日本には37属130種あまり、世界には約130属4000種が知られている。
シマゲンゴロウ族 Hydaticini
シマゲンゴロウ属 Hydaticus
シマゲンゴロウ H. bowringi
オオシマゲンゴロウ H. aruspex
コシマゲンゴロウ H. grammicus
ウスイロシマゲンゴロウ H. rhantoides
マダラシマゲンゴロウ H. thermonectoides - 絶滅危惧II類（VU）（環境省レッドリスト）
オオイチモンジシマゲンゴロウ H. pacificus
ホンシュウオオイチモンジシマゲンゴロウ H. conspersus - 絶滅危惧II類（VU）（環境省レッドリスト）
スジゲンゴロウ H. satoi - 絶滅危惧I類(環境省レッドリスト)
オキナワスジゲンゴロウ H. vittatus
ハイイロゲンゴロウ族 Eretini
ハイイロゲンゴロウ属 Eretes
ハイイロゲンゴロウ E. sticticus
マルガタゲンゴロウ族 Thermonectini
マルガタゲンゴロウ属 Graphoderus
マルガタゲンゴロウ G. adamsii
ヒメゲンゴロウ族 Colymbetini
ヒメゲンゴロウ属 Rhantus
ヒメゲンゴロウ R. pulverosus
オオヒメゲンゴロウ R. erraticus
エゾヒメゲンゴロウ R. yessoensis
クロヒメゲンゴロウ属 Ilybius
クロヒメゲンゴロウ I. poppiusi
キベリクロヒメゲンゴロウ I. apicalis
セスジゲンゴロウ族 Copelatini
セスジゲンゴロウ属 Copelatus
セスジゲンゴロウ C. japonicus
コセスジゲンゴロウ C. parallelus
ホソセスジゲンゴロウ C. weymarni
リュウキュウセスジゲンゴロウ C. andamanicus
オガサワラセスジゲンゴロウ C. ogasawarensis
タイワンセスジゲンゴロウ C. tenebrosus
トダセスジゲンゴロウ C. hasegawai
トモクニセスジゲンゴロウ C. tomokunii
テラニシセスジゲンゴロウ C. teranishii
カンムリセスジゲンゴロウ C. kammuriensis
ヒコサンセスジゲンゴロウ C. takakurai
チンメルマンセスジゲンゴロウ C. zimmermanni
マメゲンゴロウ族 Agabini
マメゲンゴロウ属 Agabus
マメゲンゴロウ A. japonicus
ツヤマメゲンゴロウ A. congener
クロマメゲンゴロウ A. optatus
コクロマメゲンゴロウ A. insolitus
ホソクロマメゲンゴロウ A. miyamotoi
クロズマメゲンゴロウ A. conspicuus
ダイセツマメゲンゴロウ A. daisetsuzanus
ケシゲンゴロウ族 Hyphydrini
ケシゲンゴロウ属 Hyphydrus
ケシゲンゴロウ H. japonicus
コケシゲンゴロウ H. pulchellus
ヒメケシゲンゴロウ H. laeviventris
タイワンケシゲンゴロウ H. lyratus
シマケシゲンゴロウ属 Coelambus
シマケシゲンゴロウ C. chinensis
カラフトシマケシゲンゴロウ C. impressopunctatus
タマケシゲンゴロウ属 Herophydrus
タマケシゲンゴロウ H. rufus
ナガケシゲンゴロウ族 Hydroporini
ナガケシゲンゴロウ属 Hydroporus
ナガケシゲンゴロウ H. uenoi
オオナガケシゲンゴロウ H. konoi
ワタナベナガケシゲンゴロウ H. watanabei
チャイロナガケシゲンゴロウ H. umbrosus
マルケシゲンゴロウ族
マルケシゲンゴロウ属 Hydrovatus
マルケシゲンゴロウ H. subtilis
オオマルケシゲンゴロウ H. bonvouloiri
コマルケシゲンゴロウ H. acuminatus
チビマルケシゲンゴロウ H. pumilus
ヤギマルケシゲンゴロウ H. yagii
チビゲンゴロウ族 Bidessi
チビゲンゴロウ属 Guignotus
チビゲンゴロウ G. japonicus
キオビチビゲンゴロウ G. kifunei
ナガチビゲンゴロウ属 Uvarus
ナガチビゲンゴロウ U. tokarensis
マルチビゲンゴロウ属 Clypeodytes
マルチビゲンゴロウ C. frontalis
シマチビゲンゴロウ属 Potamonectes
シマチビゲンゴロウ P. simplicipes
コシマチビゲンゴロウ P. hostilis
マルガタシマチビゲンゴロウ属 Oreodytes
マルガタシマチビゲンゴロウ O. rivalis
カノシマチビゲンゴロウ P. kanoi
チャイロチビゲンゴロウ属 Liodessus
チャイロチビゲンゴロウ L. megacephalus
ゴマダラチビゲンゴロウ属 Neonectes
ゴマダラチビゲンゴロウ N. natrix
ツブゲンゴロウ亜科 Laccophilinae
ツブゲンゴロウ属 Laccophilus
ツブゲンゴロウ L. difficilis
ウスチャツブゲンゴロウ L. chinensis
ナミスジツブゲンゴロウ L. flexuosus
ミナミツブゲンゴロウ L. pulicarius
コウベツブゲンゴロウ L. kobensis
ルイスツブゲンゴロウ L. lewisius
シャープツブゲンゴロウ L. sharpi
キボシゲンゴロウ属 Japanolaccophilus
キボシツブゲンゴロウ J. nipponensis - 準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）
コツブゲンゴロウ科 Noteridae
コツブゲンゴロウ属 Noterus
コツブゲンゴロウ N. japonicus
ツヤコツブゲンゴロウ属 Canthydrus
ツヤコツブゲンゴロウ C. nitidulus
ムシボシツヤコツブゲンゴロウ C. politus
チビコツブゲンゴロウ属 Hydrocoptus
チビコツブゲンゴロウ H. subvittulus
キボシチビコツブゲンゴロウ H. bivittis - 準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）
ムカシゲンゴロウ科 Phreatodytidae
ムカシゲンゴロウ属 Phreatodytes
ムカシゲンゴロウ P. relictus - 情報不足（DD）（環境省レッドリスト）