2007年5月2日、トップページが改変された際、いくつかのカテゴリタグが指定され、そのタグが付けられていない動画はトップページに上がってこないという仕様変更が、ユーザーへの通達を一切無くして突然行われた。しばらくしてブログにて正式発表があったが、ユーザーからは非難が殺到。その多くはタグの内容に関するものであった。タグのなかには「おもしろい」「つまらない」という、評価が個人的価値観に基づくものや、「R-18」という、本来は規約で禁止されているはずのものまで含まれており、これらの必要性や矛盾を指摘する声が多く上がった。これを受け、運営側はカテゴリタグを再び改変し、騒動は終息した。しかし、問題とされた「R-18」のタグは未だに存在している。これについては通常のテレビ放送で許される程度の動画であれば削除されないとのことだが、やはりその基準は曖昧である（性的表現を含むと判断された動画は今まで通り削除されている）。

政治的宣伝動画の配信と検閲

2007年7月9日に運営により公式コンテンツとしてアップロードされた民主党の小沢一郎代表提供によるメッセージ動画では、運営側によるコメントの検閲が行われ、コメントの全削除、コメントを行ったユーザーへのコメント送信禁止措置（全ての動画に適用）やアカウントの剥奪などが運営側によって行われた。誹謗中傷・荒らし行為だけではなく、民主党に対する真面目な意見や、否定的な発言にもこうした措置が適用されたという声も挙がり、ニコニコ動画上や各種掲示板などで運営側への批判が強まった[19]。

ビジネスモデル

バナー広告表示や、映画配給会社と提携して映画の短編ムービーを流すなどの手法で、広告収入を得ている。2007年11月6日からは時報も広告枠として販売を開始、第1号として同月26日より午前0時の時報にグッドスマイルカンパニー（初音ミクのねんどろいど予約受付開始CM）がスポンサーとなった。

その他、プレミアム会員料やアマゾンアフィリエイト広告による収入も、ニコニコ動画の収入源となっている。なお、アフィリエイト収入は動画投稿者には直接的な還元はされていない。これは、金銭として還元した場合に、アフィリエイト収入を目的にスパム的なニコニコ市場書き換えが頻発することを懸念してのことである[20]。

また、投稿された動画で人気があるものを公式コンテンツとして取り込んでいる。ドワンゴでの、『レッツゴー! 陰陽師』の着うたや待ち受け画像の配信、外山恒一の着信ボイス配信がその一例である。このような動画は一時期ログインしなくても見ることができたが、2007年のゴールデンウィーク頃に行われたサイト改変によりトップページからリンクが外され、たどり着けなくなっている（直接URLを指定すれば見ることは可能である）。

2007年3月現在は未だ黒字経営には至っておらず、親会社のドワンゴは2007年9月期の中間決算においてニコニコ動画への新規設備投資のため営業利益が減少したと発表した[21]。

パートナー企業

また、コンテンツ権利者との取り組みを強化するため、パートナー企業と公式動画配信企画を開始、著作権保護とともに、新たなビジネスモデルを検討することを進めることにしている。
吉本興業グループ
公式ページ「よしよし動画」を開設、ヨシモトファンダンゴTVで放送されている動画コンテンツを配信。
エイベックス・エンタテインメント
公式ページを開設、同社所属のアーティストのプロモーションビデオやオリジナルビデオを配信。PVが中心となっているが、中には桃井はるこのようにニコニコ動画ユーザーを狙ったようなネタのオリジナルビデオを制作している場合もある。
Viacom International Japan（MTV Networks）
専用ページを開設し、アニメなどMTVオリジナルコンテンツを配信する予定。
エンドレスコミュニケーションズ

TOKYO FMグループ/TFMインタラクティブ

ショックウェーブ エンターテインメント

ランティス
アニメソングのプロモーションに活用することを発表、第1弾としてJAM Projectの楽曲のリミックスを公式に募集。
ジェンコ

ライブドア
2008年2月6日、公式ページを開設。livedoorネットアニメに投稿された動画を配信している。
佐賀新聞

時報CM協賛企業・団体（個人含む）

（2008年8月現在･順不同）

グッドスマイルカンパニー：ねんどろいど「初音ミク」
4月5日には社長の安藝貴範自ら動画投稿者（一個人）への呼びかけを行うという異例のCMが流された。

広島県東広島市黒瀬町の個人農家（CMならびに特設サイトでは実名で掲載）：有機農法米「ひのひかり」

やれんのか! 大晦日! 2007実行委員会：総合格闘技イベント「やれんのか! 大晦日! 2007」

日本愛妻家協会：新・愛妻家5つのアクション「テミル原則」キャンペーン

gooホーム：gooホームPROJECT「みんなで沖縄の海にサンゴを植えよう。」キャンペーン

株式会社ヨコヤマコーポレーション:健康食品「お姫様のおやつ」「Fcupクッキー」

アニメロサマーライブ2008実行委員会（ドワンゴ・文化放送）:Animelo Summer Live 2008 -Challenge-

イオシス：「公共コメント委員会」のパロディ「イオシスハレンチ委員会」名義のジョークCM（実質的なPR）

TOKYO SMART DRIVER Project Committees：「東京スマートドライバー 首都高の事故を減らすプロジェクト」キャンペーン

株式会社EDGE：「花よりデコメ HANADECO」デコメアニメ配信プロモーション

明治製菓：公式動画企画「Don’t forget! きのこの山」キャンペーン

日本ロマンチスト協会：ロマンチスト育成プログラム「６つのアクション」キャンペーン
日本ロマンチスト協会は日本愛妻家協会に対し強いリスペクトを表明し、ロマンチスト協会との姉妹組織提携を結んでいる。

秋葉原おそうじ志隊実行委員会：清掃ボランティアキャンペーン『秋葉原おそうじ志隊』告知（ai sp@ceとのコラボレーション時報）