持株会社としてのセブン&アイは、株式移転により2005年9月1日に設立。純粋持株会社で、事業内容はコンビニエンスストア事業、スーパーストア事業およびレストラン事業を中核に百貨店事業、金融サービス事業およびIT/サービス業等を行う企業グループの企画、管理、運営としている。再編前の株式会社イトーヨーカ堂がセブン-イレブン・ジャパン、デニーズジャパン両社の親会社であったため、株式移転によりセブン&アイの子会社となったヨーカ堂は、両社の株式が株式交換され、4億2,750万9,908株という大量のセブン&アイ株の交付を受けた。 ⇒会社法第135条により親会社株式の保有はできず、当該株式は相当の時期に処分が必要となるが、セブン&アイは再編にあたり、当該株式を全株消却するため、従来のヨーカ堂を中間持株会社に転換して株式保有させ、事業承継会社（新ヨーカ堂）を新たに分離した後、保有株式とともに中間持株会社をセブン&アイに吸収合併させることとした。この枠組みにより2006年3月1日に従来のヨーカ堂は「株式会社イトーヨーカ堂SHC」と商号変更して中間持株会社に転換し、会社分割で同社から事業一切を承継する「株式会社イトーヨーカ堂」（新ヨーカ堂）を設立した。そして、イトーヨーカ堂SHCを直ちにセブン&アイが吸収合併し、イトーヨーカ堂SHCが保有する4億2,750万9,908株のセブン&アイ株は同社の自己株式となった。当該株式は2006年7月4日に全株（消却時点の発行済み株式の31.33%）が消却された。
2006年2月28日時点での発行済み株式総数13億4,638万3,002株、株主7万7,413名
株式会社イトーヨーカ堂 4億2,750万9,908株
伊藤興業有限会社 6,695万4,000株
（子会社のイトーヨーカ堂が発行済み株式総数の約3分の1で、2位の株主の約6倍の株式を保有する状態になっている）↓
2006年7月4日消却後の発行済み株式総数9億3,719万0,746株
（イトーヨーカ堂SHC保有の株式が自己株式となり、2006年7月4日に全株消却されたため、その分だけ発行済み株式総数が減少）
なお、イトーヨーカ堂SHC（従来のヨーカ堂）はセブン&アイ株と新ヨーカ堂株だけでなく、ヨークマート株とセブン&アイ生活デザイン研究所株（旧IYG生活デザイン研究所）も保有し、これらの会社も同社の吸収合併によりセブン&アイの直接の子会社とした。また、それら以外の株式は、新ヨーカ堂に承継されている。
売上高と店舗数と従業員数（2006年2月現在）
セブンイレブン
売上高:2兆4,987億円 店舗数:12,006店（世界32,208） 従業員数:4,804人
イトーヨーカ堂（単体）
売上高:1兆4,705億円 店舗数:182店 従業員数:45,825人
ミレニアムリテイリング（西武、そごう）単体
売上高:9,451億円 店舗数:28店 従業員数:5,296人（ロビンソン百貨店を含めた百貨店事業全体では、9,887億円となる）。
ヨークベニマル
売上高:3,199億3,100万円（2008年2月期） 店舗数:147店 従業員数 2,284名（2008年2月現在）
ヨークマート
売上高 971億円（2004年度） 従業員数 4210人（2004年度 店舗数:60店（2008年3月）
赤ちゃん本舗
売上高:845億3700万円（2006年12月期） 店舗数:67店 従業員数:1073名（2007年5月現在）
ロフト（雑貨店）
売上高:556億5,000万円（2007年2月期） 店舗数:32店（2005年） 従業員数:2,341名（2007年2月期）
直接の完全子会社イトーヨーカドー八戸沼館店（ピアドゥ）
株式会社イトーヨーカ堂 - イトーヨーカドー - スーパーストア（GMS）。
株式会社セブン-イレブン・ジャパン - セブン-イレブン - コンビニエンスストアチェーンのフランチャイザー。
株式会社セブン&アイ・フードシステムズ - デニーズ・ファミール - ファミリーレストラン、 ポッポ - ファストフード、イトーヨーカドーの従業員食堂、学生食堂。
株式会社ミレニアムリテイリング（株式交換により2006年6月1日に完全子会社化） - 百貨店のそごうと西武百貨店の持株会社。
株式会社ヨークベニマル（株式交換により2006年9月1日に完全子会社化） - 福島県中心のスーパーマーケット（旧紅丸商事）。1973年から提携。
株式会社ヨークマート（2006年3月の合併で直接の完全子会社に） - 首都圏の食品スーパーマーケット。2009年にヨークベニマルに事業統合予定。
株式会社セブン&アイ生活デザイン研究所（2006年3月の合併で直接の完全子会社に） - 商品開発（旧株式会社IYG生活デザイン研究所）。
株式会社セブン&アイ・フィナンシャル・グループ（2008年1月11日設立） - グループのノンバンク事業の中間持株会社。傘下には、株式会社アイワイ・カード・サービス（クレジットカード事業および電子マネー事業）、株式会社ヨークインシュアランス（保険代理店事業）、株式会社SEキャピタル（リース事業）、株式会社セブン・キャッシュワークス（釣銭宅配・交換機事業）がある。また、出資先としてライフネット生命保険株式会社がある。
株式会社セブン&アイ・ネットメディア（2008年7月11日設立） - グループのインターネット通信販売事業の中間持株会社。傘下には、株式会社セブンドリーム・ドットコム（セブン-イレブンネット運営他）・セブンアンドワイ株式会社がある。
ミレニアムリテイリング系小売業
株式会社そごう（ミレニアムリテイリング100%） - デパートメントストア（百貨店）。2006年1月からグループ入り。
株式会社西武百貨店（ミレニアムリテイリング100%） - デパートメントストア（百貨店）。2006年1月からグループ入り。
株式会社シェルガーデン（西武百貨店、ミレニアムリテイリング100%） - 高級食品スーパーマーケット「ザ・ガーデン自由が丘」。
