食用キノコの例ハタケシメジ老菌(篠山市浜谷池奥シイタケ、エノキタケ、シメジ類、マイタケ、ナメコ、ツクリタケ（マッシュルーム）のように、非常によく食べられており、栽培も行なわれている食用キノコがある。最近では、エリンギやヤマブシタケの栽培も増えている。また、マツタケのように、栽培には成功していないが、大量に輸入されていたり、トリュフのように高価で珍重されるキノコもある。キヌガサタケは高級な中国料理の材料として扱われていたが、すでに中国で栽培されている。食用となるキノコの一覧は後の「種類」を参照のこと。食用キノコにはビタミンB2やビタミンDを含むものが多い。また、シイタケには呈味性ヌクレオチドであるグアニル酸が含まれ、だしを取るのに利用されている。キノコの旨み成分の多くは加熱により増える、そのためほとんどのキノコは生で食べても旨みは感じられない。また、溶血作用のある蛋白質のフラムトキシンなどを含有するキノコ（エノキタケ）は、必ず加熱し食べる必要がある。ちなみに食用キノコを洗いすぎると吸水し水っぽくなったり栄養や旨みが失われるため、洗いすぎず食べることが肝心。またアガリクスなどのキノコが、β-グルカンなどを豊富に含む健康食品として販売されているが、副作用被害も報告されている。また、最近では、王子製紙グループがハタケシメジの成分を抽出、『王子1号』と命名し健康食品として販売した。ただし、これらキノコの薬理作用については、その有効成分などを含めて不明な点が多い。健康食品として販売されるキノコ加工品の中には、癌などの難治性疾患が治るという宣伝文句が付けられている場合があるが、医学的にその有効性が立証されているものは未だなく、かつ医薬品として登録されていないものの薬効をうたうことは薬事法違反となる。

キノコの栽培栽培方法には、栽培するキノコの生育(発生)条件により、原木栽培、菌床栽培、堆肥栽培の３種の方法がある。更に栽培環境により屋内、野外(林間)に分けられる。なお、本稿では菌糸体の成長だけでなく子実体の成長までが行えた物を栽培としている。人間にとって有用なキノコで栽培が行われる菌類は腐生菌、寄生性菌によるもので、養分の摂取源で分類すれば落葉分解菌、木材腐朽菌、糞生菌等である。生きた植物の根を必要とする根生菌(菌根共生菌)類のキノコ（マツタケ、トリフなど）では共生主となる植物の根に種付けし、実験室レベルでの人工栽培成功の報告例は有る。ホンシメジでは、研究の結果、菌床栽培も可能になった。[2]寄生性菌の冬虫夏草属のきのこ（Cordyceps spp.）は、飼育したヨウトウガ等の蛹に菌を付けることで行われる。[3]

原木栽培は、天然の木を培地として育成する方法で[4]、最も野生に近い。キノコの種類により使用する木の種類も異なるが、ほとんどの場合、クヌギ、コナラ、カキ、クリなどの落葉広葉樹が利用される。近年では、菌種の選別と一定の前処理を施すことで、スギ、カラマツ、アカマツなどの針葉樹もシイタケ栽培に利用されている。[5] 日本での発祥は古くエノキタケでは江戸時代初期から、シイタケでは江戸時代中頃の1664年頃から静岡県、大分県でほだ木に切れ込みを入れ天然の胞子が付着するのを待つ方法で行われた。現在では、種菌が増殖した駒木をほだ木に打ち込んだり、種菌の増殖したペースト状の物を木に付着させる方法で行われ、山林や廃トンネルで自然のサイクルに合わせ育成(栽培)される。従って、収穫は各々のキノコ固有の時期になると共に、害虫や有害菌などの外部環境の影響を受けやすく、収量と品質は安定しにくい。種付けから発生までには数ヶ月から１年以上の時間を必要とするが、3〜10年程度継続し収穫できる。しかし、多くは天然条件と変わらない方法で栽培されるため、食味でも天然に引けを取らない。（詳細は、原木栽培を参照）


菌床栽培は、オガクズと米糠などの栄養源を混ぜた人工の培地で栽培する方法で[6]、1886年和歌山県生まれの森本彦三郎が 17年間の渡米生活でマッシュルーム栽培の最新知識と技術を身につけ、マッシュルーム栽培事業を軌道に乗せた後、研究を重ね「おがくず人工栽培法」を考案[7]、エノキタケのビン栽培法は1931年に長野県の松代町(現在の長野市松代)で屋代中学(現在の屋代高校)の校長、長谷川五作の指導で始められ、1950年頃には地域の重要な産業にまで育ち全国に広まった。[8]現在では、空調管理された室内でシイタケ、ヒラタケ、マイタケ、エリンギ、ナメコなどもこの方法で生産される。原木栽培と同じく針葉樹のオガクズを利用した栽培技術の開発も進んでいる。種付けから収穫までの期間は5〜20週程度で、一度収穫した後の菌床は再使用できず廃棄される。室内栽培であるため、害虫や有害菌などの外部環境の影響を受けにくい環境を作り出せるので、安定した収量と品質で周年収穫が可能になる、反面、最適な生育条件を作り出すため「冬は暖房」「夏は冷房」と多くのエネルギーを必要とする。食味はキノコの種類によっては「天然」「原木栽培」に若干劣るとも言われるが、ヒラタケ、エノキタケ、マイタケのように低価格と人工栽培特有の形状と食味は天然物にはない優位点でもある。(詳細は菌床栽培を参照)


堆肥栽培は、家畜の堆肥や藁を培地として、主にマッシュルーム、ヒメマツタケ、フクロタケで行われる[9]。1903年森本彦三郎により最新技術がもたらされ[7]、マッシュルーム栽培は加工品を輸出するまでのに産業に成長する。現在では、菌床栽培されてきたキノコを堆肥栽培にて生産しようという取り組みも進められている。(詳細はマッシュルームを参照)


林地栽培「菌を共生主となる植物の根に植える」「人的に発生場所の条件を改善維持する」という形での栽培（林地栽培）は、人工栽培が行えない狭義トリュフ(T. melanosporum , T. magnatum) 、マツタケ（Tricholoma　matsutake）などで行われることがある。