コンビニの場合、店舗スペースに比較して食品や日用品、雑誌を主体に、品種数が多いのが特徴である。特に都市部の店舗では鮮魚・精肉といった生鮮食品は取り扱わないか、かなり限定的である。野菜や果物もサラダ・漬物・デザートなど惣菜としての場合を除いて単品として扱われることは少ない。
商品の価格は基本的にメーカー希望小売価格か、わずかに値引いた価格（オープン価格の場合適宜設定される）で販売される。食品については、賞味期限が迫っても値引き販売されることはなく、売れ残りは廃棄される[5]。
発注は電子的に行われ、おおむね翌日ないし当日の夜に納品される。毎日納品されるもの、週3回程度納品されるもの等がある。弁当・パンなどは1日に複数回納品される。以前は納入業者がそれぞれ納品をしていたが、環境問題から共同配送や温度管理の異なる商品の混載が進み、納品するトラックの便数は減る方向である。
また、情報システム面では、POSシステムを利用し、売れ行き情報などを管理・分析する事で、売れ行き商品を的確に把握し、季節・天候・地域性・客層・流行を調査、限られた店舗内で最大売上を挙げられるよう、効率化を追求している。特に500ml入りペットボトル飲料に関しては、様々なメーカーより多種多様な製品が発売されるが、それらを限られた店舗内に取り揃える事は不可能であるため、POSデータによる分析で、長くても一ヶ月以内に売れ筋か廃れる商品かを判定され、商品入れ替えが激しく行われている。これにより市場で生き残る清涼飲料水は0.1％程度といわれている。
また、近隣で祭礼やイベントがある際には、POSシステムを利用して前年の販売データを参照し、特別に多めの発注を掛ける様な事も行われている。
2005年9月3日、国内最大手のセブン-イレブンが、コカ・コーラなど清涼飲料水7品目について、メーカー希望小売価格から15％の値下げに踏み切った。セブン-イレブンは同月よりイトーヨーカドーなどとセブン&アイ・ホールディングスを設立し、巨大グループによる共同仕入れによる大量購入による価格交渉力の強化により、納入価格引下げをメーカーに求めた。
同日より、イオングループのミニストップもコカ・コーラなど5品目につき15％の対抗値下げを実施した。
これまで、24時間営業の利便性を武器に原則定価販売を堅持してきたコンビニ業界が、値下げ販売に踏み切ることになった背景としては、SHOP99に代表される低価格の24時間スーパーや、既存スーパーの深夜営業の拡大による競争激化が挙げられている。
現在のコンビニエンスストアの多くはフランチャイズ・チェーン方式であり、ボランタリー・チェーン方式やチェーン等に属さない独立経営のコンビニエンスストアは少なくなってきている。店舗経営者（フランチャイジー）の多くは個人である。複数店舗を経営する場合には法人化することが多い。チェーンの場合でも従業員は店舗経営者によって募集・雇用され、賃金が支払われる。フランチャイズ・チェーンであるから当然であるが、ほとんどのコンビニエンスストアがチェーン本部（フランチャイザー）とは資本的にも人的にも関係がない。
本部が経営する直営店は、大手チェーンの場合、戦略上出店したものを除くと、
地区事務所を併設している店舗
経営者の引退や撤退や、もしくは急病や突然死などにより運営できなくなった店舗
これらが多く、2のケースでは他の経営者に経営が委譲されるか閉店するまでの一時的措置であることが多い。
以下はフランチャイズ・チェーンを前提として述べる。
店舗経営者から本部に支払われるものはロイヤリティーのみが原則で、本部は店舗什器（じゅうき）、POSシステム・レジスター端末などの機器の提供（レンタル）、各種システムの構築、企画、宣伝、店舗運営指導などを受け持つ。ロイヤリティーはいくつかの名目で減額されるが、基本は粗利（あらり）に対して一定の率を掛けたものである。粗利とは売上額からその仕入原価を引いたものであり、利益とは異なる。
ロイヤリティーの率はチェーンによって違いがあり、店舗物件の所有形態、導入機器の違いなどによって率はさらに大きく異なる。店舗経営者が店舗や内装を所有する場合は低いが、それでも大手チェーンの場合で粗利の35%ないし45%であり、特別に低い条件でも30%程度である。近年は新規開業者の多くは自己資金が少なく、店舗を所有していないが、この場合さらにロイヤリティーの率が高くなる。このようにコンビニエンスストアの場合、粗利の大きな部分がロイヤリティーとして支払われるので、単純な売上のみで店舗の経営状態は判断できない。フランチャイズ・ビジネスが日本にあまり定着していない時代において、共同経営にも似たこのロイヤリティー率は「共存共栄」という言葉で説明されていた。
本部にて各種決済が代行されるため、売上金等は基本的に全額本部に入金される。これは本部の管理であり、もし、本部が倒産すれば返還される保証は基本的にない。開店時に本部に預託する保証金は以前ほど必要なくなっている。店舗や設備が店舗経営者の所有でないケースでは、店舗側で管理している資産は商品が主になる。なお、開業時には本部から商品代金を借り受けることができるので、少ない資金で開業できる。
人件費以外では固定的な費用が多く、店舗側のみの努力で削減できるものはほとんどない。チェーンの店舗数増加により恩恵を受けるものもあるが、比率としてはあまり大きくない。人件費は各種サービスの取扱が拡大し、従業員教育にかなり時間が必要になってきており、上昇傾向にある。情報機器の利用が増えるに従い関連費用[6]が増加している。なお、一部の費用については本部が負担する場合があるが、チェーンにより異なる。
消費期限のある商品は品切れを防ぐため需要より多めに仕入れるが、売れ残りによるロス率は意外と大きく、特に弁当・惣菜等のデリカ類はロイヤリティーの率によっては実質赤字状態の店舗も多い。販売管理システムの実力次第で無意味な売れ残りや品切れを減らすことができるはずであるが、この問題を含め本部の情報技術への投資が店舗経営の効率化に結びついているかという点については、多大な問題を抱えている。
また、コンビニチェーンにもよるが、デリカ類が品切れとなり冷蔵ショーケースが空の状態になる事を『チェーンの恥』とする風潮も見られ、本部から巡回してくる担当社員などが、日常的に多めの仕入れを半ば強制的に行わせているケースも見られる。
コンビニの各店舗には本部から担当社員が定期的に巡回し、また、POSシステムの情報機能なども用いて需要予測などの情報提供や仕入れ指導を行うが、どの商品を・どれだけ・いつ仕入れるかなど、仕入れの判断は各店舗の責任とされている。その仕入れ判断が正しければ店舗の売上増となるが、需要を読み違えると品切れとなり売上が伸びなくなったり、あるいは仕入れすぎて商品が期限切れとなるとそのロスはその店舗が被ることになる。