コンビニエンスストア・チェーンにおいては、店舗の内装や品揃え・在庫状況に加え、接客態度や店内の清掃状況などといった雰囲気に含まれる事柄までを含めて、「コンビニ」という商品の範疇として扱うため、チェーン本部では、各フランチャイズ店にPOSシステムで集計された売れ筋情報を配慮した品揃えを求めたり、接客態度のマニュアル化や、店舗設備の効率化を推し量った上での内装の決定を行ったりしている。また、各フランチャイズ店を定期的に見回り、本部の方針を伝えたり、本部への意見を聴取したり、あるいは仕入れ・販売の技術や接客技術の指導を行う専門スタッフが存在する。
ただし接客態度については、店舗ごとに今なお顕著な差異が見られる。レジカウンターにいながら、買い物とは関係なく来店した友人との雑談、あるいは店員同士で大声による雑談に熱中。さらには、決済時に商品を粗末に扱うケースも見られ、必ずしも指導が徹底されていない。これには、店員はほとんどがアルバイトやパートなどの非正規雇用である事から、店員の入れ替わりの激しい店が多く、従業員の育成にコストや手間を掛けられないという事情も見られる。
またプライベートブランドの開発と商品の供給も行っており、このための市場調査も行う。このためメーカーでは自社製品を売り込み、コンビニ店頭に置いて貰う事で、その売れ行きを占う方向性も生まれ、先に挙げた500mlペットボトル飲料市場では、コンビニ各社が提供する売れ筋情報の結果で、商品開発部門が一喜一憂する事も多く、この様な場面はテレビの経済番組などでも多く取り上げられている。
またフランチャイズ店の経理情報もここに集約され、経営の不慣れなオーナーをサポートする事もある。この中には融資業務を含める所もあり、各店舗には地域担当者が巡回して経営状況をチェックしている。
コンビニエンスストアが普及し始めた頃は、周辺に長時間営業を行う小売店が少ないためにかなりの利益を上げていたが、1990年代以降はコンビニエンスストア店舗が乱立激戦となり、加えてスーパーマーケットの営業時間の延長もあって競争が激化し、利益が上がらず短期間で閉店へと追い込まれる店舗も多い。特にフランチャイズのロイヤリティー料にはチェーン毎に大きな差があるが、これが重圧となってアルバイト人員が雇えないため、人手が絶対的に不足して店舗内の雰囲気が荒び、更に客足が遠退いて、余計に店舗収益が挙がらないという縮小傾向が加速するケースも散見される。また、繁華街や大きな街道沿いを除けば深夜帯の極端な不採算に悩む店舗も多い。これら要素の結果として閉店に至る他にも、チェーン企業を乗り換える、さらにはコンビニに準ずる形態ながらもヤマザキショップなどへ転換するケースも見られ、コンビニ本部や同地域内の系列チェーン店側にとっては集中出店方式の恩恵を失ってしまう事もある。
逆に、アルバイト人員を雇う経営的余力はあったとしても肝心のアルバイト希望者が確保できずに苦しむ店舗も見られる。これの理由は様々であるが、往々にして、円満ではない退職を余儀なくされた従業員が地元地域に複数いる場合、これらやその周囲の人々が発信源となった店舗の悪評が原因となる事も見られる。この理由は個々のものでともかくとしても、結果として必要数の人員の確保が満足にできなくなった事で、新聞折込の求人広告や求人情報誌の常連になってしまっている店舗や、それなりに来客があるにも関わらず深夜帯が1人勤務になっている店舗、店頭に従業員募集の張り紙が常時出たままになっている店舗も多い。この他、上述した様に従業員の大半が非正規雇用の形態である事から、店員の入れ替わりが大変に激しく、スキルを身に付けた店員が必要数確保できず悩む店舗も多い。
これらのツケは当然ながらオーナー自身に来るわけで、自らその穴を埋めるべく過重な勤務を続ける者も多く、今ではコンビニ経営者の労働実態の厳しさ、自殺率の高さは国会で槍玉に挙げられた事もある様に、少なからず問題視される所になっている。
