日本では以前からパ・リーグが交流戦の実施を提案し続けながらも、多額のテレビ放映権収入を見込める巨人戦の試合数が減少するセ・リーグがそれを拒否していた。2004年プロ野球再編問題をきっかけにセ・リーグの一部球団が歩み寄りを見せ、9月10日の選手会と球団経営者側の交渉による暫定合意によって交流試合の開催が決定。その後9月27日の実行委員会、9月29日のオーナー会議で2005年度からホーム・アンド・アウェー各3試合ずつの6回総当り（12チームで実施の場合は1チーム36試合）で開催されることとなった。2005年度は日本生命が特別協賛スポンサーとなり「2005年 日本生命セ・パ交流戦」という大会名で5月6日?6月16日に開かれた。
それ以前にも、交流試合の開催に際してのメリットを探るためという名目で1999年度と2000年度の2年間に渡り「プロ野球サントリーカップ」が春季オープン戦期間に開かれた。試合方式としてはセ・パそれぞれ互いのリーグに属しているチームと1回ずつの総当り（6試合 2年間でホーム・アンド・アウェーが完成する）で対戦を行い、各年度の6試合の勝率（引き分けは0.5勝計算）で順位を決定するというもので、上位チームや個人賞獲得者には賞金が贈呈される体裁だったが、2年間で終了している。
2007年度からセントラル・リーグでもプレーオフを導入する予定から試合数の調整が迫られて、セントラル・リーグ、パシフィック・リーグともにリーグ戦は120試合とし、1シーズン144試合制、かつ両リーグの上位球団による合同プレーオフ（クライマックスシリーズ、プレーオフ制度 (日本プロ野球)#クライマックスシリーズ参照）を実施することで合意。2007年度から交流戦を24試合（ホームとビジター各2回ずつ）とすることとなった。
MLBのインターリーグとは異なり交流戦での成績に限っての優勝チームを全12球団の成績で決定している。ただし交流戦期間の試合は同一リーグ球団同士は対戦相手・試合数は同じだが、異なるリーグ間の球団では対戦相手は異なっている。つまりリーグ戦として一般的な総当たり戦でもトーナメント戦でもない。
交流戦の優勝チームは勝敗と前年の交流戦結果等で決める為に万が一の首位同士による優勝決定プレーオフは無い。
統一ルール
パ・リーグだけで採用されている予告先発の発表、サスペンデッドゲームは採用しない
パ・リーグだけで採用されている指名打者は、パ・リーグの球団が主催するときにのみ採用するよってセ・リーグ球団の主催ゲームでは通常の公式戦では打席に立つことが殆ど無いパ・リーグの投手が打席に立つ。
延長戦は他の公式戦同様に12回で打ち切り、引き分けとする
投球が打者の顔面、頭部、ヘルメットなどに直接当たり、審判がそれを危険球とみなした場合、その投手には即時退場となる
投手は塁に走者がいない場合、捕手からボールを受けて15秒以内に投球しなければならない（15秒ルール）
監督・コーチがマウンドに行ける回数は投手1人につき1イニングに1回で、2回目は投手を交代させなければならない
ベンチ登録はコーチが監督を含めて8人、選手25人その他マネジャー、トレーナー、スコアラー、広報が各1人ずつ。通訳も原則は1チーム1名だが2ヶ国語以上の通訳を要する場合は2名とすることが認められる。
シリーズ中の成績は、シーズン成績にも反映されるが、このシリーズ独自の順位・個人賞もある。
交流戦の優勝チーム：優勝賞金5000万円
最優秀選手「日本生命MVP」：賞金200万円シーズンMVP等とは異なり、優勝チームの選手のみが候補対象。
優秀選手賞優勝チーム以外の選手から、交流戦期間中の成績を対象に与える。
なお、2007年までは、交流戦優勝チームと最優秀選手が複数出たときには均等割りとしていた。
優勝チーム
2005年 - 千葉ロッテマリーンズ（24勝11敗1分）
2006年 - 千葉ロッテマリーンズ（23勝13敗）
2007年 - 北海道日本ハムファイターズ（18勝5敗1分）
2008年 - 福岡ソフトバンクホークス（15勝9敗[2]）
最優秀選手（日本生命MVP）
2005年 - 小林宏之（千葉ロッテマリーンズ）
2006年 - 小林雅英（千葉ロッテマリーンズ）
2007年 - ライアン・グリン（北海道日本ハムファイターズ）
2008年 - 川崎宗則（福岡ソフトバンクホークス）
優秀選手賞
2005年 - 中村剛也（西武ライオンズ）、金本知憲（阪神タイガース）
2006年 - 松中信彦（福岡ソフトバンクホークス）、佐藤充（中日ドラゴンズ）
2007年 - 高橋尚成（読売ジャイアンツ）、サブロー（千葉ロッテマリーンズ）
2008年 - 岩隈久志（東北楽天ゴールデンイーグルス）、金本知憲（阪神タイガース）
回年期間1位2位3位4位5位6位7位8位9位10位11位12位試合数
第1回2005年
（平成17年）5月6日から
6月18日までロソ神巨ヤ横オ西中日広楽36試合制
第2回[3]2006年
（平成18年）5月9日から