また、ときにはコメントやタグを使って、動画の内容に対する罵倒、他者に対する誹謗中傷や無意味な「荒らし」行為なども見られる。また、同一内容のコメントを同一時間に大量に投稿することで映像部分が見えなくなる場合がある（このコメントは一部では「弾幕」と称されている）。β版終了の原因となったトラフィック制限の関係上、現在はアカウント制であるが、動画へのコメント自体は匿名で自由に投稿することができる。管理者による削除も原則なされないため、通常のサイトでの荒らしが起こりやすいデメリットもあると言われている。ただし、投稿者のIDは投稿されたコメントと同時に保存（当初はID番号がそのまま保存されていたが、2007年8月23日より暗号化されている）されているため、完全な匿名ではない（現在では、後述の「NG設定」に投稿者のIDを指定することで、特定ユーザーのコメントをすべて非表示にすることが可能となっている）。 このような弾幕、荒らしといった迷惑行為が発生する要因として動画の上にコメントを無制限に書き込めるシステムそのものに問題があるといえる。

しかしながらコメント削除の可能性がまったくないわけではない。2007年4月15日頃より、DoS攻撃など、なんらかの攻撃ツールを使った攻撃により、わずか三日ほどで動画再生回数が数百万・うちコメント数万数千（コメント数に対して異常に再生数が多い）という事態に見舞われたため、再生回数とコメントがリセットされた動画が存在する。このことから、サービスに影響を及ぼす過剰な荒らし行為に対してのコメントの削除（ないしは投稿動画ごとの削除）はありうる。 悪質なユーザーには「不適切なコメントを通報する」という機能が設けられており、特定のユーザーへの処分などを削除依頼板に要請すれば運営の手によってコメント機能を停止させることができる。この機能は荒らしばかりでなく「死ね」等といった誹謗中傷コメントや不適切なタグにも対応することができる。 また、同時期に、投稿時URLを用いるバグフィクスを突いた投稿動画の異常増殖・重複投稿事件が発生しているが、これらのような不正な行為を行うとアカウント削除の対象になると運営側は警告している。 なお、タグを使っての荒らしは、その傾向上、コメント以上に対応が難しい。

RC2から追加された機能
ニコニコ割り込み
略称は「ニコ割」。動画を視聴しているユーザーに対し、運営側が別の動画を割り込ませるいうもの。動画再生部分の上にある「ニワニュース情報局」の部分を使い放送を行う。現時点では、後述の「時報」が内容のメインとなっているため、「ニコ割」よりも「時報」という呼び名が普及している。現在は午後7時、午前0時、午前2時、金曜の午後11時になるとドワンゴによるナレーションつきの時報、ならびに深夜0時には荒らしに対する啓発や、動画のアップロードやマイリストの使用を促進するメッセージ（公共広告機構をパロディにした『公共コメント委員会』名義のCM）、およびスポンサー広告（2007年11月25日より開始）が流れる。視聴中の割り込みは強制（ランキングやメイン画面は含まれない）で、一時的に動画の再生が停止し、コメント入力もできなくなる。時報では、「午前0時ぐらいをお知らせします」といったメッセージとともに、時刻のカウントが行われる。しかし、時報の開始時間はその時刻ちょうどを過ぎてから始まるので、「ぐらい」という言葉が示すとおり、実際にはカウントの時点で20?30秒ほど過ぎている。RC2開始前日の「テスト放送」や開始直後は、しばらくは物珍しさに面白がるユーザーが多かったが、慣れてくるにつれて「再生中の動画が突然停止しコメントできなくなる」ことに不満を覚えるユーザーが増えコメントで「時報うざい」などと表示されることがあるため、現時点での評判は賛否両論といえる。しかし、徐々にではあるが時報に対するコメント（クレーム）自体は減少傾向にある。だが広告やニコ割ゲームの導入による影響でここ最近時報そのものが長くなる傾向にあり、広告に興味の無い、一刻も早く動画の続きを見たいユーザーにとっての不満の種として上がるケースが再び増えつつある。ページの再読み込みをすれば時報を強制的に終了させることもできるが、もちろん動画は最初から閲覧することになってしまう。

