かつての二等車の名残であるが、元々普通列車のグリーン車＝旧二等車の連結は主要幹線では多くみられた。しかし、いわゆる急行列車の末端区間や間合い運用を除くと乗客が少なく、採算が取れないとの理由で大都市圏に連結される事例が多かった。

しかし、京阪神地区の東海道・山陽本線の快速・普通列車（21世紀現在の琵琶湖・JR京都・神戸線での近郊形電車を主に用いる「快速」で、通勤形電車を主に使用する普通電車〈京阪神緩行線とも〉とは異なる）にも組み込まれていたが、当時は競合私鉄に対して劣勢であり、加えて京阪間では競合私鉄に特急料金不要の転換クロスシート車を使用した電車特急群（京阪・阪急）が運行されていることもさらに不利な条件となっていた。このような状況から利用率が低かったことに加え、グリーン料金を払わずグリーン車を利用する不正乗車が絶えなかったため、1980年に廃止された。だが、関西地区の乗客の増加や関東地区でのグリーン車の拡大、新快速の運転区間拡大などによって、関西地区においても再度グリーン車の連結が検討されている。

不着席の扱い

東日本旅客鉄道（JR東日本）が首都圏で連結している普通列車グリーン車は多くが自由席であり、座席定員を超えてもグリーン券が発売されるため、確実に座れる保証はない。グリーン車乗車に際して「デッキ部分であってもグリーン券が必要」という旨の注意書きが車内にある。なお、この規則は首都圏の普通列車に限らず、特急列車を含むJR全線のグリーン車に適用される規則である。

ただし、グリーン車で座れなかった場合は乗務員に申し出て、証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると、払い戻しを受けられる。なお、証明書をもらった（払い戻す予定の）場合、即座に普通車に移る必要があるが、ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後、一旦ホームに降りて移動することになる（乗務員の判断で一時的に扉を開放する時もある）。

しかし、 払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった（探しにも行けなかった）等で、払い戻しできないケースもあり、座れないなら発券しないで欲しいという声も新聞などで取り上げられている。

なお、モバイルSuicaを利用している場合でSuicaグリーン券を購入したが使用しなかった場合は、有効期限内ならば手数料を引かれるが携帯電話の操作のみで払い戻しを受ける事が出来る。 ⇒[3]グリーン車の車内座席上部に設置されたリーダライタ。左側（窓側）席は着席後Suicaをタッチしたので緑ランプが点灯中。右側席（通路側）は空席なので赤ランプが点灯中。

一方でラッシュ時において、普通車よりも幾分混雑が少ないグリーン車に立席で料金を払っても乗りたいという声もあり、現実にグリーン料金値下げ以前からラッシュ時には立ち客が見られた。座席には立ち客用の手すりもついている。

グリーン車連結区間

2008年3月現在、恒常的に普通列車（快速列車を含む）にグリーン車が連結される区間は以下の通りである。
自由席


首都圏普通・快速列車

東海道本線（東京〜沼津間）・伊東線・湘南新宿ライン・宇都宮線（東北本線上野〜黒磯間）・高崎線・上越線（高崎〜新前橋間）・両毛線（新前橋〜前橋間）（使用車両：E231系近郊タイプ、211系（湘南新宿ラインを除く）、E217系、E233系3000番台（東海道本線のみ））

横須賀線・総武快速線・エアポート成田（久里浜・横須賀・逗子〜成田空港間）・総武本線（千葉〜成東間）・成田線（佐倉〜成田空港間）・外房線（千葉〜上総一ノ宮間）・内房線（蘇我〜君津間）（使用車両：E217系）

常磐線（上野〜高萩間）（使用車両：E531系）

なお、首都圏では2004年10月16日のダイヤ改正よりグリーン車Suicaシステムの導入および日本レストランエンタプライズによるグリーンアテンダントの乗務も開始され、同時に首都圏限定で平日と土休日、および駅などで事前購入と車内発券とで料金が異なる制度を導入している（後者に関しては不正乗車防止の目的も兼ねている）。

その他、特急用車両を使用して運転される一部の通勤ライナーでも連結される。早朝・夜間の間合い運用により一部のローカル線でも連結されている列車がある（この場合普通車扱いとなる所もある）。
座席指定席


快速「マリンライナー」（ただし早朝・深夜帯の一部列車には連結されない場合もある）

快速「くびき野」

快速「ムーンライトえちご」

快速「フェアーウェイ」（休日運行の臨時列車だが、事実上定期列車に準ずる）