現在のコンビニエンスストアの多くはフランチャイズ・チェーン方式であり、ボランタリー・チェーン方式やチェーン等に属さない独立経営のコンビニエンスストアは少なくなってきている。店舗経営者（フランチャイジー）の多くは個人である。複数店舗を経営する場合には法人化することが多い。チェーンの場合でも従業員は店舗経営者によって募集・雇用され、賃金が支払われる。フランチャイズ・チェーンであるから当然であるが、ほとんどのコンビニエンスストアがチェーン本部（フランチャイザー）とは資本的にも人的にも関係がない。
本部が経営する直営店は、大手チェーンの場合、戦略上出店したものを除くと、
地区事務所を併設している店舗
経営者の引退や撤退や、もしくは急病や突然死などにより運営できなくなった店舗
経営者が重大な契約違反(販売期限切れ商品の販売など)を行ったために契約解除され、直営化された店舗
これらが多く、2や3のケースでは他の経営者に経営が委譲されるか閉店するまでの一時的措置であることが多い。 ただし、通常2のケースでは即座に閉店されることの方が多い。
以下はフランチャイズ・チェーンを前提として述べる。
店舗経営者から本部に支払われるものはロイヤリティーのみが原則で、本部は店舗什器（じゅうき）、POSシステム・レジスター端末などの機器の提供（レンタル）、各種システムの構築、企画、宣伝、店舗運営指導などを受け持つ。ロイヤリティーはいくつかの名目で減額されるが、基本は粗利（あらり）に対して一定の率を掛けたものである。粗利とは売上額からその仕入原価を引いたものであり、利益とは異なる。
ロイヤリティーの率はチェーンによって違いがあり、店舗物件の所有形態、導入機器の違いなどによって率はさらに大きく異なる。店舗経営者が店舗や内装を所有する場合は低いが、それでも大手チェーンの場合で粗利の35%ないし45%であり、特別に低い条件でも30%程度である。近年は新規開業者の多くは自己資金が少なく、店舗を所有していないが、この場合さらにロイヤリティーの率が高くなる。このようにコンビニエンスストアの場合、粗利の大きな部分がロイヤリティーとして支払われるので、単純な売上のみで店舗の経営状態は判断できない。フランチャイズ・ビジネスが日本にあまり定着していない時代において、共同経営にも似たこのロイヤリティー率は「共存共栄」という言葉で説明されていた。
本部にて各種決済が代行されるため、売上金等は基本的に全額本部に入金される。これは本部の管理であり、もし、本部が倒産すれば返還される保証は基本的にない。開店時に本部に預託する保証金は以前ほど必要なくなっている。店舗や設備が店舗経営者の所有でないケースでは、店舗側で管理している資産は商品が主になる。なお、開業時には本部から商品代金を借り受けることができるので、少ない資金で開業できる。
人件費以外では固定的な費用が多く、店舗側のみの努力で削減できるものはほとんどない。チェーンの店舗数増加により恩恵を受けるものもあるが、比率としてはあまり大きくない。人件費は各種サービスの取扱が拡大し、従業員教育にかなり時間が必要になってきており、上昇傾向にある。情報機器の利用が増えるに従い関連費用[6]が増加している。なお、一部の費用については本部が負担する場合があるが、チェーンにより異なる。
消費期限のある商品は品切れを防ぐため需要より多めに仕入れるが、売れ残りによるロス率は思いの外に大きく、金額で見た場合にこれが意外と馬鹿にできない事もある。特に弁当・惣菜等のデリカ類はロイヤリティーの率によっては実質赤字状態の店舗も多い。販売管理システムの実力次第で無意味な売れ残りや品切れの発生を抑制できるのがPOSシステムのセールスポイントの一つであるが、この問題を含め本部の情報技術への投資が店舗経営の効率化に結びついているかという点については、多大な問題を抱えている。
また、コンビニチェーンにもよるが、デリカ類が品薄となり冷蔵ショーケースが空いた状態になる事を『チェーンの恥』とする風潮も見られ、本部から巡回してくる担当社員などが、常日頃から一定量の廃棄が出る事を前提とした多めの仕入れを、店舗側に半ば強制的に行わせているケースも見られる。
しかし、本部の圧力の弱いチェーンでは、昨今の風潮を反映して「機会損失を減らすことより商品ロスを減らすことを重視する」経営者が増えており、時間帯によっては弁当類が全品品切れとなるような店舗も増えつつある。