2007年12月31日は、あらかじめ「23時55分から元旦0時2分」の間サービス停止が告知され、23時55分より5分半にも及ぶ時報が流された。内容は2007年12月に時報を協賛した格闘技イベント「やれんのか! 大晦日! 2007」の映像演出に合わせたもので、その源流となる格闘技イベント「PRIDE」のテーマソングが流れる中、年末を締めくくる挨拶、ニコニコ動画の歴史、スタッフロール、新年のカウントダウン、新年の挨拶で構成されていた。新年のカウントダウンはやはり30秒ほどずれており、年が明けてから「5ぐらい、4ぐらい、3ぐらい、2ぐらい、1ぐらい!」と「ぐらい」付きでカウントされた。このカウントダウンはPRIDE、やれんのか！でリングアナウンサーをつとめる声優の太田真一郎が行った。


2008年3月4日は、SP1開始前の日であり新機能のテストとして、予告なしに動画表示領域とニワニュース情報局の部分を用いた「もぐらたたき」を行った。それ以降もこのようなゲームを「ニコ割ゲーム」として放送している。参加型の企画であるためユーザーが完全に受け手側となる時報に比べると批判は少ないものの、視聴を妨げる点では同じであり否定的な声も一定数存在する。


2008年3月4日24時の時報は、通常のものとは違い、動画表示領域の上に被さる形で表示された。「ニワニュース情報局」の領域はそのままで、時報中はニュースのテキスト部分が表示される部分に、時報の中で宣伝したCDの歌い手の名前が表示された。


2008年4月30日24時の時報から、最初の「ニコニコ動画」の部分が、初音ミクからGackt・がくっぽいどの声に変更された。


2008年6月頃の時報から、フォーマットが変更された。

従来：ニコニコ動画→広告→時報→公共コメント委員会(→提供)

新フォーマット：ニコニコ動画→広告・公共コメント委員会(→提供)→時報　（※広告があるときは、コメント委員会なし。）


投稿者専用コメント
自分が投稿した動画に対し、投稿者自身が特別なコメントを付けることができる。投稿者専用コメントは、通常のコメントと区別され、コメント表示数を超えても表示されなくなることがなく、表示期間を設定することも可能である。投稿者専用コメントが使われている動画は当初、プレミアム会員と動画投稿者のみが視聴できたが、現在は一般会員も視聴できる。
コメント編集
自分が投稿した動画に対し、投稿されたコメントを非表示にすることができる機能。
NG設定
特定の言葉を含んだコメントや、特定のユーザーが書き込んだコメントを非表示にすることができる機能。表示したくない言葉、暗号化されたユーザーIDやコマンドを設定（最大20件、プレミアム会員は最大100件）することで、設定した言葉を含むコメント、特定のユーザーのコメントを非表示にすることができる。コメント非表示とは違い、自分が不快に思うコメントのみを非表示に出来るというメリットがある。
フィルター
自分の投稿した動画に書き込まれた特定の単語を、ユーザーが任意で設定した他の単語に置換（例:「田中」→「佐藤」、「u」→「ｳｯ-ｳｯ-ｳﾏｳﾏ」など）することができる機能。
ニコスクリプト
投稿者・利用者共に使用できる「ニコスプリプト」が搭載されている[6]。この機能を使うことで、コメント機能を使った投票を行ったり、動画の一部に穴を空けてコメントで動かすことができるなど、コメント機能を使った遊びなどが実現できる。

夏（サマー）から追加された機能 この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。
ニコニコミュニティ
特定のテーマに沿ったユーザー同士で交流を行うことが出来る機能。mixiなどのSNSで普及しているコミュニティ機能とほぼ同等の構造。コミュニティ製作者は「管理人」となり、コミュニティ内部のみ閲覧可能な「コミュニティ動画」や参加者への権限管理などが出来る。また、コミュニティ内部には掲示板（動画用とコミュニティ用の2種）があり、参加者や管理人との交流が可能。コミュニティへの参加は、既に参加しているメンバーからの招待、もしくは自ら参加の申請を行い、管理人に承認されることで可能となる。現在、コミュニティの作成はプレミア会員のみが可能となっている（参加は一般会員も可能）。また、コミュニティには「コミュニティレベル」があり、参加メンバー内のプレミアム会員の数によって変動する。レベルによってコミュニティ参加可能メンバーの数とコミュニティ内部の動画投稿数が変化する。