1821年エジプトのムハンマド・アリー朝のイスマーイール・パシャにより後のスーダン北部が征服された。エジプトは次第に南部に支配を広げたがエジプトそのものがイギリスの保護下に置かれ、イギリスの力を借りて支配を広げていった。
1883年にムハンマド・アフマドを指導者とするマフディー運動（マフディーの乱）がエジプト/イギリス軍のチャールズ・ゴードンを撃退し、マフディー国家が建設された。
1898年イギリスのホレイショ・キッチナー率いる英埃軍がオムドゥルマンの戦いなどでマフディー国家を制圧し、1899年から再びエジプトとイギリスの両国による共同統治下に置かれた。1924年以降は南北で分断して統治する手法を採った。
1924年以降北部を中心に独立運動が続けられ、1954年自治政府が発足し、1956年1月1日に独立した。
独立運動の主体及び自治政府が北部のイスラム教徒中心であったため、1955年に南北内戦が勃発し北部の「アラブ系」イスラム教徒と南部の主に黒人の非アラブ系（主にアニミズム、一部キリスト教徒）が戦った。1924年以降イギリスが南北を分断統治し、マラリアなどの予防の名目で8度以北の者が南、10度以南の者が北に行くことはどちらも違法とされたことも分裂の元となった。第一次内戦は1972年のアディスアベバ合意まで続いた。
1969年5月、陸軍のクーデターでモハメド・アン＝ヌメイリを議長とする革命評議会が全権を掌握、国名をスーダン共和国からスーダン民主共和国に改め、1971年にヌメイリが大統領に就任した。ヌメイリ政権は1983年9月にイスラム法を導入したため、これに反発する南部スーダンの黒人有力民族ディンカ人を主体とするスーダン人民解放軍 (SPLA) がゲリラ闘争を拡大、再び内戦に突入した。
1984年からは旱魃（かんばつ）とエチオピアからの難民流入で経済困難に陥り、1985年5月にヌメイリ大統領はクーデターで失脚し、エジプトに亡命した。12月に国名はスーダン共和国に戻され、翌1986年4月、議会選で、ムハンマド・アフマドの曾孫にあたるサーディク・マフディーを首相とする文民政権が成立した。
1989年6月30日、オマル・アル＝バシール准将がイスラム主義組織民族イスラム戦線 (NIF) と連携して無血クーデターを成功させた。バシールは、「革命委員会」を設置して非常事態を宣言し、自ら元首、首相、革命委員会議長、国防相に就任し、NIFの主張に沿ったイスラーム化を推進した。最高機関だった革命委員会は1993年10月、民政移管に向け解散し、同委員会の権限は内閣に委譲されたが、バシールが首相を兼任したまま大統領に就任した。1996年3月の議会選では欧米諸国との関係改善を図るバシール大統領派が圧勝し、バシール政権が存続した。
1998年5月、政党結成の自由などを含む新憲法の可否を問う国民投票を実施し、96.7%が賛成により成立、1989年以来禁止されていた政党活動が解禁となった（政党登録開始は1999年1月）。しかし、バシール大統領は大統領の権限縮小を狙う国民議会のトラービー議長との確執から、1999年12月に非常事態を宣言し国民議会を解散、内閣も総辞職し、2000年1月に親トラービー派を排除した新内閣が発足、トラービーはバシール政権の与党「国民会議」（NC, NIFを母胎とするイスラム主義政党）の書記長を解任された。
トラービーは新党「人民国民会議」(PNC) を結成し対抗したが、12月の議会選、大統領選では野党はボイコットし、バシール大統領とバシール派政党が勝利した。2001年2月、PNCとSPLAがスイスのジュネーブで第二次内戦終結や民主化に向け協力するとの覚書に調印したため、政府はトラービーらを逮捕して対抗した。
バシール大統領は2002年8月19日、小規模な内閣改造を実施し、イスラム主義中道派のウンマ党 (UP) の分派メンバーを閣僚に登用した。さらに11月30日には中道リベラル政党「民主統一党」(DUP) の分派メンバーも入閣させるなど、野党勢力の取り込みを図ることで、SPLAとの和平交渉と併せて柔軟姿勢を示した。2005年1月9日には、バシールとSPLAとの間で包括和平、半年後の暫定政府発足について合意に達した。
2005年7月9日、バシールを大統領、SPLAのガラン最高司令官を第一副大統領とする暫定政府が発足した。暫定政府が6年間の統治を行なったうえで南部で住民投票を実施し、北部のイスラム教徒系政権と南部政府の連邦を形成するか、南部が独立するかを決めることになった。
7月30日、副大統領となったばかりのガランが、ウガンダ訪問からの帰途に事故死（ヘリコプターが悪天候のため墜落したとされる）し、これを聞いた南部住民数千人がアラブ系住民を襲撃するなどの事件が発生。また、SPLAを束ねてきたガランの死は、SPLA内部の権力争いにつながる可能性を帯びている。さらに、SPLAは南部側の政府代表といってもそのうちの旧主流派はディンカ族中心であった。南部のヌアー族が政権の支援を受け、SPLAへの攻撃を開始するとの憶測も流れた。
西部のダルフール地方3州でも2003年以降アラブ系と非アラブ系の紛争が激化し、2004年アフリカ連合が監視要員の派遣を決定した。詳細はダルフール紛争を参照。
南北和平協定における協定事項の一つであったアビエイの境界を巡り、北部側が提案を拒絶しディンカ系住民を攻撃し2007年末より戦闘が激化、2008年には正規軍同士が衝突するに至った。
政治
議会は、一院制の国民議会（360議席）
政党
国民会議 (NC)