1534年8月15日、イグナチオ・デ・ロヨラとパリ大学の学友だった6名の同志（スペイン出身のフランシスコ・ザビエル、アルフォンソ・サルメロン、ヤコブ・ライネス、ニコラス・ボバディリャ、ポルトガル出身のピエール・ファーヴルおよびシモン・ロドリゲス）がパリ郊外のモンマルトルの丘の中腹の諸殉教者聖堂（現在のサクレ・クール聖堂の場所にあったベネディクト女子修道院の一部）に集まった。この日がイエズス会の創立日とされている。彼らは清貧・貞潔の誓いとともに「エルサレムへの巡礼と同地での奉仕、それが不可能なら教皇の望むところへどこでもゆく」という誓いを立てた。
「モンマルトルの誓い」のメンバー
イグナチオ・デ・ロヨラ（1491年 - 1556年）
ピエール・ファーヴル（1506年 - 1546年）
フランシスコ・ザビエル（1506年 - 1552年）
ディエゴ・ライネス（1502年 - 1565年）
アルフォンソ・サルメロン（1515年 - 1585年）
ニコラス・ポバディリヤ（1507年 - 1562年）
シモン・ロドリゲス（1510年 - 1579年）
1537年、一行はイタリアへ赴き、教皇から修道会の認可を得ようとした。当時の教皇パウルス3世は彼らの高い徳と学識を見て、まず彼らの司祭叙階を認めた。ファーヴルはすでに司祭叙階されていたため、他の6名が1537年6月24日にヴェネツィアで叙階を受けた。オスマン帝国と神聖ローマ帝国のカール5世の間で行われていた争いのために地中海を渡ってエルサレムに赴くことができなかったため、彼らはとりあえずイタリア半島にとどまって説教をしながら、奉仕の業に専念した。
1538年の10月イグナチオはファーヴルとライネスの二人を連れて再びローマを訪れ、会憲の許可を願った。審査した枢機卿会の面々はほとんどが好意的にこれを評価したため、教皇パウルス3世は1540年9月27日の回勅『レジミニ・ミリタンティス』（Regimini Militantis）でイエズス会に正式な認可を与えた。このとき、与えた唯一の制限は会員数が60名を超えないようにということであった。この制限も1543年5月14日の回勅『インユンクトゥム・ノビス』（Injunctum Nobis）で取り払われた。イグナチオは会の初代指導者（総長）に選ばれ、会員たちをヨーロッパ全域に学校や神学校設立のために派遣した。
会が発展するに伴ってイエズス会の活動分野は三つに絞られていった。第一は高等教育であり、ヨーロッパ各地で学校設立の願いを受けてイエズス会員は引く手あまたであった。イエズス会員は神学だけでなく古典文学にも精通していることが特徴であった。第二の活動分野は非キリスト教徒を信仰に導く宣教活動であった。第三はプロテスタントの拡大に対するカトリックの「防波堤」になることであった。イエズス会員の精力的な活動によって南ドイツとポーランドのプロテスタンティズムは衰退し、カトリックが再び復興した。
イグナチオが1554年に改定した会憲では、イエズス会が総長をトップとする組織であることが明記され、教皇と会の長上への絶対的な従順を会員に求めた（イグナチオは「死人のごとき従順」（perinde ac cadaver）という言葉を用いている）。彼の座右の銘はイエズス会の変わらぬモットーとなった。それは「神のより大いなる栄光のために」（Ad Maiorem Dei Gloriam）である。これは「どんな活動でもよい意志をもって精力的におこなえばかならず神の国のためになる」という精神を表している。
イエズス会が創立されたのは対抗改革（カトリック教会の組織を建て直してプロテスタントの教勢拡大を食い止めようとした運動）の始まる直前であった。「イエズス会がプロテスタントに対抗して創設された」という言い方は不正確だが、ローマ教皇に対する忠実というイエズス会の精神から、会員たちは活動を通して人々にカトリック信仰を堅持させることに成功した。あくまで誇張した表現ではあるが、イグナチオは教皇への忠実を以下のように表現する。
「自分にとって黒に見えても、カトリック教会が白であると宣言するならそれを信じよう」
この言葉は一見、カトリック教会に対する彼の盲目的な服従を示しているようだが、深く考えればイグナチオにとって教会の宣言したことというのはそれほど重要なものでなく、むしろそれ以上に自分自身の中の霊の動きのほうが大切だということの表明ともとれる。
教皇への服従を唱えながらも、イグナチオと初期の会員たちは当時のカトリック教会には改革と刷新の必要があることを十分に理解していた。イエズス会員たちはプロテスタントへの攻撃などという表面的なことでなく、まずカトリック教会の内部に目を向けることの重要性を認識しており、教会にはびこる汚職、不正、霊的倦怠を激しく批判した。その結果、教皇への忠誠を誓うイエズス会員たちが教皇や教会の高位聖職者たちと揉め事を起こすという皮肉な事態に陥ることもあった。
イグナチオによれば、カトリック教会の改革の基本は一人ひとりの内的改心にあった。イエズス会員たちは個人の改心のための方法としてイグナチオの編み出した霊的指導いわゆる「霊操」を用いた。霊操は沈黙のうちに行う一ヶ月の黙想のプログラムで、これを授かるものは毎日異なるテーマについて黙想し、司祭による定期的な指導を受けながら、神が自分に望まれていることは何かを考えていく。霊操は、清めから照らし、統一へとすすむヨハネ・カッシアヌスと砂漠の教父たち以来の神秘主義の伝統にのっとっている。イグナチオの霊操は、神秘主義の黙想の伝統に即しながら、一般の人が実生活の中で行えるように、さらにはカトリック教会の内的刷新に貢献できるようにデザインされていることに意義がある。
ルネサンス後期におけるイエズス会の意義は、世界宣教だけでなく、主要な任務として大学と高等教育機関の運営に積極的に取り組んだことにある。1556年のイグナチオの逝去時までに、イエズス会はすでに三つの大陸で74の大学を運営していた。自由教育のさきがけとして知られるイエズス会の教育方針は、ルネサンスの人文主義者が発展させた当時の新潮流である古典研究とカトリック教会で長年にわたって研鑽されてきたスコラ学を無理なく融合させたものとして大きな意味を持っていた。世界のイエズス会の統一教育指針となった「ラツィオ・ストゥディオールム」（学事規定）は信仰教育だけでなくラテン語・ギリシア語および古典文学、詩文、哲学、非ヨーロッパ語、科学、芸術の学習を課した。
それだけでなく、イエズス会学校ではその地域特有の言葉の文学および修辞学の学習を奨励した結果、各国における法律家や官公吏の重要な養成施設となった。教育事業によってイエズス会はポーランドのようなプロテスタントが急速に普及していた地域をカトリックに回帰させることになった。現代でも世界100カ国以上にイエズス会の経営する学校がある。目に見えるものや芸術を通して人間は神と出会えるというカトリック教会の伝統的思想に従い、イエズス会では儀式や装飾の利用が奨励された。美術や音楽の重視というのは当時のイエズス会員の際立った特質であった。
強い信念と深い教養を持ったイエズス会員は各国の王族から霊的指導者として招聘されたため、近代ヨーロッパの政治状況に大きな影響を与えることになった。また、イエズス会が聖務日課の共唱など当時の修道会で常識とされていたことを会員に課さなかったことで、会員たちはより自由な活動が可能になった。