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YouTubeには及ばないものの、幅広い分野の動画が投稿されており、マイナーバンドのPVや深夜番組などが公開後すぐに投稿されていたり、ネタではないスポーツやCM、科学番組の動画が投稿されていたりと、「動画共有サービス」としての成長を見せている。
膨大な数の動画の中で特定の動画が脚光を浴びることが度々ある。多くは一過性の流行であるが、中には驚異的な人気となるものもあり、例えば2007年2月上旬には、『新・豪血寺一族 -煩悩開放- レッツゴー!陰陽師 PV』『Nursery Rhyme -ナーサリィ☆ライム- OP』『あいつこそがテニスの王子様』の、人気上位動画3つの合計で、わずか1晩で30万回再生・10万コメントを超えるような「祭り」状態が続いた。なお、その人気から『レッツゴー!陰陽師』と『魔理沙は大変なものを盗んでいきました』のdwango.jpにおける着うた独占配信が始まり、現在でも広告を掲載している。
稼動当初から、特にRPGやアクションゲームのスーパープレイ動画が人気を集めてきた。スーパープレイとは逆に稚拙なプレイ動画やいわゆるクソゲーのプレイ動画（チーターマンなど）がネタ動画として人気を得ることがあるほか、恋愛ゲーム（「ギャルゲー」「エロゲー」「乙女ゲー」など）のプレイ動画が人気を呼ぶこともあった（『つよきす』『ときめきメモリアル』など）。
『THE IDOLM@STER』のPV風動画も (β) サービス時より人気であり、プレイ画面のほかPVを他の音楽に替えたMADムービーなども大量にアップロードされている。例えばゲームキャラクターの双海亜美が『エージェント夜を往く』中の「溶かし尽して」を舌足らずに「とかちつくちて」と歌うものが (β) で人気を博し、双海亜美は今なお「とかち」の愛称で親しまれている。
人気を集める音楽としては、一般的なPVムービーのほか、アニメソングや電波ソングが多く見受けられる。VOCALOIDに様々な音楽を歌わせる動画も人気があり、初音ミクが話題となるきっかけの一つとなった。音楽（原曲やアレンジなど）をメドレー方式で聴かせる作品もみられ、ニコニコ動画で話題となった曲を繋ぎ合せた組曲『ニコニコ動画』は特に人気である。話題となった音楽を投稿者自身が歌ってみたり演奏してみたりした動画も多く、中には一定の人気を集める歌い手もいる。中にはVOCALOIDのオリジナル曲をプロの作曲家が制作したり、またそのオリジナル曲をプロの歌手が歌唱する動画も存在しており（例、halyosy氏やtatsu氏など）、「プロがVOCALOIDを使用して動画を投稿することは宣伝・売名目的ではないのか」という批判をおこなう人物もいる。
また、コメント機能で誰でも気軽にネタが書き込めるため、アニメやゲームなどの音楽（『あいつこそがテニスの王子様』、『Nursery Rhyme -ナーサリィ☆ライム- OP』など）や外国曲、海外版アニメ（英語版るろうに剣心の「フタエノキワミ、アッー!」など）など、様々な空耳ネタが作られて人気を博している。
現状としては著作権を侵害していない動画は数少ないが、「漢字テスト」「タイピング」「アンケート」などといったニコニコ動画の特色であるコメント機能を有効に使った動画も投稿されている。一枚絵をスライドショーのように流す画像集や、イラスト講座的な動画（「描いてみた」など）もある。
動画制作能力の高いユーザーによる巧妙なMADムービーが高い人気を博す一方で、「ねこ鍋」など日常風景を映したものや、投稿者本人が何らかの形で出演する動画もある。
他の動画投稿サイトであまり見られない特殊なパターンとしては、企業や個人が自らプログラムや工作物などを作成し、その過程や完成品を披露するという動画がみられる。そうした完全セルフの作品投稿動画は「ニコニコ技術部」のタグがつけられ、図画工作の延長線的なものから十二分に実用的な「製品」（マウスやPCカバー、動画製作ソフト）など、幅広い投稿に支えられ親しまれている。「ニコニコ技術部」という名称は単なる分類上の便宜的な名称に過ぎないが、2008年4月20日には有志によってオライリー・ジャパン主催の企画展「Make:Tokyo Meeting」に出展するなど、単なる動画の題材を超えた積極的活動もみられている。
2007年8月2日には、台湾における2ちゃんねる的な存在のBBSである「ptt」の「C CHAT」の利用者たちにより1週間にも亘る制作日数をかけて作られた動画が投稿され、日本人の利用者に好印象で迎えられた。日本国外在住者・日本人以外の利用者による動画の投稿はこれが最初ではないが、外国人がニコニコ動画を意識して作成した動画が投稿されたのはこれが初めてである。これにより、ニコニコ動画が日本人だけでなく国外の人にも利用されていることがわかる[29]。
2008年5月30日にBSデジタル11ch「BSイレブン」で放送された「テレブリッド」で司会の金剛地武志が生放送中にニコニコ動画用のVTRを作った（6月1日現在「テレブリッド」で検索しても動画は出てこない。）。
こうした人気のある動画に登場するキャラクターは「ニコニコオールスター」と呼ばれ、ある種のシェアード・ワールド的な扱いを受けている。既存のアニメのシーンをニコニコオールスターに変えた手書きMADムービーや、ニコニコオールスターが出演するロールプレイングゲームなどがある。ニコニコオールスターには二次創作的キャラクターだけでなく、動画投稿者自身（「踊ってみた」「歌ってみた」等）が含まれる場合もある。
コミュニティ内で人気を博した外部作品のキャラクターを、そのコミュニティそのもののキャラクターとして取り込む例としては、ふたば☆ちゃんねるにおける「ふたばキャラ」がある。
