ニコニコ動画を快適に利用できる有料サービス。2007年6月18日のRCサービスと同時に提供を開始した。プレミアム会員は、以下の特典がある。
プレミアム会員は一般会員が使用する回線とは別の回線を利用するため、サイトが混雑しても動画を快適に視聴できる。
プレミアム会員はID番号に関係なく24時間視聴することができる。
一般会員は混雑時には動画の画質を落として再生されるのに対して、プレミアム会員は元の画質のまま再生される。
動画のアップロード容量、マイリスト、マイメモリーの拡大やプレミアム会員専用コメントカラーの追加などの特典がある。
後述のニコニコ動画モバイルでは、混雑時に動画を視聴する際にプレミアム会員が優先されるという特典もある。
アップロードできる動画のビットレート制限が800kbpsに上がる。(一般会員は600kbpsまで）
ニコニコ市場（いちば）は、ニコニコ動画独自のサイト内広告であり、2007年7月12日より開始された。Amazon.co.jpやYahoo! ショッピングの商品、およびドワンゴの携帯電話向けコンテンツを動画の下のスペースに表示するだけのものであるが、最大の特長は、動画閲覧者が、動画に関連する商品を自由に市場に登録できることである（誰でも登録できるというシステムは前述の「タグ」に非常に似ている）。また、「商品をクリックした人の人数」「ニコニコ市場から商品を購入した人の人数」が表示されており、「この動画を見た人がこの商品を購入した」ということが分かるのも特長である。
単純に関連のある商品のみならず、ウケ狙いで意表を突いた商品が登録される（例：歌詞の空耳「ごまえー」→胡麻和えの素）ことも多々あり、しばしばコメント欄に、市場に登録されている商品や、実際に買った人への反応が投稿されることもある。さらに、商品から関連する動画を検索することも可能である。これにより、「広告の存在感」を大幅に向上させることに成功している。もともと2ちゃんねるのまとめブログなどで行われていた、広告を記事のオチとしてネタにする、「アマゾン芸」と呼ばれる文化をうまく発展させ取り込んだシステムと言える。
市場には、Amazon.co.jpやYahoo! ショッピングの商品を最大10個まで[7]、ドワンゴのコンテンツを最大3個まで登録できる。そのうち5個までは商品のサムネイルが表示される。当初はAmazon.co.jpの商品のみサポートしており、さらにAmazon.co.jp側への負荷を軽減するため、プレミアム会員のみのサービスであったが、2007年7月14日より誰でも商品を登録することができるようになり、後日にはドワンゴの携帯コンテンツの対応を開始、2008年5月9日からはYahoo! ショッピングへの対応を開始している。
ニコニコ動画では、何らかの理由で投稿された動画が削除（規約違反や、投稿者自身による削除など）された場合、単なるメッセージではなく、専用に用意された動画で、視聴できないことを伝えるようになっている。(夏)からは権利者によって動画が削除された際にその旨を表すメッセージが表示されるようになった。
この場合、リンク切れしたサムネイルには「視聴できません」と表示される。それを再生しようとすると「本日はニコニコ動画に御アクセスいただき、ありがとうございます。この動画は、○○（理由）により、ご覧になることができません。またの御アクセス、お待ちしております。」という内容のアナウンスともに、映画のエンドロールのように下から上に向かってメッセージが流れる。
このときのBGMは、原則としてスタッフの“fooさん”によるリコーダー演奏である（このため、その専用動画は「笛」と呼ばれることもある）。さらに、“fooさん”の演奏の長さによっては、「引き続き、fooさんのご演奏をお楽しみください。」とアナウンスされ、最後まで演奏が流されることがある。
動画の内容は、時期によって入れ替わる。以下に詳細を示す。
βまでのメッセージの出だしは「本日はニコニコ動画に?」であったが、γ以降はその前置きとして、「春です。」「鬱です。」「まっ盛りです。」「クリスマスです。」など、時期によって異なる出だしが付加されている。
BGMには、『蛍の光』 (Auld Lang Syne)、『大きな古時計』 (My Grandfather's Clock)、『ずいずいずっころばし』、『夕やけこやけ』、『さくらさくら』などの曲が時期替わりで用いられている。
βからγにかけて、スパイクのゲームソフト『喧嘩番長2 フルスロットル』の映像にオリジナルの台詞（ゲーム中のキャラクターが、他のキャラクターになぜ動画が見られないかを尋ねていき、動画が削除されたかメンテナンス中であることを知り「な、なんだってー!」（漫画MMRのセリフ。ネット上で流行した）と驚く内容）を付加して構成したものが流されていた時期がある。音声部分は通常のものとは変わらず、“fooさん”演奏の『夕やけこやけ』をBGMに、通常と同じのアナウンスが入ったものである。なお、スパイクは、ニワンゴと同じくドワンゴ傘下の企業であり、この時期は『喧嘩番長2』の発売日前後であった。その関連で、サイト内の広告も同作のものが表示されていた。
RC初期では、「春です。」から始まるナレーションが流れ、BGMは“fooさん”が小学生以来に挑戦したというハーモニカによる演奏であったが、しばらくしてからはナレーションが変更され、BGMはリコーダー演奏による『茶摘み』が用いられた。「夏」を連想させるものであろう。
RC2開始後しばらくは、“fooさん”の『桃太郎』をBGMにリーゼント姿の男性「はまじ」（ロックンロールバンド SHORT LEG SUMMERのボーカル、東野ハマジ）が、削除されたことを伝える文字をリーゼントで受け流す、という映像が流されていたが、12月に入って『きよしこの夜』をBGMにしたクリスマス専用動画で以前の形式に戻った。
クリスマス終了後はfooさんはお休みということになりSchool Daysの最終話差し替え放送（いわゆる「Nice boat.」で知られるもの）のパロディを思わせる映像になっている。
2007年6月頃（SP1）は動画投稿者によって削除された場合、ペルソナ4のPVの一部が流れた。
権利者の申請により削除された動画は通常のものとは異なり、「この動画は、権利者の申請により、削除されました。」というメッセージが表示される。音声はアナウンスと、“fooさん”がリコーダーでひたすら高音をロングトーンするものである。
その他
プレミアム会員を除き、一定条件（サーバー負荷や時刻等）で動画の画質を強制的に下げる「エコノミーモード」になる（以前は「低画質モード」という名称であった）。この状態になると一部の動画において、音ずれする、動画の再生時間が短くなる、稀な例として画面が乱れるという現象が起こる場合がある。これは以前の低画質モードでも共通の物である。なお、もともと画質の低い動画はエコノミーモードの対象にはならない。そのため、エコノミーモードにならないギリギリまで画質を下げた「エコノミー対策」高画質動画が増えてきている。また、動画のURLの最後に?eco=1と入力すれば、エコノミーモードにすることもできる。
2007年11月26日のメンテナンス以降、ページ上部のアカウント表示部分に新たに気象情報（アカウントで設定された地域）が追加された。
サイト左上のアニメーションしているアイコンをクリックすると、定期的に変更される単語により、自動的に検索が行われる。ほとんどのアイコンは同じワードだが、「よていち」札に限り例外である。
2007年5月7日にニコニコ動画の携帯電話版である「ニコニコ (γ)動画モバイル」が発表され、2007年5月9日12時までテスターの応募をおこなった。