国際科学警察機構の下部組織で、正式名称は科学特別捜査隊（かがくとくべつそうさたい）。略称は科特隊（かとくたい）。基本的には怪事件調査の為の組織で、怪獣との戦闘は本来の任務ではない。パリに本部があり、世界各国に支部が存在する。劇中でもインドやボリビア、NY、中近東などの支部について言及されている。日本支部は東京近郊にある。緊急連絡時の電話番号は999。英語表記はSSSP（Science Special Search Party）である。

日本支部の隊員は総員5名で、ムラマツ隊長（キャップと呼ばれる）以下副隊長格のハヤタ隊員、アラシ隊員、イデ隊員、フジ・アキコ隊員。途中からホシノ少年も特別隊員になり、ピグモンにも特別隊員の称号が贈られている（第37話）。パリ本部や海外の支部の隊員が訪れることもある。なお設定上、彼等の他にミナト班やヤマト班などが存在し、金城哲夫の小説では100人以上の隊員がいると設定されている。

設定では、『ウルトラQ』に登場した一ノ谷博士らが中心となって日本支部を立ち上げたとされており、ウルトラマンが現れる以前から怪獣たちと戦っていたということになっている。第31話のムラマツキャップの話によると少なくとも20年は歴史がある。

通常は青いブレザーを着用している。出動時のユニフォームはオレンジ色で、赤いネクタイをつける。襟につけた流星型のエンブレムが通信機になっている。戦闘機などの機体は銀色と赤色で、ウルトラマンの体と同じである。

本来は戦闘よりも調査に重点を置いた組織として描かれているが、科特隊自らの手で倒した怪獣もいる(科特隊がいなければ倒せなかった怪獣、ウルトラマンが倒されていたかもしれないケースもあった)。[15]

後の『ウルトラマンメビウス』では、宇宙での任務を主目的とする隊も存在したという設定が追加される。

装備

科学特捜隊は数々の特殊装備を持ち、状況に応じて運用している。装備の開発は主に科学センター所属の岩本博士とイデ隊員が行っている。

銃器類・特殊装備
スーパーガン
隊員全員（岩本博士、福山博士も装備していた）が装備する小型レーザー光線銃。セフティーを解除すると基部に格納されていた銃身が飛び出し、稲妻状の光線(第5話ではレーザー光線状になっていた)を発射する。単独使用では怪獣を牽制する程度の威力しかないが、3人で銃口を合わせて一斉に撃つトリプルショットで再生テレスドンを倒した。また以下のような各種の特殊弾やアタッチメントを装着して、様々な戦術を行うことができる。なお、『ウルトラマンダイナ』第41話の劇中で同型の銃が登場したが、本作との繋がりを意図した演出ではない。
特殊風船爆弾
当たると風船爆弾が飛び出す。用心のためにピグモンに取り付け、さらに見失わない為の目印とした。
原子弾
バニラの目をつぶした。
麻酔弾
スカイドンを10分間眠らせた。
新型麻酔弾
麻酔弾より効果は強く、スカイドンに使用。
UNG麻酔弾
米国製・ワシントン大学のスミス博士が開発。気温などにもよるが6時間は効果がある。ゴモラに使用。
スパーク8
イデ隊員の発明した新兵器で、銃身に装着したアタッチメントから光弾を連射する。巨大怪獣の体を粉砕するほどの破壊力がある。 再生ドラコ、ジェロニモンを撃破した。
無重力弾
岩本博士が試作した強力爆弾で、ゼットンを空中に浮かせて爆発させた。文献ではペンシル爆弾と表記されていることが多い。
スパイダーショット
イデ隊員が開発し、主にアラシ隊員が装備している大型熱線銃。銃の後部上面にセレクターがあり、熱線、リング状光線、火炎の3種類を発射する。動力は超小型原子炉で、カートリッジ式で交換できるとの設定がある（本編未登場）。火炎放射でスフランを、熱線でミイラ人間を倒した。ホシノ少年が無断で持ち出し、熱線でネロンガの片眼を潰した。
水素注入機
スカイドンを大気圏外へ飛ばすためにスパイダーショットで打ち込まれた弾頭。チューブで水素ガス供給車に繋がっている。
マルス133
イデ隊員が2丁開発した小型強力光線銃で、第16話で初登場した。理論上スペシウム光線と同じ威力を持ち、バルタン星人（2代目）の小型分身を撃墜したり、ゴモラの尻尾を切断したりした。
マッドバズーカ
第21話でホシノ少年の「相手の泣き所（弱点）を一発で」という言葉をヒントにイデ隊員が開発し、ケムラーを倒した。第29話では、強い光を放つコロナ弾で光に弱いゴルドンにダメージを与えた。
QXガン
イデ隊員が4年かけて開発したもので、QXとはQuickly eXtinguishの略。怪獣の脳細胞を一撃で破壊する特殊な火器。ザラガスに使ったが倒すには至らなかった。
ニードルS80
イデ隊員が開発した。スパイダーショットの10倍の威力を持つがキーラには無効だった。
名称不明の重火器
本体と銃架に分割して携行する。ジャミラに使ったが、効果は不明。
ナパーム手榴弾
ハヤタ隊員とムラマツキャップが使い、2発でマグラーを倒した。
バリヤーマシーン
イデ隊員が開発したバリヤー発生装置で、この装置を背負った者をバリヤーが覆って怪獣の光線を防ぐが、物理的攻撃は防げない。ドドンゴの怪光線に効果を発揮した。パーソナル・バリヤーという名称で紹介している文献もある。
パンスペースインタープリター
イデ隊員開発の全宇宙語翻訳機で、バルタン星人（2代目）から科特隊本部への通信の翻訳で初めて実戦投入された（124875回路に接続）。これを発展させたという設定で『ウルトラマンメビウス』に同名の装置が登場している。

