オークション方式を採用している。 オークション方式は、他の証券市場と同様の売買方式である。
かつては、オークション方式とマーケットメイク(MM)方式、2つの売買方式を採用する市場であった。日本の証券市場では、マーケットメイク方式を唯一ジャスダックが採用しているため、これがジャスダックを特徴付けている売買方式であった。しかしながら、日本ではマーケットメイク方式はなじみが少なく、導入企業数は上場企業総数978銘柄のうち、199銘柄にとどまったため、2008年3月21日をもって、マーケットメイク方式は廃止となり、2008年3月24日からの取引はすべてオークション方式にて行われることとなった。
2008年4月1日より、マーケットメイク方式にかわる制度として、リクイディティ・プロバイダー制度が導入された。リクイディティ・プロバイダー(LP)制度とは、マーケットメイク方式でのメリットである常に売り気配、買い気配を提示し、流動性を供給するメリットを活かし、取引参加者であるLPが常に買い注文、売り注文の両方もしくはいずれか一方を出すことにより、流動性を供給する制度である。（参考）マーケットメイク方式は、複数のマーケットメーカーと呼ばれる証券会社が、常時売り気配と買い気配を提示し、これに基づいて売買が行われる。このため、売り買いのどちらか一方しか注文が集まらず、売買不成立という状況は発生しない。小型のベンチャー企業などの流動性が低い銘柄であっても、流動性が確保できるメカニズムとなっている。ただし、投資家は証券会社との取引となり、常にその価格でしか取引できない。さらに値幅制限がないため、1日で株価が数倍に跳ね上がるなど時に思わぬ価格変動が生じることもある。また、取引量が増加すると、提示価格が変動するため、同一銘柄が同一時刻に売買される場合でも、証券会社によって売買価格が異なる場合が発生する。
立会時間
前場 09:00〜11:00
後場 12:30〜15:00
2006年7月3日に、金融庁の認可を受け、国内の証券取引所としては初めて委員会設置会社に移行。市場運営部門と自主規制部門との業務執行を分けるとともに、自主規制機能の強化および独立性を高めた。市場運営は代表執行役社長(CEO)が指揮を取り、自主規制は代表執行役会長で自主規制責任者(CRO)が業務執行を取りまとめている。組織上、CROの下に自主規制部門総括室があり、それと並列して、以下の4部門が自主規制業務に従事している。
上場部 ： 上場後の上場有価証券の適格性に関する維持のため、その発行者の把握、管理を行う。
上場審査部 ： 上場審査に係る業務を行う。
売買監理部 ： インサイダー取引等、不公正取引に関する監視業務を行う。
参加者管理部 ： 取引参加者（金融商品取引業者）に関する検査等を行う。
また、会社法に基づく、指名・報酬・監査の法定3委員会の他、金融商品取引法上の「自主規制委員会」を組織しており、自主規制委員会は、ジャスダック証券取引所の自主規制業務に係る事項を決定している。
沿革
1963年2月 - 日本証券業協会が店頭登録制度創設。
1976年6月1日 - 日本店頭証券株式会社が設立される。
日本証券業協会と証券会社の共同出資
1983年6月 - 登録会社の公募増資規制が緩和される。
1985年4月1日 - 日本経済新聞社が日経店頭平均株価の公表を開始。
1983年11月11日にさかのぼって算出
1986年7月 - 登録会社株の投資信託への組み入れが解禁される。
1987年10月 - 登録会社の転換社債（現在の「転換社債型新株予約権付社債」）発行が解禁される。
1988年 - フォーバルが設立後日本最短記録で上場。
1991年10月28日 - 株式売買・情報ネットワーク「ジャスダックシステム」稼動。
1991年10月28日 - 日本証券業協会がジャスダックインデックスの算出・公表を開始。
1996年1月 - 登録会社の新株引受権付社債（現在の「新株予約権付社債」）発行が解禁される。
1997年7月 - 借株が導入される。
1997年10月 - 信用取引が導入される。
1998年12月 - 商号を株式会社ジャスダック・サービスに改める。マーケットメイク制度を導入。
証券業から撤退し店頭市場運営に業務を集約
1999年7月1日 - 日本証券業協会とブルームバーグがジャスダック・ブルームバーグインデックス（4種類）の公表を開始。
1999年1月4日にさかのぼって算出
2000年3月 - マーケットメイクシステム稼働開始。
2001年2月 - 商号を株式会社ジャスダックに改める。
2001年5月 - 第2次ジャスダックシステム稼動開始。
2001年7月 - 従来の「店頭市場」に代わり「JASDAQ市場」を公式名称に採用。
2002年1月 - 株式投資教育を目的として株式売買シミュレーションゲーム「JQ the Market」を開設。
2002年4月1日 - 株式会社ジャスダックがJ-Stockインデックスの公表を開始。
2002年2月28日にさかのぼって算出
2003年5月 - 新マーケットメイク制度を導入。
2004年9月29日 - 証券取引所を開設するための免許の申請書を金融庁に提出。
2004年12月3日 - 内閣総理大臣より、証券取引所に関する免許の交付を受け、商号を株式会社ジャスダック証券取引所に変更。
2004年12月13日 - 証券取引所として新たに発足。