立地場所として、当初は市街地を中心に店舗展開したが（理由後述）、最近では都市周辺の住宅地や、郊外・地方の幹線道路沿いへの出店が目立つ。コンビニが市街地から発祥した理由としては、当時の大店法や不動産バブルによって、既存市街地に新規の商業床を確保することが困難となった大手百貨店が、新業態として小さい店舗を始めたということが言われている。
都市周辺では徒歩10 - 20分程度の近い距離に同一チェーンの別店舗があることも多いが、これはドミナント（地域集中出店）と呼ばれるものである。特に一店舗あたりの商品在庫数が少ない事から、商品を配送する場合に、各店舗が離れすぎていると、配送コストが掛かり過ぎるため、地域ごとにベンダーと呼ばれる配送センターを設置して、その周辺に円を描くように多くの店舗を出店することにより配送コストを削減している。また、他チェーンに先んじて集中的に出店する事で、他チェーンによる展開と競合の余地を狭め、その地域のシェアを独占する事も本部にとっては大きな目的となる。
また配送センターは共同配送化が進み、本来なら問屋ごとに店舗に配送される所を、共同配送センターで各問屋からの商品をある程度ひとまとめにして店舗に配送することで、1店舗あたりの配送回数の削減を実現している。各店舗は概ね日に2 - 5回程度（チェーンによって異なる）の商品配達を受けている。
商品は随時配送される事により、店舗側には余剰在庫が置かれない事も大きな特徴で、店頭陳列がそのまま商品在庫になっているため、これまでの多くの一般の商店の形態とは異なり、商品をストックしておくバックヤードを狭く設計でき、限られた店舗スペースを有効に活用できる。特に商品種類が多いため、それらを余す事無く店頭展示するためにも、バックヤード側から商品補充が可能な冷蔵庫や、緻密な商品レイアウト等の、様々な工夫がなされている。
また郊外店の場合、広大な駐車スペースを持っており、店によっては大型トラックにも対応できる駐車スペースを持っていることが主流となりつつある。
構造としては、道路（正面）に面した側がガラス張りになっており、そこに雑誌の棚が配置されているのが一般的。これは防犯上とマーケティング上の理由によるもので、店舗内に常時（立ち読みの）客が店外から見える状態を維持することで、他の客の誘引効果を図り、また強盗などを抑止する効果を兼ね、客が店内に入りやすい心理的作用をもたらしている。旧来より防犯ビデオ設置店は多かったが、防犯カメラ以外にも凸面鏡を配して、店内の隅々までカウンターに居る店員からの目が届くような防犯上の配慮がなされている。
セブンイレブンなどでは暴動発生時などに備えて、店舗正面のガラス窓にはシャッターが設置されており、近隣での非常事態の発生時には閉める事が可能である。また、出入り口は外側に引く観音開きが多く、自動ドアを導入している店舗は比較的少ないが、近年に新規開店した店舗ではバリアフリーの観点から、以前は自動ドアの店舗が無かったコンビニチェーンの店舗でも導入するケースが増えている。同様に、最近の店舗にはバリアフリー対応トイレを設置している店舗も多い。また、大学病院や大型医療機関などが近くにある店舗などではオストメイト対応トイレを持つものも見られる。
近年は公共施設の病院・大学・庁舎内などへの出店が増えている。病院内初出店は2000年8月10日- 恵寿総合病院内にローソン、庁舎内の初出店は2002年9月18日 - 大阪府警本部庁舎内にファミリーマート、2004年11月22日 - 福岡市役所内にローソン、2005年1月25日 - 東京都庁舎内にセブンイレブンが開店している。また、高等学校・中学校内初出店は2006年4月11日 - 栃木県宇都宮市の宇都宮短期大学附属高等学校・中学校キャンパス内にファミリーマート（営業時間は7:45 - 8:25と12:20 - 13:10と食事時間のみ、近隣店のサテライト店舗扱い）が購買部として進出している。九州旅客鉄道の関連企業であるJR九州リテールがエリアフランチャイズとしているam/pmが自社の駅構内に店舗を設けている。神奈川県伊勢原市の産業能率大学湘南キャンパスにもファミリーマートが出店している。
コンビニエンスストアは古くより、商品レイアウトの問題から、万引きを誘発しやすいとの指摘がある。豊富な商品と背の高い陳列棚、少ない店員などがその理由である。実際には、店内が明るく他の客も多い事や、前出の凸面鏡や防犯カメラの設置により、書店などの非常に万引きが多い業種と比較すれば万引き被害は少ないと言えるが、立地によっては万引き被害が原因で閉店に追い込まれるケースもあり、これといった打開策がなく慢性的な問題になっている。
さらにその一方で、深夜時間帯等の営業時間には客が少なくなるため、強盗などの被害を被るケースは多い。近年では取扱商品の高額化や銀行ATM（コンビニATM）の設置店が増えた事もあり、被害を受ける危険性が高まっている。このためカメラ台数の増強、オンラインによる遠隔監視が可能な防犯カメラの導入、金融機関などに見られるカラーボールの用意・防犯会社への通報設備設置など、防犯設備は充実傾向にある。
この他、基本的な防犯対策として、入店者の人相が判り難いフルフェイスヘルメット着用者の入店拒否、未成年者への酒・タバコの全面販売拒否、強盗に狙われやすい店頭レジの保管金額を抑えるなどの工夫が成されている。特に個人オーナーが直接店長を務める店では、店長の個人的な判断により、木刀やバット、特殊警棒、防犯スプレーなどで武装するケースまで見られ、過去にはこれらによる撃退事例も報告されている。