2005年もリーグ戦、カップ戦とも快進撃を見せるが、宮本の負傷以後は調子がやや下降であった。なお、11月5日に開催されたジェフユナイテッド市原・千葉とのナビスコカップは決勝へ進出、準優勝の成績を収めた。
リーグ戦でも10月22日の大分トリニータ戦に敗れると、この試合以降1勝5敗と急激に失速。下位に低迷していた柏レイソルや大宮アルディージャにも黒星を喫し、11月26日には、ナビスコ杯で敗れたばかりの千葉に再び1-2で敗れ、残り1試合の時点でセレッソ大阪に抜かれ2位に後退した。しかし最終節の川崎フロンターレ戦に4-2で勝利、勝点1差の首位だったセレッソ大阪がFC東京と引き分けたため、再逆転で悲願の初優勝を勝ち取った（関西のチームとしても初）。
シーズン終了後、同年の得点王となったアラウージョが退団、またチームでアラウージョに次ぐ得点を挙げた大黒将志もフランス2部リーグのグルノーブルへ移籍した。
リーグ戦連覇を目指した2006年は攻撃力の低下が懸念されていたが、FWでマグノ・アウベス（前大分トリニータ）、播戸竜二（前ヴィッセル神戸）を獲得。更にMFで元日本代表の明神智和（前柏レイソル）を、DFでは現役日本代表の加地亮（前FC東京）等も加入した。
マグノ・アウベス、播戸の2人で第33節の時点で合計41点を叩き出したこともあって首位・浦和に勝ち点3差の2位につけていたが、最終節の浦和との直接対決ではマグノ・アウベスの先制弾もむなしく2-3で敗れ、優勝はならなかった。さらに勝ち点2点差であった川崎フロンターレが勝利したために3位に転落し、2007年のAFCチャンピオンズリーグの出場権も逃した。リーグ終盤の遠藤の病気欠場が響いたと言われている。
遠藤が復帰した天皇杯では、Jリーグ加入後初（前身の松下電器時代を含めると16年ぶり）の決勝進出を果たしたが、再び浦和に敗北。なお2007年春のゼロックス・スーパーカップでは、浦和と2年連続で対戦し、マグノ・アウベスのハットトリックを含む4-0で勝利。見事に前年の雪辱を果たした。
2007年11月3日、2年ぶりに決勝に進出したナビスコカップで川崎フロンターレと対戦し、1-0で勝利を収めた。主要3大会（J1リーグ、天皇杯、ナビスコカップ）において、二つ目のタイトルとなった。
本拠地は、吹田市の万博記念競技場（万博スタジアム）。収容人数は21,000人。同競技場の南にはクラブハウスがあり、練習グラウンドとクラブショップが併設されている。1997年までは京都府京田辺市の松下電工敷地内にあった練習グラウンドを使用していた。
ガンバ大阪が関西唯一のJリーグクラブであった頃は、神戸総合運動公園ユニバー記念競技場や京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場でもホームゲームを行ったことがあるが、現在は年に一度石川県西部緑地公園陸上競技場で行う以外はすべて万博記念競技場でホームゲームを開催している。
現在のスタジアムはFIFAの定める国際規格を満たしておらず、将来的にAFCチャンピオンズリーグなどの国際試合を開催できない可能性がある。万博記念競技場は下に貯水槽があることから改築は困難とされ、クラブは新スタジアムの建設・移転を模索している。新スタジアムの移転先としては、2005年に高槻市の京都大学農場跡地、2007年に茨木市のJR茨木駅前のサッポロビール工場跡地、2008年7月にエキスポランド内敷地に建設案が浮上したが、決定までには至っていない。
詳細は大阪ダービーを参照
ナショナルダービー
ガンバ大阪と浦和レッズの試合は、実力面でトップクラスであり日本代表選手も多いので現在のナショナルダービーだという意見もある[3]。実際、2006年のJ1リーグでもレッズとガンバが首位争いを繰り広げ、リーグ最終戦ではこの2チームが対戦、どちらかが優勝決定という試合であった。同年の天皇杯の決勝、2006年・2007年のゼロックス・スーパーカップもこの2チームで行われた。
通算成績はレッズが優勢であるが、2001年以降はガンバが勝ち越している。
その他のダービー
詳細は関西ダービーを参照
京阪ダービー（京都サンガF.C.との対戦）
ガンバ大阪 vs 京都サンガF.C.（1996年-2000年、2002年-2003年、2006年、2008年）
阪神ダービー（ヴィッセル神戸との対戦）
ガンバ大阪 vs ヴィッセル神戸（1997年-2005年、2007年-）
年度サントリーシリーズNICOSシリーズ年間順位ナビスコ杯天皇杯
1993年（10チーム中）8位（8勝10敗）6位（8勝10敗）10位ベスト42回戦敗退
1994年（12チーム中）10位（7勝15敗）10位（8勝14敗）10位ベスト4ベスト4
1995年（14チーム中）11位（10勝16敗）13位（8勝18敗）14位 -ベスト4
年度年間順位ナビスコ杯天皇杯
1996年（16チーム中）12位（11勝19敗）予選リーグ敗退ベスト4
年度1st STAGE2nd STAGE年間順位ナビスコ杯天皇杯
1997年（17チーム中）8位（8勝8敗）2位（12勝4敗）4位予選リーグ敗退ベスト8
1998年（18チーム中）14位（7勝10敗）16位（5勝12敗）15位予選リーグ敗退3回戦敗退