リンネ(Carl von Linne)の時代の分類は形態分類であったが、現代の分類体系では進化を考慮した系統的関係による分類がほぼすべての分類学者にも支持されている。
本体系以前の主流の植物分類の新エングラー体系では、単純な構造を持つ花を原始的な形態と判断し、そこから複雑な構造の花が進化したものとして植物分類群を系統的に配列分類する。 この分類は直感的に分かりやすいため、市販の植物図鑑等で今でもよく使われる。また、生物の教科書の分類もこれである。
1980年代に Arthur Cronquistより提唱されたクロンキスト体系では、ストロビロイド説を採用する。 ストロビロイド説は単純な構造を出発点とするのではなく、 「花被・おしべ・めしべ等が多数に軸の周りを螺旋状に配列している両性花を出発点とし、 この原始的被子植物から種々の植物群が進化した」とする仮説である。 単純な構造の尾状花序群などは、原始的被子植物の構造の一部が退化して生成したとする。
この分類体系では、原始的被子植物の形態的特徴をもっともよく保存しているモクレンの仲間を最初に配列する。
逆に双子葉植物の最後に位置するのは、もっとも進化した形態特徴をもつキクの仲間である。
ストロビロイド説を支持する植物分類学者は多かったが、被子植物の系統は種々の学説があるため、クロンキストが唯一の体系であったわけではない。
なお、1990年代以降は、DNA解析による分子系統学が大きく発展してきた。 解析による知見をもとに植物の分類体系も、さらに見直されつつある。
特に葉緑体DNAの解析から、被子植物の分岐を調査する研究は近年飛躍的に進み、新しい知見は ⇒Angiosperm Phylogeny Group(APG)に集約されている。 旧説のクロンキスト体系は現在は広く使われているものの、学術先端分野から次第にAPG植物分類体系に移行しつつある。
本体系によるモクレン門（被子植物門 ⇒Magnoliophytaの分類（目以上）は以下の通り。
（科までの詳細な分類は、クロンキスト体系詳細を参照）
モクレン綱（双子葉植物綱） ⇒Magnoliopsida
モクレン亜綱 ⇒Magnoliidae
モクレン目 ⇒Magnoliales
クスノキ目 ⇒Laurales
コショウ目 ⇒Piperales
ウマノスズクサ目 ⇒Aristolochiales
シキミ目 ⇒Illiciales
スイレン目 ⇒Nymphaeales
キンポウゲ目 ⇒Ranunculales
ケシ目 ⇒Papaverales
マンサク亜綱 ⇒Hamamelidae
ヤマグルマ目 ⇒Trochodendrales
マンサク目 ⇒Hamamelidales
ユズリハ目 ⇒Daphniphyllales
ディディメレス目 ⇒Didymelales
トチュウ目 ⇒Eucommiales
イラクサ目 ⇒Urticales
レイトネリア目 ⇒Leitneriales
クルミ目 ⇒Juglandales
ヤマモモ目 ⇒Myricales
ブナ目 ⇒Fagales
モクマオウ目 ⇒Casuarinales
ナデシコ亜綱 ⇒Caryophyllidae
ナデシコ目 ⇒Caryophyllales
タデ目 ⇒Polygonales
イソマツ目 ⇒Plumbaginales
ビワモドキ亜綱 ⇒Dilleniidae
ビワモドキ目 ⇒Dilleniales
ツバキ目 ⇒Theales
アオイ目 ⇒Malvales
サガリバナ目 ⇒Lecythidales
ウツボカズラ目 ⇒Nepenthales
スミレ目 ⇒Violales
ヤナギ目 ⇒Salicales