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テレビ東京はアニメを重視する局としても認知されており、現在民放キー局中でアニメの放送本数が最も多い。民放キー局で放送されるアニメ全作品のうち半数以上が同局の放送というデータもある（参考記事）。
但し、自社発注のテレビアニメは1974年の『ダメおやじ』が1作目で、他局に比べるとその歴史は比較的浅い（それ以前は外国アニメや民放他局のアニメの再放送を行っていた）。その後も東京12チャンネル時代の自社発注のテレビアニメは主にナック制作による異色の作品を1年に1-2本放送する程度だった（『ドン・チャック物語』〈1975年-1978年〉、『まんが猿飛佐助』〈1979年-1980年〉など）。この時点ではまだ同局のテレビアニメは必ずしもメジャーな存在ではなかった。
社名変更後は次第に自社発注のテレビアニメの作品数が増え、1980年代後半以降は自社発注のテレビアニメ中心の放送となり、今日の様な評価を受ける様になった（但し、この時点でも民放他局のアニメの再放送枠が平日朝や午後6時台に存在していた。）。特に『キャプテン翼』（1983年-1986年・2001年-2002年）や『ミスター味っ子』（1987年-1989年）、そして他局の歴史的作品のリメイクながら『楽しいムーミン一家』（1990年-1992年）などは、関東地区は基より系列局のある地域のみならず、系列局のない地域も含めて全国的に広く人気を集めた。
テレビ東京を代表する作品でもある『アニメ・ポケットモンスター』を筆頭に、低年齢児童・少年少女向けのアニメから『ネギま!?』や『ギャラクシーエンジェル』シリーズなどの様ないわゆる「萌えアニメ」など幅広い視聴者層に対応できる様に編成され、これら作品群の放送にまつわる話題も事欠かない。これらのアニメ作品は、最盛期である1990年代前半は視聴率10%台の番組も多数存在し、テレビ東京の土台を支え、収益の増加にもつながった。かつてはテレビアニメとして『マンガ日本経済入門』や『ラブひな』を午後10時台に放送した事があったが、共に確たる実績を挙げられなかった。
21世紀に入ってからは、全日帯アニメの主たる視聴者である小・中学生の部活や塾通いの他、録画視聴習慣の定着、さらには少子化などの影響などによりアニメ全体の平均視聴率が低迷の傾向を見せ始め、特に子供向けアニメのゴールデンタイムと言える平日18時台のアニメ番組の視聴率へ与える影響は大きく、以前程には高いものではなくなって来た。これらの影響を受け、TXNでは2006年4月から従来の平日18時台のアニメ枠を30分ずつ前倒し、17:30-18:30に変更し（通称『アニメ530』枠）、同時に空いた18:30-19:00枠を近年関係を強めている吉本興業との共同制作のバラエティ番組（通称『スキバラ』枠）を新設するという大改編を行う事が話題となって注目されていたが、現在でも同枠全体の視聴率低下に歯止めがかからない状態が続いている。それを踏まえて、アニメの本数が増えすぎて1つの壁にぶつかっている現状を打開しようと、翌2007年4月より『アニメ530』枠のうち17:30-18:00枠の月・火曜日を『ドラマ530』として放送し、同年10月改編では金曜日17:30-18:00枠も『ドラマ530』枠化された。さらに2008年4月の改編で『テニスの王子様』と『BLEACH』の再放送がそれぞれ木曜と月曜の17:30に放送しているので、結果的に17:30-18:00のアニメ枠は火曜が新作アニメ、金曜が『ドラマ530』、それ以外が再放送となっている。
