アメリカ合衆国のアラバマ州ハンツビルのウェールズ系移民の家系に生まれる。
大学卒業後、シカゴにある先物オプション企業にディーラーとして勤務。退社後、ティム・シェルとBomisを創業[要出典]、筆頭株主 兼 CEO となる。Bomisは「男性向けサーチエンジン」であり、しばしばエロチックな商品を売り、時に裸同然の女性を売り物にした点で『マクシム』誌に似ていると言われた[1]。現在はこの企業とは関係をもっていないが、Bomisのコンテンツは「インターネット上の雑誌『プレイボーイ』」[2]のようなものともされ、このことはしばしば批判の対象になっている[3][4]。
その後、インターネットのウェブ上で展開する百科事典プロジェクト「Nupedia」を始める。
しかし、ヌーペディアが厳しい査読制度をとっていたため、発展速度が遅かったこともあり、ヌーペディアの査読者であったラリー・サンガーの勧めに従い、ウィキを使って自由な執筆を可能にした新たな百科事典プロジェクト「ウィキペディア」を創設する。
ウェールズがカリフォルニア州からフロリダ州に転居するとともに、ウィキペディアのサーバーもフロリダ州セントピーターズバーグに移転。ウィキペディアの発展に伴い、2003年に非営利法人「ウィキメディア財団」をフロリダ州タンパに設立。ウィキペディア創始者（Wikipedia Founder）・終身理事（当時）として財団に参加する。
2004年には、ウィキア社をアンジェラ・ビーズリーと設立、ウィキを使った商用コミュニティサイトの経営にも乗り出す。同年、ウィキメディア財団の運営により重心を置くことに決め、同年6月、Bomis CEO の座をティム・シェルに譲る。財団の理事が定足 5名に達すると、理事会議長を兼任。その後 2006年10月に退任し、名誉理事長となる。財団は同年12月に定款を改定し、会員制度の廃止とともに、終身会員や終身理事の規定を撤廃、ウェールズも他の理事と同様の任期付きの理事となった（ただし再選についての制限はない）。現在の任期は2008年12月まで。
現在は、アジアおよびアフリカを中心とする、第三世界の教育、福祉機関への安価で良質な情報提供をプロジェクトの将来的目標としつつ、ウィキペディアを始めとするウィキメディア財団のプロジェクトを理事会の一員として指揮するとともに、ウィキを使ったコミュニティ・ポータルサイト「Wikia」を運営している。またウィキを使った検索エンジンの構想にもたびたび言及している。
2004年夏に、講演などのため、初めてヨーロッパを訪問。以後、世界各地で講演活動や第三世界での教育に関わるシンポジウム出席などを行っている。また現在はハーヴァード大学バークマンセンター客員研究員、クリエイティヴ・コモンズ理事など、フリーカルチャーに関係する他の機関にも名を連ねている。
1997年にフロリダで結婚したが[5]、現在は別居している[6]。娘がひとりいる。現在はフロリダ州に在住[7]。
2007年3月に来日し、公開インタビューや、Wikiaのプロモーションを行った。
カナダのジャーナリスト、レイチェル・マースデン（Rachel Marsden）と短期間の交際が報じられている。これは、ウィキペディア上に記載されたマースデンの伝記事項について、マースデン本人がウェールズにコンタクトを取ったことが発端であった[8]。マースデンはそれまでに何度もウィキペディアに対して彼女の伝記事項を削除するように求めており、2006年にはウェールズに記載が誤りに基づく中傷であると連絡した。ウェールズは彼女の伝記事項の記述を調べ、その記載の水準が十分ではないと見なし、彼女に対してこれを改変する手助けをしたと伝えられている[9]。2008年2月29日、ゴシップ・ブログ『Valleywag』は二人が交際中であると報じ、彼らのチャットとされるものを公開した。その翌日、ウェールズは自分のウィキペディア・ユーザーページにおいて、もう彼女とは関係がない、との発言をした。一方、マースデンの側はウェールズのその記述を読んで関係の終焉を知らされたとして、ウェールズが彼女のアパートに残していったとされるTシャツとセーターをeBay上でオークションに出している[10][11][12][13]。二人の関係が英語版ウィキペディアの方針の一つである〈利害の対立〉（ ⇒en:Wikipedia:Conflict_of_interest）に抵触するのではないかという非難に対し、ウェールズは自分のユーザーページにおいて（後に個人ブログへ移動）、関係は確かにあったが既に終わったことであり、ウィキペディア上の記載には何も影響を与えなかったと述べた[13][14]。
ウェールズはラリー・サンガーがウィキペディアの共同設立者であることについて反論を公言し、ウェールズただ一人がウィキペディアの設立者であるとの発言をたびたび行っている[15]。これはサンガーが雇われた従業員であったということを根拠にしたものである[16]。