UCSDの学部課程では、オックスフォード大学やケンブリッジ大学のようにそれぞれのカレッジに分かれている。それぞれのカレッジがそれぞれのキャンパス、要求している一般教養課程、方針を持っている。研究型大学であるUCであるが、学部課程でもかなりの評価を受けている。理系に関しては、国内屈指の実力を持っており、生物工学を始め電気工学、生物化学、コンピューターサイエンス等々たくさんの学科で、世界的評価を得ている。UCSDの科学分野が群を抜いて強いことから、文系全般が陰に隠れているようであるが、経済学、政治学、国際関係等々も全米でトップ10に入る等、社会科学に関してアメリカ指折りの大学という面ももっている。
Roger Revelle Collegeは、1964年に伝統的で厳格なリベラルアーツを要求するカレッジとして最初に設立された。John Muir Collegeは、1967年に『自給自足、個人の選択の精神』という事で、Roger Revelle Collegeに比べ少し緩めの一般教養課程を持つカレッジとして2番目に設立された。Thurgood Marshall Collegeは、『奨学金、社会の責任、そしてリベラルアーツとは社会の中での個人個人の役割を理解するものも含む』という事を象徴する3番目の大学として1970年に創立された。Earl Warren Collegeは、個人の専攻とは関係ない教科をも訓練させる事により、多才的な生徒を生み出す方針を持つ1974年に創立された4番目のカレッジ。Eleanor Roosevelt Collegeは、1988年に創立された国際（世界）主義を含み、学際的で西洋から全ての国々を含む異文化を核とした5番目のカレッジ。6番目に創立されたSixth Collegeは、『歴史、哲学と文化、芸術、そしてテクノロジーとの関連性』に目をおく2002年に創立された一番新しいカレッジ。
⇒w:Roger Revelle College
⇒w:John Muir College
⇒w:Thurgood Marshall College
⇒w:Earl Warren College
⇒w:Eleanor Roosevelt College
⇒w:Sixth College
主要な部門
文学部 ( ⇒Arts and Humanities)
生物科学 ( ⇒Biological Science)
社会科学 ( ⇒Social Science)
自然科学 ( ⇒Physical Science)
学部課程でもそうだが、研究型大学と言う事で、大学院での研究が特に重要視されており各分野での評価は著しいものがある。医学、海洋学、工学は勿論、社会学などの分野でも近年は世界的評価を得ている。2005年に新設されたフルタイムのMBAコースは、UCSDのテクノロジーと地域ビジネスを結びつける役割を担うことを期待されている。数多くのノーベル賞受賞者やその他世界的な賞の受賞者を輩出しているというのも特徴の一つである。2003年では経済学の部門で、2人の教授が時系列分析手法の確立を称えてノーベル経済学賞(アルフレッド・ノーベル記念経済学スウェーデン銀行賞)を受賞した。
⇒Graduate School of International Relations and Pacific Studies
⇒Graduate Studies and Research
⇒Jacobs School of Engineering
⇒Rady School of Management
⇒School of Medicine
⇒Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences
⇒Rady School of Management
研究所
⇒w:Scripps Institution of Oceanography
⇒w:San Diego Supercomputer Center
⇒California Institute for Telecommunications and Information Technology
各社が発行する大学ガイドによると、同大の入学難易度は「Very Difficult」と位置づけられている (同位難易度に位置する他大学はボストン大学等)。最上位の「Most Difficult」にはハーバード大学やプリンストン大学等のアイヴィー・リーグ校やMIT、同州内のスタンフォード大学等の名門私立校や同系列のカリフォルニア大学バークレー校や同ロサンゼルス校(UCLA)が位置づけられている。2007-8年秋学期の入学の記録では、計45,093通の願書を受け付け、計18,547人の学生が入学を認められた。この年UCSDに入学が認められた学生の平均GPAは4.06で、SATの平均点は批評読解635、数学670、記述640であった。入学を許可された新入生18,547人のうち、99%が高校での上位トップ10%の成績を修めていた。 ⇒[1] ⇒[2]