1946年に第1回が行われたことから、別名「日本最古のマラソン大会」ともいわれる。開始当初は単に「毎日マラソン」と言う名の大会で、開催地も大阪府であった。大阪開催時代は主催者である毎日新聞大阪本社前を発着点にしていた時もあった。
交通事情が悪化したことで1962年より滋賀県に開催地を定め、現在は「びわ湖毎日マラソン」が正式大会名である。1981年頃から1993年頃までは新人の登竜門的な大会で一線級の参加が見られなかったが、近年はオリンピックや世界選手権などの選考レースに格上げされ、アップダウンの少ない好コースに加え3月開催という事もあり、実業団の一線級の他、箱根駅伝で活躍した大学生の参加も多い。
なお、大きな国際大会の前哨戦や大会運営の予行演習として、会場が変更されたことがあった。
1963年と1964年は4月に開催され、場所も日本選手権、東京オリンピック選考会並びにオリンピックマラソンのリハーサルも兼ねて東京都新宿区の国立競技場?飛田給（東京都調布市）折り返しの甲州街道を通る東京オリンピックのマラソンと同じコースでのレースとなった。尚、この時はTBSが中継を担当した。
1994年は広島アジア大会のリハーサルも兼ねて、広島にて「毎日国際マラソン」として開催された。
1985年?2004年にかけてスタート前にトラックでびわ湖全日本女子競歩大会が開催されていた。
2007年3月の大会は、レースの途中で気温が20度以上に上昇し、春先とは思えない過酷なコンディションに見舞われた。日本の招待選手10人が暑さに対応しきれず惨敗した大会であった。
回年タイム名前国籍・所属備考
11946年2時間44分57秒古賀新三 日本・三井山野大阪開催
21947年2時間43分17秒古賀新三 日本・三井山野
31948年2時間40分05秒古賀新三 日本・三井山野
41949年2時間40分32秒山田三郎 日本・岐阜青年
51950年2時間37分25秒野田義一 日本・坂出クラブ
61951年2時間32分41秒浅井正 日本・中京商業高等学校教員
71952年2時間29分55秒4内川義高 日本・三井山野
81953年2時間41分28秒宇和博 日本・旭化成
91954年2時間27分56秒浜村秀雄 日本・山口県教育委員会
101955年2時間26分32秒広島庫夫 日本・旭化成
111956年2時間27分45秒川島義明 日本・日本大学
121957年2時間31分20秒広島庫夫 日本・旭化成
131958年2時間25分51秒中尾隆行 日本・中京大学
141959年2時間30分06秒広島庫夫 日本・旭化成
151960年2時間34分57秒貞永信義 日本・鐘紡
161961年2時間29分27秒アベベ・ビキラ エチオピア
171962年2時間27分37秒長田正幸 日本・八幡製鉄所この回から滋賀開催
181963年2時間20分24秒8君原健二 日本・八幡製鉄所東京開催
191964年2時間17分11秒4君原健二 日本・八幡製鉄所東京開催
201965年2時間22分55秒8アベベ・ビキラ エチオピア
211966年2時間26分01秒6御船芳郎 日本・リッカー
221967年2時間25分53秒御船芳郎 日本・リッカー
231968年2時間13分49秒宇佐美彰朗 日本・桜門陸友会
241969年2時間22分44秒松原一夫 日本・全鐘紡
251970年2時間13分46秒アドコックス イギリス
261971年2時間16分45秒4采谷義秋 日本・竹原高等学校教員
