「成田エクスプレス」（JR東日本253系電車）、「スーパービュー踊り子」（JR東日本251系電車）、「スペーシアきぬがわ」（東武100系電車）、またかつての新幹線100系電車等には、個室グリーン席があり、個室単位で座席が販売される。コンパートメント席も参照。
上記のほか、1970年代から1980年代にかけて国鉄・JRに登場したお座敷列車（畳敷きの和風車両）、欧風列車などのいわゆるジョイフルトレインも大半がグリーン車として設定されていた。2000年代でも和風車両のほとんどはグリーン車扱いとなっているが、一部例外もある。
また、一般用の列車においても、和風車両などをグリーン席として指定した事例がある。例えば、1985年から1989年まで食堂車を改造した和風車両に「だんらん」の愛称を与え、エル特急「雷鳥」に連結された。
また、新幹線E954形・500系900番台等の試験用新幹線電車にも、営業列車として使われないにも関わらずグリーン車が設定されていた。
特急列車の場合、新幹線（九州新幹線を除く）を含めて比較的利用度の高い列車には1両は連結されているが、利用度の少ない特急ではグリーン車を省いたり、1車両の半分程度しか用意しない列車も増えて来ている。
また、急行列車については2003年までは昼行列車にも連結されていたが、2006年現行では定期列車としては夜行列車の「きたぐに」と「能登」の2列車のみとなっている。
なお、座席指定制が原則であった特急列車もそうであるが、急行列車の場合は特別二等車以来の伝統から座席指定席制となっているが、1996年まで急行列車であった「東海」など一部の急行列車には座席指定を行わない自由席を連結する事例も見られた。
2005年10月1日からは、九州旅客鉄道（JR九州）が運行する特急列車のうち、主に787系で運行される「リレーつばめ」・「有明」・「きらめき」・「かいおう」の一部に「デラックスグリーン席」と称する座席が設定された。
このデラックスグリーン席は、名称上はグリーン席よりさらに上の座席という理由で接頭語として「DX(Deluxe)」を付けたものである。マークは、一般のグリーン席のマークの上に「DX」と表記される。
クモロ787形に設けられていたトップキャビン（6人個室）を廃止し、その部屋に2人掛け座席と1人掛け座席を1列のみ配置した3席となっている。なお、885系や783系など、同社が保有する他の特急形車両には設置されていない。
座席寸法は従来の787系のグリーン席に比べ横幅が540mm（50mm拡大）、奥行きが510mm（10mm拡大）、高さが430mm（30mm拡大）に拡大された。またシートピッチも元々6人分のスペースを3人分で使うことから従来のグリーン席より格段に広くなっており、居住性が大幅に向上している。
座席のリクライニングは電動で、最大角度は3列シートの夜行バスの座席並み（最大141°）となっており、座ったままでもリクライニングできるように、リクライニング角度に合わせて座面が動くようになっていて、フットレストも電動で上下できる。また、141°までリクライニングした場合は座面と背もたれが一直線に近い形になり、ほとんどベッドで寝るような姿勢をとることができる。
その他の設備としては、パソコン用コンセントや木製のハンガーが設置されている。また、車内販売がある列車では、持ち帰りが可能な使い捨てスリッパ、クッキー、ドリンクのサービス、キャンディのサービスがある。
また、東日本旅客鉄道（JR東日本）では、2010年度の東北新幹線新青森駅延伸に合わせて、従来のグリーン車よりもさらに快適な「（仮称）スーパーグリーン車」を導入することを明らかにしている ⇒[1] ⇒[2]。
かつての二等車の名残であるが、元々普通列車のグリーン車＝旧二等車の連結は主要幹線では多くみられた。しかし、いわゆる急行列車の末端区間や間合い運用を除くと乗客が少なく、採算が取れないとの理由で大都市圏に連結される事例が多かった。
しかし、京阪神地区の東海道・山陽本線の快速・普通列車（21世紀現在の琵琶湖・JR京都・神戸線での近郊形電車を主に用いる「快速」で、通勤形電車を主に使用する普通電車〈京阪神緩行線とも〉とは異なる）にも組み込まれていたが、当時は競合私鉄に対して劣勢であり、加えて京阪間では競合私鉄に特急料金不要の転換クロスシート車を使用した電車特急群（京阪・阪急）が運行されていることもさらに不利な条件となっていた。
