1998年以降は劇場用アニメ映画が日本映画の興行成績の上位をほぼ独占している。この中には『ポケットモンスター』等数多くのヒット作品が誕生し、全米を含めて海外でも大きく公開されるようになる。1999年にアメリカで公開された『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』（米題は"Pokemon: The First Movie"）は日本映画としては初めて「全米ナンバー1ヒット」となり全米年間映画興行成績トップ20にランキング入りをはたした。
また宮崎駿監督の『もののけ姫』（1997年）、『千と千尋の神隠し』（2001年）は2作続けて日本映画の興行成績の記録を更新し、またアカデミー賞でオスカーを受賞したり、ベルリン国際映画祭で金熊賞を受賞するなど世界的にも認められ、アニメーション映画は現在の日本映画を代表する存在となっている。
日本のアニメーション映画はヨーロッパやアジア各国では次々にヒットを飛ばしているが、アメリカでは現在のところ、日本の劇場用アニメ映画が興行的に成功した例は少ない。空前のヒット作といわれた『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』でも興行収入8574万ドルであり、アメリカにおいて大ヒットの基準とされる興行収入1億ドルには及ばない。『千と千尋の神隠し』は興行収入1000万ドルである。またアメリカでの日本アニメ映画は公開される数がまだまだ圧倒的に少ない上、1作あたりの公開される劇場数も、『ポケットモンスター』『遊☆戯☆王』などの例外を除き、一般的に少ない。
2002年には『Pia?キャロットへようこそ!! -さやかの恋物語-』が公開された。これは史上初のアダルトゲームを原作とする劇場用アニメである。
2004年には、押井守（『イノセンス』）、大友克洋（『スチームボーイ』）、宮崎駿（『ハウルの動く城』）と巨匠たちの作品が続いた。また、『APPLESEED』が公開前から続篇製作が決定するなど全体的に話題の多い年であった。ただ、このいずれの作品も国内のアニメ賞を獲得することは出来ず、その年の文化庁メディア芸術祭大賞作は『マインド・ゲーム』であった（毎日映画コンクールの大藤信郎賞も受賞、アニメーション映画賞は『雲のむこう、約束の場所』）。
2008年には蛙男商会、初の劇場最新作『秘密結社鷹の爪_THE_MOVIE_総統は二度死ぬ』がNY国際インデペンデント映画祭で、アニメーション部門_最優秀賞作品と国際アニメーション_最優秀監督賞の２部門を受賞された。
テレビアニメで人気を博した作品が映画化されるのは現在も主流だが、『ラーゼフォン 多元変奏曲』（2003年）、『劇場版灼眼のシャナ』（2007年）のようにメディアミックスの一環として映画化される作品も現れている。
作品配給会社公開年度配給収入興行収入
千と千尋の神隠し東宝2001年 304億円
ハウルの動く城東宝2004年 200億円
もののけ姫東宝1997年113億円193億円
ファインディング・ニモブエナビスタ2003年 110億円
モンスターズ・インクブエナビスタ2002年 93.7億円
ルパン三世 ルパンVS複製人間東宝1978年9億1500万円
ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕東宝1999年36億円70億円
猫の恩返し東宝2002年 64.6億円
劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール ディアルガVSパルキアVSダークライ東宝2007年 50.2億円
ポケットモンスター 結晶塔の帝王 ENTEI東宝2000年 48.5億円
ポケットモンスター アドバンスジェネレーション
七夜の願い星 ジラーチ東宝2003年 45億円
ポケットモンスター アドバンスジェネレーション
裂空の訪問者 デオキシス東宝2004年 43.8億円