2005年10月1日からは、九州旅客鉄道（JR九州）が運行する特急列車のうち、主に787系で運行される「リレーつばめ」・「有明」・「きらめき」・「かいおう」の一部に「デラックスグリーン席」と称する座席が設定された。
このデラックスグリーン席は、名称上はグリーン席よりさらに上の座席という理由で接頭語として「DX(Deluxe)」を付けたものである。マークは、一般のグリーン席のマークの上に「DX」と表記される。
クモロ787形に設けられていたトップキャビン（6人個室）を廃止し、その部屋に2人掛け座席と1人掛け座席を1列のみ配置した3席となっている。なお、885系や783系など、同社が保有する他の特急形車両には設置されていない。
座席寸法は従来の787系のグリーン席に比べ横幅が540mm（50mm拡大）、奥行きが510mm（10mm拡大）、高さが430mm（30mm拡大）に拡大された。またシートピッチも元々6人分のスペースを3人分で使うことから従来のグリーン席より格段に広くなっており、居住性が大幅に向上している。
座席のリクライニングは電動で、最大角度は3列シートの夜行バスの座席並み（最大141°）となっており、座ったままでもリクライニングできるように、リクライニング角度に合わせて座面が動くようになっていて、フットレストも電動で上下できる。また、141°までリクライニングした場合は座面と背もたれが一直線に近い形になり、ほとんどベッドで寝るような姿勢をとることができる。
その他の設備としては、パソコン用コンセントや木製のハンガーが設置されている。また、車内販売がある列車では、持ち帰りが可能な使い捨てスリッパ、クッキー、ドリンクのサービス、キャンディのサービスがある。
また、東日本旅客鉄道（JR東日本）では、2010年度の東北新幹線新青森駅延伸に合わせて、従来のグリーン車よりもさらに快適な「（仮称）スーパーグリーン車」を導入することを明らかにしている ⇒[1] ⇒[2]。
かつての二等車の名残であるが、元々普通列車のグリーン車＝旧二等車の連結は主要幹線では多くみられた。しかし、いわゆる急行列車の末端区間や間合い運用を除くと乗客が少なく、採算が取れないとの理由で大都市圏に連結される事例が多かった。
しかし、京阪神地区の東海道・山陽本線の快速・普通列車（21世紀現在の琵琶湖・JR京都・神戸線での近郊形電車を主に用いる「快速」で、通勤形電車を主に使用する普通電車〈京阪神緩行線とも〉とは異なる）にも組み込まれていたが、当時は競合私鉄に対して劣勢であり、加えて京阪間では競合私鉄に特急料金不要の転換クロスシート車を使用した電車特急群（京阪・阪急）が運行されていることもさらに不利な条件となっていた。このような状況から利用率が低かったことに加え、グリーン料金を払わずグリーン車を利用する不正乗車が絶えなかったため、1980年に廃止された。だが、関西地区の乗客の増加や関東地区でのグリーン車の拡大、新快速の運転区間拡大などによって、関西地区においても再度グリーン車の連結が検討されている。
東日本旅客鉄道（JR東日本）が首都圏で連結している普通列車グリーン車は多くが自由席であり、座席定員を超えてもグリーン券が発売されるため、確実に座れる保証はない。グリーン車乗車に際して「デッキ部分であってもグリーン券が必要」という旨の注意書きが車内にある。なお、この規則は首都圏の普通列車に限らず、特急列車を含むJR全線のグリーン車に適用される規則である。
ただし、グリーン車で座れなかった場合は乗務員に申し出て、証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると、払い戻しを受けられる。なお、証明書をもらった（払い戻す予定の）場合、即座に普通車に移る必要があるが、ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後、一旦ホームに降りて移動することになる（乗務員の判断で一時的に扉を開放する時もある）。
しかし、 払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった（探しにも行けなかった）等で、払い戻しできないケースもあり、座れないなら発券しないで欲しいという声も新聞などで取り上げられている。
なお、モバイルSuicaを利用している場合でSuicaグリーン券を購入したが使用しなかった場合は、有効期限内ならば手数料を引かれるが携帯電話の操作のみで払い戻しを受ける事が出来る。 ⇒[3]グリーン車の車内座席上部に設置されたリーダライタ。左側（窓側）席は着席後Suicaをタッチしたので緑ランプが点灯中。右側席（通路側）は空席なので赤ランプが点灯中。
一方でラッシュ時において、普通車よりも幾分混雑が少ないグリーン車に立席で料金を払っても乗りたいという声もあり、現実にグリーン料金値下げ以前からラッシュ時には立ち客が見られた。座席には立ち客用の手すりもついている。
2008年3月現在、恒常的に普通列車（快速列車を含む）にグリーン車が連結される区間は以下の通りである。
自由席
首都圏普通・快速列車
東海道本線（東京〜沼津間）・伊東線・湘南新宿ライン・宇都宮線（東北本線上野〜黒磯間）・高崎線・上越線（高崎〜新前橋間）・両毛線（新前橋〜前橋間）（使用車両：E231系近郊タイプ、211系（湘南新宿ラインを除く）、E217系、E233系3000番台（東海道本線のみ））