コンビニの各店舗には本部から担当社員が定期的に巡回し、また、POSシステムの情報機能なども用いて需要予測などの情報提供や仕入れ指導を行うが、どの商品を・どれだけ・いつ仕入れるかなど、仕入れの判断は各店舗の責任とされている。その仕入れ判断が正しければ店舗の売上増となるが、需要を読み違えると品切れとなり売上が伸びなくなったり、あるいは仕入れすぎて商品が期限切れとなるとそのロスはその店舗が被ることになる。
基本的に本部の指定業者から指定商品のみを仕入れる。チェーンによって対応は異なるが一般的には店舗独自の仕入には本部の承認が必要となっており、極めて限定的なものになっている。仕入代金の決済は本部が代行する。
コンビニエンスストア・チェーンにおいては、店舗の内装や品揃え・在庫状況に加え、接客態度や店内の清掃状況などといった雰囲気に含まれる事柄までを含めて、「コンビニ」という商品の範疇として扱うため、チェーン本部では、各フランチャイズ店にPOSシステムで集計された売れ筋情報を配慮した品揃えを求めたり、接客態度のマニュアル化や、店舗設備の効率化を推し量った上での内装の決定を行ったりしている。また、各フランチャイズ店を定期的に見回り、本部の方針を伝えたり、本部への意見を聴取したり、あるいは仕入れ・販売の技術や接客技術の指導を行う専門スタッフが存在する。
ただし接客態度については、店舗ごとに今なお顕著な差異が見られる。レジカウンターにいながら、買い物とは関係なく来店した友人との雑談、あるいは店員同士で大声による雑談に熱中。さらには、決済時に商品を粗末に扱うケースも見られ、必ずしも指導が徹底されていない。これには、店員はほとんどがアルバイトやパートなどの非正規雇用である事から、店員の入れ替わりの激しい店が多く、従業員の育成にコストや手間を掛けられないという事情も見られる。
またプライベートブランドの開発と商品の供給も行っており、このための市場調査も行う。このためメーカーでは自社製品を売り込み、コンビニ店頭に置いて貰う事で、その売れ行きを占う方向性も生まれ、先に挙げた500mlペットボトル飲料市場では、コンビニ各社が提供する売れ筋情報の結果で、商品開発部門が一喜一憂する事も多く、この様な場面はテレビの経済番組などでも多く取り上げられている。
またフランチャイズ店の経理情報もここに集約され、経営の不慣れなオーナーをサポートする事もある。この中には融資業務を含める所もあり、各店舗には地域担当者が巡回して経営状況をチェックしている。
コンビニエンスストアが普及し始めた頃は、周辺に長時間営業を行う小売店が少ないためにかなりの利益を上げていたが、1990年代以降はコンビニエンスストア店舗が乱立激戦となり、加えてスーパーマーケットの営業時間の延長もあって競争が激化し、利益が上がらず短期間で閉店へと追い込まれる店舗も多い。特にフランチャイズのロイヤリティー料にはチェーン毎に大きな差があるが、これが重圧となってアルバイト人員が雇えないため、人手が絶対的に不足して店舗内の雰囲気が荒び、更に客足が遠退いて、余計に店舗収益が挙がらないという縮小傾向が加速するケースも散見される。また、繁華街や大きな街道沿いを除けば深夜帯の極端な不採算に悩む店舗も多い。これら要素の結果として閉店に至る他にも、チェーン企業を乗り換える、さらにはコンビニに準ずる形態ながらもヤマザキショップなどへ転換するケースも見られ、コンビニ本部や同地域内の系列チェーン店側にとっては集中出店方式の恩恵を失ってしまう事もある。
逆に、アルバイト人員を雇う経営的余力はあったとしても肝心のアルバイト希望者が確保できずに苦しむ店舗も見られる。これの理由は様々であるが、往々にして、円満ではない退職を余儀なくされた従業員が地元地域に複数いる場合、これらやその周囲の人々が発信源となった店舗の悪評が原因となる事も見られる。この理由は個々のものでともかくとしても、結果として必要数の人員の確保が満足にできなくなった事で、新聞折込の求人広告や求人情報誌の常連になってしまっている店舗や、それなりに来客があるにも関わらず深夜帯が1人勤務になっている店舗、店頭に従業員募集の張り紙が常時出たままになっている店舗も多い。