『鉄腕アトム』の時代から、アニメはキャラクターグッズ化によって制作資金回収を行うという独自のシステムが形成されていた。鉄腕アトムの制作者手塚治虫は、ディズニーアニメの販売戦略を真似たともいわれるが、日本のアニメはディズニーのそれとは別の道を歩むことになった。
現代、ディズニーアニメは製作費が高騰し、全世界で配給して多くの年齢層の観客をとりこみ、できるだけ多くの興行収入を確保するというシステムになっており、それに伴ってストーリーや題材も当たり障りがなく、どこからも苦情が来ないようにあえて工夫されて作られているものが多くなりつつある。
これに対して日本では、ディズニーのようなアニメの巨人が存在しなかった。多くのアニメスタジオが競って作品を作ったため、作家性の薄いもの、強いもの、個性的なもの、平凡なもの、当たり障りのないものなど、おびただしい数と種類のアニメ作品が生まれた。現在も少人数、低予算で制作されるという点は変わっておらず、これが欠点であり武器でもあるという点も変わっていない。（例外として大勢のスタッフが原画や動画にいる場合もある）
当初の日本では「アニメーション」「アニメ」という語はあまり用いられず、「漫画映画」または単に「動画」と呼ばれていた。
アニメーションという語は映像業界の専門用語で、その略である「アニメ」という語も一般には普及しなかった。
テレビでアニメーション番組が放送されるようになると、「テレビまんが」などという語が使われた。最初のテレビアニメ番組とされる「鉄腕アトム」では、本放送当時「テレビマンガ」という表記を使っていた。このためか中高年を中心に現在でも「アニメ」を「まんが」と呼ぶ者もいる。
「アニメ」という用語の最初期の使用例は、雑誌『小型映画』1965年7月号で現れる。ただしこの雑誌も映像制作者向けの専門雑誌であった。『小型映画』は、1965年6月号までは主に「アニメーション」という語を使用しており、この頃から映像業界内で「アニメ」という語が一般的になりはじめたとみられる。
一般向けに「アニメ」という語をタイトルに用いた最初期の例は、1968年、偕成社の絵本のシリーズ名に「名作アニメート絵話」という語が現れる。ただしこれは、animationの動詞形のanimateを日本語読みにしたもので、「アニメーション」を略したものではない。
1969年公開のアニメーション映画『千夜一夜』は、「アニメラマ」という語を用いた。これは、アニメーションとドラマの合成語である。アニメラマはシリーズとなり、1973年公開の第3作まで続いた。
単に「アニメ」という語を用いた最初の書籍タイトルは、1975年、ポプラ社の絵本シリーズ名「テレビ名作アニメ劇場」とみられる。
同年には日本アニメーションが創設されており、同社制作番組だけとはいえ、毎週、テレビのアニメ番組内で、社名の一部として「アニメーション」という語が表示されるようになった。
1978年に雑誌『アニメージュ』の刊行が始まり、その後数年で誌名に「アニメ」を含むアニメ雑誌が相次いで発刊されると、アニメという語は急速に普及し、1980年頃を境に「テレビまんが」「動画」という語はほとんど使用されなくなった。但し、2008年現在でもアニメソングのコンピレーション・アルバムのタイトルなどで「テレビまんが」の語が使用される例がある。
戦後日本においてアニメ作品の主流は他の地域と異なる方向に発達し、かつ大きな発展を遂げた結果、明らかに固有の様式をもつに至っている。これら日本製ないし日本風である“日本のアニメ”は、日本以外では特にanime（アニメ）と呼ばれ他のanimation（アニメーション）と区別される場合がある。米国では、ANIMEはMANGAと同じで日本語という感覚で用いており、animation→アニメ→animeと数少ない逆輸入語であり、かつ文化用語でもあるために、大学の講義題材として取り上げられている。
英単語での animation という語は略しても anime にはならない（eという文字がもともと存在しない）。このため、英語で anime は、animation の略ではなく、日本由来の外来語だと考えられている。また、anime という綴りでは「エイニム」または「アニーム」という読みとするほうが英語としては自然で、animeとつづって「アニメ」と読むことも、外来語とみなされる理由である。animationの動詞形の英語animateを意味するフランス語animer（動く）を活用させるとその過去分詞アニメanim?（動いた、動かれた）という綴り方があり得ること（例えばドビュッシーのピアノ曲「映像」第3曲「ムーヴマンmouvement（動き）」の冒頭のテンポ指示に「トレザニメtr?s anim?（とても動いて）」と表記されている）、また、英語でもしばしばアニメはanim?と綴られることから、フランス語由来だと考えられたこともあるが、現代ではこの説はあまり信じられていない。英語以外の言語圏には、英語からさらに輸出される形で移入された。フランスではアニメーション動画はデサンナニメ ⇒fr:dessin anim?と呼ばれるが、特に日本由来のアニメは単にアニメ ⇒fr:animeと呼ばれる。
1975年末、アメリカ合衆国で家庭用ビデオデッキが発売されると、1976年2月に、各地で放映されていたテレビ番組を録画して見せ合う活動が始まった。1977年にはこの種の活動を行う専門のサークルが活動を開始した。フレッド・パッテン(Fred Patten)によれば、この時点（1977年当時）で既に日本製ロボットアニメを指す語としてanimeという語が用いられていた。ただし、この語は愛好家たちの隠語か専門用語に近く、一般には広まらなかった。
1991年にアメリカ合衆国でThe Society for the Promotion of Japanese Animation （略称SPJA）が発足し、翌1992年から毎年「Anime Expo」という催しを開催するようになると、animeという語は急速に普及した。
animeという用語の他に「ジャパニメーション(Japanimation)」という呼び方もある。この用語は1970-1980年代ごろ北米でよく使われた。この言葉が生まれた当時は、日本と北米の文化・習慣の違いや表現規制の問題から、日本的・性的・暴力的なシーンをカットしたり、子供向けとしては難解な長期に渡る物語を一話完結にしてしまうことが、アメリカ人編集者の手によって行われていた背景がある。転じて、この頃の独自編集が施された作品のみを、ジャパニメーションと分類する人もいる[3]。
また、一部の放送枠では同一作品で最低65話が必要だったため、それに合わせるべく日本の複数の作品を組み合わせてそれを満たすことも行われた。例えば米ハーモニーゴールド社は、それぞれ独立した3作品を編集して、『ロボテック』という長編シリーズに仕立てあげている。この作品は、元の物語と同一ではないにしろ、比較的暴力的な描写を多く残し、物語も複雑で、その結果多くの視聴者を獲得した。その状態で、他国に再輸出もされており、好評を博したとされる。このヒットは、元になった日本製アニメを評価するきっかけともなった。