深夜アニメ#地上波民放の放送エリア・チャンネル数の問題および UHFアニメ#概要も参照

衰微著しい全日帯アニメとは対照的に、ここ1990年代以降急増しているUHFアニメを含む深夜アニメにおいては、先述の様に基本的にスポンサー・製作会社が放送枠を買い取る形式での放送作品が多い（キー局系でもテレビ東京系は殆どの作品がこれに該当する）。この種のアニメの大都市圏（特に東名阪地区）以外での放送は、制作会社側の予算の都合や費用対効果などの問題で極めて少ないのが現状で（最近の例では『らき☆すた』）、作品の放送数において大都市圏と地方の間で大きな格差が発生している。

テレビアニメとOVAを比較する形で、アニメファンの間には、基本的に話数・総放送時間の多いテレビアニメをOVAより格上の存在と見る風潮（= 質より量（作品数）を重視する傾向）が根強く、さらに関東広域圏の在住者はどのテレビ局より早く、新作が放送されること（キー局の優先主義）も重視する風潮がある。

このため、同じアニメ作品を制作するにしても、OVA化よりもテレビアニメ化の方が注目をより多く集めやすい傾向がある[36]。

このこともあり、深夜アニメが本格化する以前ならばOVAとして制作・販売されていた様な性質・制作規模・収益モデル計画の作品であっても、1クール程度のテレビアニメとした方が各方面からの出資を集めやすく、また原作者からもアニメ化による原作本の売れ行き向上の効果も見込める事から許諾も得やすいという実態がある。

OVA的な収益モデルによる制作・販売体制を取る作品の場合、テレビ放送での視聴率は重要視されず、あくまで『テレビアニメとして放送された作品のメディア化』という実績を付けてパッケージ販売を行う目的から、極論すれば、テレビ放送そのものが『DVDや関連グッズを売る為の30分間のテレビコマーシャル』ということになる。

このような作品においては、テレビ局で放送する際は放送料金が安価な深夜枠（更には独立U局）にて、費用対効果の高く、かつ人口（おたく層の絶対数）が多い大都市圏限定で放送すれば十分採算が取れるということになる。逆に言えば費用対効果の低い地方を切り捨てて大都市圏限定で放送しなければ採算が合わないとも言える。このこともまた地上波放送での地域格差を広げている一因となっている[37]。ゆえにインターネット上の動画サイトに投稿された動画(著作権法違反)で見る地方のファンも少なくない。

UHFアニメに至っては、同じ関東地方でも北関東[38]の独立U局では余り放送されない為、これらを数多く放送する南関東の独立U局の区域外受信が出来ない地域では、関西・中京圏などのTXN系列局およびUHFアニメを多数放送する放送局が受信できる地域よりも不利な条件になることもある[39]。

地方局の事情による、未放送の問題 この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。

漫画・ゲーム・小説（主にライトノベル）を原作とした作品のアニメ化が決定し、アニメ雑誌などで放送局が発表された場合、当該のキー局がテレビ東京系以外の4大キー局（日本テレビ・TBSテレビ・フジテレビ・テレビ朝日および系列の在阪・在名局）であったとしても、各系列に属するローカル局で（遅れネットでさえ）放送されるとは限らないケースも増えている（在阪・在名局のいずれかでさえ放送されないアニメも見られる）[40]。

地方局の予算不足（主に番組販売購入費用面）の事情もしくは制作委員会側の事情（対費用効果面など）により、キー局と同時ネットの放送が不可能なだけでなく、遅れネットでの放送も困難な状況を抱えることもあり、更に近年では一度再放送した旧作でも再び放送する事さえままならない例も少なくない（地方局では大口のスポンサーが付かないケースも多いため）。

また、制作キー局の本放送時間帯が変更された場合（この場合は視聴率不振によるものが大半を占める）や放送期間の延長、年度末・秋季の改編期をまたぐ放送などにより、遅れネット局の編成の折り合いが付かずにシリーズ途中で打ち切られる例もしばしばある（最近の例では『結界師』など）。

地方によっては、民放が2?3局だった時代の方が、系列外向け時差スポンサードネットが多く行われていたためか、4局化した現在よりも、放送本数が多かったという例もある。この場合、作品によってはフィルムネットの形を取らず、キー局が一定の放送枠を設定して夕方枠などで裏送りを行い、複数の局が同一の遅れの幅と時間帯で放送する形を取るなど、キー局やスポンサーによる地方への配慮も行われていた。遅れネット局の中の1局がそれらへの送り出し局となる場合もあった。

その他の問題 この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。

漫画・ゲーム・小説を原作とした作品のアニメ化を、アニメ誌・漫画雑誌（原作の連載誌）などで特集する際、「全国○○系で放送」「○○系全国ネット」と銘打って取り上げるケースもしばしば見られるが、これは全国にある各系列局で放送すると言う意味であり、地方の系列局全てで、かつ同時ネットで放送されるという意味ではなく、日本全域で受信できるという意味ではない（全ての系列局で放送できるかはローカル局の事情により不透明であるが、仮に全ての系列局で同時ネット（フルネット）できたとしても、それでも系列局の無い地域など受信できない地域は発生する）。

アニメ誌の記事においては「ローカル局では放送されないこと」または「遅れネットで放送される局もあること」についてはあまり大きく言及せず、キー局や同時ネット局のみを優先する形でしか描かれないことが多い。仮に全国フルネットであっても局によって系列局の数は違うため、仮に『テレビ東京系全国ネット』と書かれていたとしても、系列局は6局しかないため、他系列フルネットと比べても見られる地域は限定的なものとなる。

これにより、地上波のアニメがNHKと同様、あたかも国内全域で放送され、受信できるかのような誤解を招くこともしばしば見られる。

また、近年では再放送枠が全体的に減少傾向にある為、本放送を見逃したらDVDを購入もしくはレンタルをするか、ケーブルテレビ、スカパー!などを通じてアニメ専門チャンネルなどを頼る必要が多い事例が急増している。