コンビニエンスストアは古くより、商品レイアウトの問題から、万引きを誘発しやすいとの指摘がある。豊富な商品と背の高い陳列棚、少ない店員などがその理由である。実際には、店内が明るく他の客も多い事や、前出の凸面鏡や防犯カメラの設置により、書店などの非常に万引きが多い業種と比較すれば万引き被害は少ないと言えるが、立地によっては万引き被害が原因で閉店に追い込まれるケースもあり、これといった打開策がなく慢性的な問題になっている。
さらにその一方で、深夜時間帯等の営業時間には客が少なくなるため、強盗などの被害を受けるケースは多い。近年では取扱商品の高額化や銀行ATM（コンビニATM）の設置店が増えた事もあり、被害を受ける危険性が高まっている。このためカメラ台数の増強、オンラインによる遠隔監視が可能な防犯カメラの導入、金融機関などに見られるカラーボールの用意・防犯会社への通報設備設置など、防犯設備は充実傾向にある。
この他、基本的な防犯対策として、入店者の人相が判り難いフルフェイスヘルメット着用者の入店拒否、未成年者への酒・タバコの全面販売拒否、強盗に狙われやすい店頭レジの保管金額を抑えるなどの工夫が成されている。特に個人オーナーが直接店長を務める店では、店長の個人的な判断により、木刀やバット、特殊警棒、防犯スプレーなどで武装するケースまで見られ、過去にはこれらによる撃退事例も報告されている。また、海外では拳銃などの設置も見られる。また深夜などの治安が低下する危険な時間帯も営業しているため、地元警察と連携を取る動きも見られる。
コンビニエンスストアの24時間営業が地域社会に受け入れられるにつれ、地元警察との連携は、コンビニ側の防犯体制のみならず、警察側の犯罪捜査への協力体制も含めた双方向的なものとなってきている。警察官がコンビニエンスストアを利用する場合に於いて、従来は交代で食事などに出た警官がコンビニなどで買い物をする際に「勤務時間内にコンビニでサボっている」や「公私混同している」との風評被害を避けるため、制帽を脱いで私服の上着をつけるなどといった服装規定が定められていたが、2000年頃から急激にコンビニ強盗が増えた事もあり、2003年12月より愛知県警においては、制服のままコンビニに出入りさせる事で、地域防犯の向上に役立てようという運動を始めている。その他の地域でも同様な活動が行われており、警邏中の警官が気軽に巡回中に立ち寄ることで、強盗事件などの発生の減少が期待されている。また、コンビニに立ち寄った不審な人物を店員が警察に連絡し、近隣で起きた他の事件の容疑者の検挙につながったケースも見られている。
だが、これらの対策が取られる一方で、
些細なことでも事あるごとに警察と連絡を取らねばならず、様々な手間や経費が掛かる様になる。
防犯設備が充実しているから、強盗などの重大事態でもなければ警察にまで頼る必要はない（あるいは警察に関わられたくない）。
などという理由で地元警察と積極的に関わる事を忌避するオーナーというのも決して珍しいものとは言えず、防犯自体に対する認識も含めて、防犯意識についてはあまり統一が図られておらず、オーナー毎の意識の差は決して小さくない。また、オーナーの中には経費や手間との比較で防犯を軽んずる者も見られ、極端な場合には、音がうるさい、電気代が掛かるなどという理由で、ある意味では防犯の基礎とも言える入口ドアの来客センサーの電源を切ってしまう者や、関わると事情聴取などで従業員が対応しなければならなくなる為に面倒臭いなどどして、店の前の道路で傷害事件が発生しても、見て見ぬふりを店員に指示する様な者も存在する。
また一方で、極端に治安の悪い地域では営業を辞めてしまうケースも見られる。2003年8月にはファミリーマート横浜戸部店が、強盗被害が相次いだため、「客と店員の安全を保障できない」という理由で閉店し、大きな話題となった。
都心部・繁華街では土地確保が難しいため、駐車場を持たない店舗が多い。一方、自家用車が重要な交通手段となっている地方では駐車場を備えるのが必然となっており、ドライブインのように利用されたり、あるいはコンビニで買った弁当や食料品を自分の車に持ち込んで休息することにも利用されている。
コンビニでの酒類販売行為
飲酒運転や危険運転行為については、コンビニで買い物をしていた場合は、飲食店と同様に、コンビニ経営者を飲酒運転の幇助行為や危険運転幇助犯として処罰するべきではないかという考えもある。中には、経営者でありながら黙認する店舗もあり、問題視する声もある[1]。
問題点
駐車時の物損事故、人身事故もあり、駐車場を持つ店舗の多くは「駐車場での事件事故には責任を負わない」という旨の看板を掲げている。運転操作を誤った車両が店舗に飛び込む物損事故も多々発生している。この場合、数日間は店を閉めて破損箇所を修繕しなければならなくなるため、運転者は直接の物的損害のほかに休業補償をする必要があり、多額の金銭的賠償責任を負うことになる。また、若者のたまり場となるケースもあり、彼らが夜間騒ぐと近隣の住民から苦情が寄せられることもある。
「セブン-イレブン」の由来が「7時から11時（＝23時）まで」であるとおり、コンビニエンスストアの草創期に於いては、「早朝から深夜まで開いている」ことが特長の一つであった。しかし生活様式の変化と、商品配送・店内メンテナンスの都合などから、今日では都心・郊外問わず、ビル・施設内設置などの一部店舗を例外として、年中無休24時間営業が原則となっている。
都市工学的な側面から見た場合、コンビニエンスストアは無視出来ない要素となっており、単なる消費者の利便性だけでなく、この24時間営業を続ける種類の、また誰でも出入りできて防犯体制が充実しているという側面から、コンビニの明るさによる周辺地域の治安維持の効果や、つねに人がいるため緊急時に助けを求めることのできる避難場所としての役割が存在する。日本フランチャイズチェーン協会の2006年に発表した資料[2]によれば、2005年10月からの半年未満で、全国36,622店のコンビニエンスストアで約5,300件の駆け込み事例があったという。なお日本フランチャイズチェーン協会では加盟店舗にセーフティステーション活動（通称「 ⇒SS活動」）を2005年から行っている。
しかし最近では、ローソンが原則24時間営業を見直す動きを見せた事があるなど、将来的には地域や店舗によって営業時間に違いが生じてくる可能性がある。24時間営業を見直す理由としては、郊外地域など一部の店舗では深夜開店のコストメリットが（防犯面も含め）低いこと、店舗経営者が高齢化し、24時間営業を維持することが体力的に厳しくなっていること、環境意識の高まりから、深夜に煌々と灯りを点していることへの是非が問われていること、本部側にとっても人件費抑制の為に割高になる深夜帯の配送に携わる労働力を削減すること[3]、などの要素が挙げられている。2008年に発表されたアンケート結果によると、地球温暖化防止のため我慢できるものとして「コンビニ店等の深夜営業」をあげた人が83％いた。
こうした流れを受けて、京都市や埼玉県、神奈川県など一部の地方自治体ではコンビニの深夜営業を規制しようとする動きも出ている。一方で、「（環境保護の観点でいえば）コンビ二の深夜営業そのもので出る二酸化炭素の排出量は微々たるものである。コンビニ以外の他の深夜営業が規制されないのはおかしい」という指摘もある[4]。
コンビニの場合、店舗スペースに比較して食品や日用品、雑誌を主体に、品種数が多いのが特徴である。特に都市部の店舗では鮮魚・精肉といった生鮮食品は取り扱わないか、かなり限定的である。