他方、取扱商品の高額化（ゲームソフトやDVD等）や、各種公共料金、分割払い、通信販売代金などの収納サービスの開始・拡充もあって、店舗レジに比較的高額の現金が置かれる事が増え、近年ではコンビニ強盗事件の一件あたりの被害額が、従来の2 - 3万円から10万円近くにまで跳ね上がるなどの問題が発生している。このためコンビニエンスストア側では、前出の各種防犯対策による防衛力向上を行っている。だが、その一方で店舗入口のチャイムを設置していても作動させていない店舗もチェーンによっては少なからず見られるなど、防犯に対するチェーン本部やオーナーの意識の差は小さくない。
しかし、地域住民の生活スタイルが変化するにつれ、従来は敬遠していた高齢者までもが同種店舗を好んで利用するようになり、特にプライベートブランドを保有するチェーンでは、高齢者をターゲットとした商品の開発・販売に力を入れている。特にインスタント食品や弁当等の食品関係や、生活上欠かせない洗剤・電球や蛍光灯・乾電池などといった消耗品が常備されている事により、遠くの専門店に行くのが辛い高齢者が、すぐ近くのコンビニエンスストアを利用する事も増えている。
なお1980年代のコンビニ氾濫過渡期には、若者が店舗前にたむろして社会風俗上好ましからざる騒音を立てるといった事が社会問題化され、同業種への近隣住人の不満も挙がっていたが、近年では利用者層が拡大した事と、コンビニエンスストア側が深夜騒音防止を呼びかけた事、更には市街地において深夜に若者が遊べる場所が増えるなどの生活習慣や社会状況の変化により、今日では住民間の対立を生むケースは格段に減っている。
2007年5月2日の読売新聞の記事[7]によれば、セブンイレブンとファミリーマートで、2008年2月期に料金収納代行サービスの取扱高が、物品販売の売上高を上回る見通しであると報じている。これには、銀行など金融機関の窓口と異なり、24時間いつでも支払いができる利便性に加え、通信販売の増加が指摘されている。また、通信販売で購入した物品をコンビニエンスストアで受け取れるサービスを行っている販売業者もある。
チェーンや店舗、地域によって異なるが、支払いには一般的な現金の他、各種料金収納代行やタバコなど一部商品を除いてクレジットカード・プリペイドカード・デビットカード・電子マネー（Edy、Suicaなど）が使用できる。
特に昨今、電子マネー導入への動きは急であり、また電子マネーの運営会社側から見ても、その普及の鍵を握るのはコンビニへの導入とその広まりであるとされている。
防犯面からも、電子マネーの導入は上述の通り取り扱い金額の高額化が進む中、店舗内の現金を減らし、犯罪に遭った際の被害額を低減する役割が期待されており、この事もあってとりわけ電子マネーについてはコンビニエンスストアが積極的に推進役を担っている。しかし、コンビニで電子マネーのチャージや収納代行などが影響して現金が増加傾向という矛盾点もある。
「コンビニ」という言葉が比喩的に使われることもあり、主にコンビニエンスストアへの卸売りを担い24時間稼動している物流業務は「コンビニ配送業務」、風邪などの緊急を要しない傷病で深夜に救急外来にかかることは「コンビニ診療」と呼ばれる。
これらは社会の利便性が要求された事で成立したものである一方で、深夜業務の需要の高まりによる労働者の負担増大をもたらしているという批判の意味もこめられる場合がある。
近年SHOP99が先駆けとなり生鮮食品の販売、廉価均一販売をするコンビニが増加している。「生鮮コンビニ」の項目を参照。
日本以外では、古くからコンビニエンスストアに近い業態の個人店舗も存在したが、今日見られるチェーン展開する形態の原型はアメリカで発生した。しかしこれらが日本に持ち込まれた段階で、きめ細やかな商品管理や、都市部の狭小店舗でも効率良く多種品目を提供する為のノウハウが徹底的に研究され、逆にアメリカ側に日本国内で培われた管理技術が提供されるなどしている。