting STATION」を開設、ポッドキャスティングによるインターネットラジオ配信を開始。

12月25日 - フジテレビ系列にて「松任谷由実のオールナイトニッポンTV」が放送。

2006年

1月19日 - 総務省がニッポン放送のラジオ事業部門の会社分割に伴う免許承継を認可。

3月31日 - BSフジの超短波放送チャンネル撤退にともない、「LFX488」の放送が終了。

4月1日（休日につき、登記は4月3日に実施）

「株式会社ニッポン放送ホールディングス」に商号変更すると共に、ラジオ事業会社としての新会社「株式会社ニッポン放送」が中波放送局免許及び中波ラジオ放送事業をニッポン放送ホールディングスから会社分割（新設分割）により承継。ロゴマークは新会社がそのまま承継した。

ニッポン放送ホールディングスをフジテレビが吸収合併。

アナウンサーを含む47人（全社員の約2割）を除いたすべての社員が新「ニッポン放送」に転籍、47人はニッポン放送ホールディングスのフジテレビへの合併によりフジテレビの社員になった（事実上のフジテレビへの転籍）。

これにより、旧ニッポン放送（ニッポン放送ホールディングス）の子会社がフジテレビの子会社に、ニッポン放送がフジテレビの完全子会社になり、フジテレビを資本的にフジサンケイグループの統括会社にする作業が完了した。

LFXBBを、地上デジタル音声実用化試験放送及びインターネット放送を行うデジタルステーションLFX mudigiとしてリニューアル。


9月30日 - 4月の会社再編でフジテレビの社員になっていた元ニッポン放送アナウンサー全てが番組から降板、もしくは番組終了。

10月1日 - 地上デジタルラジオ実用化試験放送のチャンネルが、9501チャンネル（愛称mudigi）に移動し、1セグメント放送のみに変更。