ワールドカップ終了後、フィリップ・トルシエの後任として2002年7月22日にサッカー日本代表監督に就任。それまで監督経験は無かったものの、ブラジル代表のスタッフを務めた経験や、鹿島の選手やテクニカルディレクターとして同クラブの躍進に尽力した経験からの抜擢であり、日本サッカー協会会長の川淵三郎の強い意向でもあった。

ジーコは2004年のAFCアジアカップ2004優勝や2005年のFIFAコンフェデレーションズカップ2005での健闘、ワールドカップ予選を世界中の国に先駆けて最も早く突破するなどの結果を残したが、細かな規律を設けない選手の自主性に任せた指導（後述）は様々な波紋を呼び議論の的となった。成績等については下の諸項目を参照のこと。

2006年以降

ワールドカップ・ドイツ大会終了後に日本代表監督を退任。2006年7月4日にトルコ・シュペルリガの名門フェネルバフチェの監督に就任。2006-07シーズンは、カップ戦は取れずに終わったが、リーグ戦では序盤で首位に立ってから一度もその座を譲ることなく2007年5月13日に優勝をした。また、2008年に行われるUEFAチャンピオンズリーグの決勝トーナメントへ初めて同クラブを導いた。決勝トーナメントではセビージャFCをPK戦の末下し、ベスト8に進出。準々決勝では強豪チェルシーFCと対戦。圧倒的な不利の下馬評の中、ホームでは2-1で勝利した。しかし、続くアウェイでの試合では0-2と敗れ、ベスト4進出はならなかった。2007-2008シーズンの国内リーグでは2位。シーズン終了後、クラブとの条件が合わず退任。2008シーズンはウズベキスタンの強豪チームFCブニョドコルで指揮を執ることになった。

統計

所属クラブゴール数試合数ゴール確率
フラメンゴ5087310.69
ウディネーゼ56790.69
住友金属、鹿島アントラーズ54880.61
セレソン66880.75
オリンピック180.12
マスターエイジ10180.55
ティーンエイジ811160.69
その他50520.90
総合計82611800.70

個人タイトル

ブラジル最優秀選手 1974年、1982年

南米年間最優秀選手 1977年、1981年、1982年

カンピオナート・ブラジレイロセリエA得点王 1980年、1982年

コパ・リベルタドーレス得点王 1981年

トヨタカップ最優秀選手 1981年

FIFAワールドカップベストイレブン 1982年

英誌ワールドサッカー選出世界年間最優秀選手 1983年

英誌ワールドサッカー選出20世紀の偉大なサッカー選手100人 1999年

ビーチサッカーワールドチャンピオンシップ得点王 1995年

ビーチサッカーワールドチャンピオンシップ最優秀選手 1995年

フラメンゴ クラブ歴代最多得点記録（508得点）

マラカナンスタジアム歴代最多得点記録（333得点）

FIFA100 2004年

個人成績

国内大会個人成績
年度クラブ背番号リーグリーグ戦リーグ杯オープン杯期間通算
出場得点出場得点出場得点出場得点
ブラジルリーグ戦ブラジル杯オープン杯期間通算
1971フラメンゴ全国1部152
1972フラメンゴ全国1部60
1973フラメンゴ全国1部358
1974フラメンゴ全国1部5032
1975フラメンゴ全国1部5541
1976フラメンゴ全国1部4732
1977フラメンゴ全国1部4736
1978フラメンゴ全国1部2219
1979フラメンゴ全国1部2227
1980フラメンゴ全国1部4521
1981フラメンゴ全国1部4128
1982フラメンゴ全国1部3620
1983フラメンゴ全国1部4842
イタリアリーグ戦イタリア杯オープン杯期間通算
1983-84ウディネーゼセリエA2419
1984-85ウディネーゼセリエA163
ブラジルリーグ戦ブラジル杯オープン杯期間通算
1985フラメンゴ全国1部32
1986フラメンゴ全国1部43
1987フラメンゴ全国1部176
1988フラメンゴ全国1部184
1989フラメンゴ全国1部194
日本リーグ戦JSL杯/ナビスコ杯天皇杯期間通算
1991-92住友JSL2部2221-
1992鹿島-J-10621127