2007年5月7日にニコニコ動画の携帯電話版である「ニコニコ (γ)動画モバイル」が発表され、2007年5月9日12時までテスターの応募をおこなった。募集員数は5000人であったが、サーバに余裕があるとしてその後人員を追加した。NTTドコモの対応機種はFOMA90Xiと70Xi系端末のみで、専用のiアプリを用いて動画の再生、コメント表示や投稿を行う。
コメント投稿時の文字色、位置、大きさはPC版とは異なりメニュー形式で指定する。またFOMAハイスピード端末のみ1秒間のコマ数を増やして再生できるような設定がある。なお再生履歴に関しては、iアプリ本体に保存されており、PC版のそれとは別である。マイリストの追加や削除なども可能で、PC版マイリストとの共有も可能だが、PC版とは違いタグの編集は行えない。また、モバイル向け変換がされていない一部の動画はプレミアム会員のみが変換を実行でき、一般会員がこれらの未変換動画を視聴したい場合はニワンゴに依頼する形式となっている。ただし、中には変換自体が実行できない動画（赤信号）も存在する。その他、細かいバージョンアップも随時行われている。
なおモバイル版では、「投稿者専用コメント」および「ニコスクリプト」が付けられた動画は内容に関わらず強制的に「コメント不可動画」となり、通常のコメントではないもの（この機能で投稿者自身が付けたコメントなど）は一切表示されないようになっている。
auの対応機種は、FlashLite2.0対応機種全て。BREWおよびオープンアプリプレイヤーには1日に3メガバイトの通信しか行えない制限があり、代替としてFlashLite2.0でのサービスが開始された。FlashLite2.0には通信制限はないが、ユーザー自身がボタンを押さないと通信ができないという制限がある（要求に反する通信などにおける悪用防止の為）。よって「手回しラジオ感覚」の選択ボタン連打となっている。
2007年6月4日 - 紹介機能の追加。テスターから紹介されることにより一般会員でも利用可能となった。
2007年6月18日 - 「ニコニコ動画 (RC)モバイル」へ改称。プレミアム会員へサービス提供開始。
2007年7月10日 - au向けのサービスを開始。FlashLite2.0を利用してのサービス。
2007年8月9日 - 一般開放開始。
2008年1月18日 - iモードの公式サービスとなる。
2008年4月2日 - 以前はPC版の名称変更時に同じ名称へと変わっていたが、エイプリルフール後 (SP1) を外した「ニコニコ動画モバイル」へ改称。
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稀に性的表現を含む動画がアップロードされている。そのような動画のアップロードはニコニコ動画並びにSMILEVIDEOの公序良俗を理由とした規約に違反している。そのため、発見次第削除されることとなっている。運営側ではどのような内容のものが公序良俗に反するのかについて明確な基準を示しておらず[8]、削除の際には、動画投稿者に事後にメールで通知される以外に削除理由の旨を告知することも無いため、一般ユーザーは何を理由に削除をされているのかが（建前上）分からないのが現状である。特にギャルゲーや萌えアニメ、やおいを取り扱ったコンテンツでの発生が多い。それらの削除選定は運営側の判断によるものが強い。
ニコニコ動画と提携しているSMILEVIDEOにアップロードされているアニメ、ミュージカルライブ、テレビCM、テレビ番組などは、ほとんどの動画が著作権者に無断でアップロードされたものである。利用規約では著作権侵害になるファイルのアップロードを禁止しているが、著作権法違反の投稿は後を絶たないのが現状である。
権利者（個人、法人、法定代理人含む）から権利を侵害されているとの申し立てがあれば、審査し削除するとしている。その他肖像権などの権利侵害もこれに準ずる姿勢をとっている。性的描写を含むアダルトコンテンツは閲覧者の判断で報告できるが、こと著作権に関しては権利者からの申し立てのみ受け付けているため、アダルトコンテンツ程迅速な対応はされていない。
他の「動画共有サービスサイト」にも言える問題ではあるが、YouTubeでも著作権違反に関する規制が強化されているのに比べ、ニコニコ動画は登録制でクローズドな側面もあってか、著作権法を軽視する傾向にある。性的描写を含むアダルトコンテンツは迅速な対応・削除という運営側の対処に比べ、著作権法違反に関する動画がこのような対応がされるのは稀で、著作権違反動画の投稿禁止は表面上だけでほぼ黙認状態に近い、との指摘もある。
ただ、最近では連続アニメーション作品の本編や連続ドラマ作品の本編が多数アップロードされるなど、運営サイトも黙認はしていられない状況となっているためか、著作権侵害動画の削除（報告）ツールを法人向けに提供している[9]（2007年6月10日前後より、この申請方法によって削除された動画のページでは通常の削除通知動画とは異なった静止画が表示されている）。削除はあくまで被権利侵害者の報告のみ受け付けている。いわば権利侵害被害者の自助努力に任せる方法で、一部のコンテンツ制作者がこうした運営の手法をラジオ等で強烈な批判を成したこともあった。2007年10月1日には権利保護を強化する方針を発表、権利者との対話を強化し、権利保護システムや監視体制の強化、利用者への啓発活動に取り組むとしている[10]。ニコニコ動画 (SP1) 開始直後の2008年3月11日には、ニワンゴがNHKやキー局に対し、著作権侵害をしている既存の放送番組動画を削除し、監視体制を強めて今後再投稿されても直ちに削除する、との宣言を行った[11][12][13]。
しかし、自作物(完全なオリジナル作品)に対して著作者に成りすまして削除を依頼する可能性も指摘されている[14]。また著作権保護体制の強化で、インディーズバンドのPV、ライヴ映像を削除したところ、その動画のアップロード主がインディーズバンド本人であり、削除された本人がニコニコ動画に対し激怒していた、といった運営側による誤った削除が行われることもある[15]。2008年7月5日からは、権利者の申し立てにより動画が削除された場合、削除を申し立てた法人・団体の名前が明記されることになる[16]。ただし、今後増えるであろう個人の著作に関しての対応については名言されていない。
一方、2007年度の上半期に放映されたアニメでは、『らき☆すた』、『ハヤテのごとく!』、『さよなら絶望先生』といった作品において、明らかにニコニコ動画で視聴され、ネタにされている事を前提とした表現がなされており、アニメ制作の現場において、ニコニコ動画において作品が消費される事が意識されていることが垣間見られた。
