学部課程でもそうだが、研究型大学と言う事で、大学院での研究が特に重要視されており各分野での評価は著しいものがある。医学、海洋学、工学は勿論、社会学などの分野でも近年は世界的評価を得ている。2005年に新設されたフルタイムのMBAコースは、UCSDのテクノロジーと地域ビジネスを結びつける役割を担うことを期待されている。数多くのノーベル賞受賞者やその他世界的な賞の受賞者を輩出しているというのも特徴の一つである。2003年では経済学の部門で、2人の教授が時系列分析手法の確立を称えてノーベル経済学賞(アルフレッド・ノーベル記念経済学スウェーデン銀行賞)を受賞した。
⇒Graduate School of International Relations and Pacific Studies
⇒Graduate Studies and Research
⇒Jacobs School of Engineering
⇒Rady School of Management
⇒School of Medicine
⇒Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences
⇒Rady School of Management
研究所
⇒w:Scripps Institution of Oceanography
⇒w:San Diego Supercomputer Center
⇒California Institute for Telecommunications and Information Technology
各社が発行する大学ガイドによると、同大の入学難易度は「Very Difficult」と位置づけられている (同位難易度に位置する他大学はボストン大学等)。最上位の「Most Difficult」にはハーバード大学やプリンストン大学等のアイヴィー・リーグ校やMIT、同州内のスタンフォード大学等の名門私立校や同系列のカリフォルニア大学バークレー校や同ロサンゼルス校(UCLA)が位置づけられている。2007-8年秋学期の入学の記録では、計45,093通の願書を受け付け、計18,547人の学生が入学を認められた。この年UCSDに入学が認められた学生の平均GPAは4.06で、SATの平均点は批評読解635、数学670、記述640であった。入学を許可された新入生18,547人のうち、99%が高校での上位トップ10%の成績を修めていた。 ⇒[1] ⇒[2]
カリフォルニア大学群の学費は年々増加傾向にあり、特に留学生にとってはかなりの金額を支払わなければならない。
州民の年間学費の目安 (1米ドル=110円計算)
カリフォルニア州民授業料 6,780米ドル (約745,800円)
本代・必要品 1,450米ドル（約159500円）
健康保険代 670米ドル（約73,700円）
個人交通費 2,370米ドル（約260,700円）
寮費（食事込み） 10,880米ドル (約1,196,800円)
計 22,350米ドル（約2,458,500円）
州民以外の年間学費の目安 (1米ドル=110円計算)
他州住民授業料（留学生も含む） 24,589米ドル (約2,704,790円)
本代・必要品、健康保険代、個人交通費、寮費、などは州民と同額
計 40,159米ドル（約4,417,500円）
UCSD には図書館が計10館あり、右画像の大学内で目玉となる有名なガイゼル図書館 (Geisel Library) が本部図書館と成っている。UCSD の蔵書数は10館合計で総数約310万冊にもなる。
Washington Monthly'sのランキングでは全米6位。U.S. Newsでは全米38位、公立大学9位に位置。上海交通大学が毎年行うランキングでは世界13位。イギリスのタイムズで発表された世界ランクは58位。国際関係学の部門ではThe journal Foreign Policyにより9位に、国際公共政策の学問では10位に位置。U.S. Newsでの各部門（大学院）での全米ランキング（このランキングはインターネットで無料で公開されている部分のみであり、あくまでも一部である）は、計量経済学2位、医学部門一次医療7位。工学全般11位。医学?生物工学2位。医学?生物工学3位（学部課程）。脳科学（脳神経学?神経生物学）2位。比較政治学3位。行動心理学2位。認知心理学3位。アメリカの大学の色々な分野で一番アツい（HOTTEST）大学を毎年何校か紹介する雑誌（2006年版では12校が紹介された）では、『科学の分野でHOTTEST（一番アツい）』として選ばれた。
教授
シドニー・ブレナー（ノーベル生理学・医学賞受賞者）
ジェフリー・バービッジ（天文物理学者）
マーガレット・バービッジ（宇宙物理理学者）
フランシス・クリック（ノーベル生理学・医学賞受賞者、故人）
ポール・J ・クラッツェン（ノーベル化学賞受賞者）
レナード・デュルベッコ（ノーベル生理学・医学賞受賞者）
