現在では一定の保護政策とそれによる社会保障制度が取られているが、一旦破壊された民族アイデンティティの修復は難しく、生きる目的を喪失してアルコール飲料やギャンブルに耽溺するケースが見られるなど、深刻な社会崩壊現象も見られる。中には伝統文化を見世物とし、観光化して生活の糧を得る人も見られ、米国地域社会に溶け込んで生活する人もあるが、その一方でインディアン居留地の中で白人・欧米社会から断絶して暮らす人もある。伝統文化を守る人たちもいるが、その多くは不毛の地、極貧地域で、政府からの補助金が出るため、勤労意欲も削がれるなど、今日的な問題を抱えている。このように、長い差別と民族衝突の歴史が、双方の間に溝を残している部分も根強く、関係修復は簡単ではない。
現代社会では、インディアンの社会的平等の実現が難しいと言われている。政府の政策や少ない開発資金では健康医療や教育などの点で生活の質を十分に向上させにくいのが現状である。特に居留地内では深刻な問題である。例えば、スー族が住むサウスダコタ州のパインリッジ居留地（ ⇒Pine Ridge Indian Reservation）は他の居留地よりも貧しい。この居留地に住むスー族の収入は平均的なアメリカ人の3分の1（1999年の平均年収は3800ドル）、失業率は3倍の85%であり、住民の97%が連邦政府の定める貧困線よりも下の生活水準にある。多くの家族は上下水道、電気、電話のない生活をしており、平均寿命は男性47歳、女性50歳代前半と、西半球で最低の水準にある。2002年度の居留地における農業の総生産高は3300万ドルと推定されているが、実際の部族の収入となったのはその3分の1以下であるという。未成年の自殺者の割合は4倍以上である。麻薬を常用したり、ギャングに憧れる若者も中にはいる。こうした厳しい状況の中でインディアンの人々は自分達で何とかこうした問題に取り組もうとしている。
アメリカ合衆国には563の連邦承認部族政府（インディアン・テリトリー）が存在する。合衆国はこれらの部族の自治政府及び、部族の主権と自決権を条約上で明記し認めている。これは、19世紀に推し進められた条約交渉の中で、強制移住をからめての保留地への定住と引き換えに連邦が出した条件である。各保留地は、アメリカ内務省所轄のBIA（インディアン管理局）の管理下にあり、これらの自治政府は、それぞれの保留地に置かれたBIA直轄の保留地事務所の監督下にある。
部族政府（部族議会）は「部族領地内での立法、課税、住民権や免許の認可など、自治政府の部族の力の制限は州への制限と等しく、例えば、交戦権、外交関係の締結、硬貨や紙幣の製造などを含む」として、しばしば「インディアン保留地は独立国家に等しい力を持つ」などと表現されるが、これには注意が必要である。
なぜなら、部族議会の決定はBIAの承認もしくは影響なしには行えないものであり、ほとんどの部族議会は連邦の傀儡として腐敗している。部族の行事といったものは、強弱の差こそあれ、必ず保留地管理官たちの監視下にある。自治権とは言っても、カナダの先住民のように一定の裁判権を持つわけでもなく、主権のひとつとしてよく例に挙げられる部族警察も、あくまで州警察の補助的権限しか持っていない。保留地で罪を犯した部族員は、州当局によって裁かれるのである。後述の「インディアン・カジノ」でも、カジノを持ちたい部族が連邦の許可をとりつけても州の許可が下りず、実現できないでいる例は多い。インディアンは、連邦と州の双方から縛られている。自主独立の強さで知られるイロコイ連邦の一部は、この部族議会を置いていない。つまり連邦からの金銭的な援助を一切断つことで、連邦が干渉できない自治力を維持しているのである。
また、州政府に承認されているものの連邦政府に承認されていない多くの部族が存在する。インディアナ州のマイアミ族などは連邦政府の承認を拒絶し続けている。長年にわたりBIAから承認要求を拒否され続けてきたカリフォルニア州北部のオーロネ族（ ⇒Ohlone）などは、他部族による1969年の「アルカトラズ島占拠事件」に不快感を示し、しかもこのときにニクソン大統領から、アルカトラズ島を部族の保留地として「提供」を持ちかけられて、これを侮辱として断ってさえいる。
現在もアメリカ東部の小さな部族の多くが、公式な承認を得ようとしている。連邦による「インディアン部族」としての承認は、部族に年金が支給されるようになるなど、現実的な利益を生む。しかし部族としての承認を得る過程で満たされなければならない多くの不条理な規則があるため、きわめて困難である。部族集団として承認されるためには、部族の家系の広範囲に及ぶ系譜上の証明を提出しなければならないが、これまで多くのインディアン部族は、多くの権利を剥奪されていたため、遺産の相続を拒絶していたのである。また、メキシコ国境をまたぐパパゴ族（トホノ＝オ・オダム族）は、アメリカからもメキシコからも部族認可を拒まれ、現在「インディアン部族界の孤児」と呼ばれる状況に陥っている。
これまで、条約交渉の窓口であるはずのBIA（インディアン管理局）は条約を無視し、ドーズ法を盾に保留地を削減し、インディアンにアメリカ文化を受容させるべく、インディアン寄宿学校などといった施政で強制的に同化政策を押し進めていた。20世紀には「インディアンのバスティーユ監獄」と表現されたBIAであるが、2000年に白人ではないポーニー族のケイン・ガバー局長が就任し、「同化政策」に対する歴史的な謝罪を行い、その施政は軟化しつつある。その一方、2000年7月、ワシントン州の共和党は、部族政府を廃止する決議を採択した。2004年現在、未だにインディアンの所有地から石炭やウランが盗まれているという事態が申し立てられている。アメリカ行政管理予算庁による1972年の研究では、連邦政府による1000項目の対インディアン支援プログラムのうち、部族に役立っているものはわずか78項目だけであるとの報告がなされている。
バージニア州では、インディアンは奇妙な問題に直面している。バージニア州には連邦承認部族が存在しないが、それはひとえに州の人口動態統計局の記録係を1912年から1946年まで務めたウォルター・アシュビー・プレッカー( ⇒Walter Ashby Plecker)によるところが大きい。プレッカーは優生学を信奉する白人至上主義者であり、州内のインディアンはアフリカ系アメリカ人と混交しつつあると信じていた。「白人」と「有色」のただ二つの人種だけを承認するという法律が州議会で可決され、プレッカーは自治体政府にすべての州のインディアンを「有色」として再分類するよう圧力をかけ、バージニア州に居住するインディアンの記録の大々的な破壊を引き起こした。連邦による部族の承認と、それが生み出す利益を受けるためには、個々の部族は1900年以降の部族の継続的な存在を示す必要があるが、連邦政府は、プレッカーによる記録の破壊を知りながらこのお役所的な要件をこれまで曲げようとはしなかった。現在、この要件を和らげる法案が、バージニア州選出のジム・ウェブ（ ⇒Jim Webb）およびジョン・ウォーナー上院議員に支持され、上院の主要な委員会に好意的に報告されているが、しかし下院ではバージニア州のヴァージル・グッド（ ⇒Virgil Goode）議員が、連邦の承認はインディアン・カジノ設立につながり、州内のギャンブルを促進することになるとして、この法案に反対している。
2007年12月、ラコタの人々が、“アメリカ合衆国政府は独立地域である事を保障する条約を締結以来150年にわたって遵守していない、我らの忍耐はもはや限界に達した”として条約の破棄とアメリカからの独立を宣言。