航空機
ジェットビートル
全長：18.5メートル 重量：25トン 最高速度：マッハ2.2岩本博士が開発した科特隊の5人乗り主力戦闘攻撃機で、機首のビーム砲や翼端のロケット弾の他、オプションとしてロケットランチャーなどの様々な装備を搭載・輸送する。コクピットにある銃架にマルス133やQXガンを装着して使うこともある。強力乾燥ミサイルでギガスを倒した。劇中には111・115・117・118号の4機が登場した。名称の綴りは「JET VTOL」で、名前の通り機体下面に内蔵されたロケットエンジンで垂直離着陸が可能である。『ウルトラマンメビウス』第24話でウルトラホーク1号、3号と共に飛行する場面がある。撮影用模型は東宝特撮映画『妖星ゴラス』で使われたVTOL機の使い回しである。
宇宙ビートル
ジェットビートル117号に岩本博士が設計したハイドロジェネレートサブロケット（核パルス推進ロケットの一種）を装備したもので、第16話で初登場した。武装は不明。
小型ビートル（通称三角ビートル）
全長：15.5メートル 重量：17トン 最高速度：マッハ1.5ジェットビートルと同じく岩本博士が開発した2人乗り支援機で、主に偵察に使われる。動力はロケットエンジンで、武装はビーム砲とロケット弾。また、本部基地からの遠隔操縦が可能で、第16話で金星ロケット「オオトリ」が2段ロケットを点火するまでの間護衛した。なお本機もコクピットに銃架を備えている。第1話でウルトラマンとの衝突時にハヤタが乗っていたのは本機である。この機はVTOL機ではなく短距離離着陸（STOL）機なので、離着陸はかなりの急角度で行う。
F-4戦闘機
NY支部の装備。なお、本作の放映時点では航空自衛隊には装備されていなかった。
しらとり
第38話で登場した白黒のツートンカラーの宇宙船で、船内に宇宙タンクを搭載している。

車両・潜航艇
科特隊専用車
最高速度：時速190キロ日本支部で使用されている車輌。特に武装や特殊機能はなく、主にパトロールや基地近隣への移動に使用される。自動車は米国シボレー社製コルベアを使用（円谷一監督の愛車にステッカーを貼付けたもの）[16]。
ベルシダー
第29話で登場した、削岩用ドリルを装備したイデ隊員開発の試作地底戦車で、ビーム砲と地底魚雷が武器。デザインは池谷仙克（これが初仕事）。設定画ではS号と同様にジェットビートルの胴体下面に吊下して空輸される。本編ではベルシダーと呼称されているが、資料ではペルシダーと記載される事が多い。