環境省は土壌の環境基準(1,000pg-TEQ/ｇ以下但し、250pg-TEQ／ｇ以上の場合には、必要な調査を実施すること）を定めているが土壌汚染対策法の指定基準には定めが無い。なお、大阪府等の自治体は独自に条例を設けてダイオキシン類の調査・対策の手順を定めている。 ダイオキシン類は、木材などに含まれるリグニンという成分と分子構造が似ている。このため、リグニンを分解する酵素群を持つ白色腐朽菌等を使用してダイオキシン類に汚染された土壌を浄化するバイオレメディエーション技術が研究されている。
ダイオキシン類は河川や港湾の底質に多く蓄積されており、アナゴなどの水底で棲む魚介類のダイオキシン類濃度が高いことを農林水産省等が発表している。また環境省は底質暫定除去基準値以上のPCBを含む底質を除去するように政令で通達している[33]。また、底質ダイオキシン類の環境基準(150pg-TEQ/g)を定めており、環境基準を超過する底質は、可及的速やかに対策を講じることが行政の目標である。
過去に、どんなものを燃やしてもダイオキシンが発生すると騒がれたが、ダイオキシン類は塩素を含む物質が不完全燃焼したときに発生する物質である。またその発生量は、燃やした物質に含まれる塩素濃度が0.1～50%程度の場合は濃度にはほとんど関係なく、燃焼条件で決定される。
豊能郡美化センター[34]（能勢町、豊能町） 詳細内容については「豊能町#ダイオキシン問題」の項を参考のこと。
あるいは日本におけるダイオキシン汚染原因の一つは過去に使用された農薬である。特に水田除草剤に使用されたPCP、土壌殺菌剤PCNBなどには不純物としてダイオキシン類が含まれており、日本全国で汚染があったと推定されている。現在はPCPなどの使用は禁止されており、汚染は徐々に減少しているものと考えられる。
埼玉県古綾瀬川、静岡県田子の浦、千葉県市原港、富山県富岸運河、和歌山県海南地区、大阪府河川や港湾、福岡県洞海湾等で底質環境基準を超過するダイオキシン類が検出され国土交通省や各自治体が対応に取組んでいる。
脚注^ ⇒蓄積と生物濃縮 (PDF) 森林総合研究所
^ ⇒水生生物におけるダイオキシン類の生物濃縮性に関する研究 (PDF) 横浜国立大学
^ ⇒東京湾の水生生物の食物連鎖におけるダイオキシン類の挙動（PDF）横浜国立大学
^ ⇒イネは土壌からダイオキシン類を吸収しない （農業環境技術研究所）
^ ⇒大豆は土のダイオキシン類をほとんど吸収しない (PDF) 独立行政法人 農業・食品産業技術総合研究機構 東北農業研究センター
^ ⇒平成14年度農地土壌および農作物に係るダイオキシン類実態調査結果 (PDF) 環境省、農林水産省
^ 『 ⇒ダイオキシン類 2005』 (PDF) （環境庁）
^ この分布は生体内の脂質分布と一致する。脂質分布は記事 コレステロールに詳しい
^ a b 魚からの摂取が大きい場合の推定は大きな幅を持っており、国民栄養調査(1995)によると日本人の5%は魚介類・魚類加工品の摂取量が平均の2倍以上であることが知られている。魚の摂取が多いケースの推定値が3.26pgTEQ/人/dayである。;ダイオキシンリスク評価検討会報告
^ 高山らによる大阪府下におけるマーケットバスケット方式推定値は総ダイオキシン類の摂取量は163 pgTEQ/人/dayであった。（高山幸司ら「日本における食事経由のダイオキシン関連物質の摂取量」『食衛誌』32、1991年、525-532頁。）
^ ⇒平成16年度食品からのダイオキシン類一日摂取量調査等の調査結果について （厚生労働省）
^ a b c d e f g h ⇒ダイオキシンリスク評価検討会の報告の概要 環境省