九州新幹線が暫定的な開業であることもあり、新八代駅では「リレーつばめ」・「つばめ」が同一ホームに発着し、日本では初めて新幹線と在来線が同一ホームで乗り換えを行っている。
下り 「リレーつばめ」→「つばめ」
新八代行き「リレーつばめ」では、行先表示・構内や列車内での案内は「鹿児島中央行き」となっている（ただし、新八代駅到着時に行先表示器は「新八代行き」の表示になっている。また、災害などで新幹線がストップした時などにも、同様の扱いとなる場合がある。）。
「リレーつばめ」が停車する各駅では、「この列車は、新八代駅で新幹線つばめ号鹿児島中央行きに接続しています（停車駅の案内は、在来線駅停車駅のみ説明する）。」との構内アナウンスがある。
上り 「つばめ」→「リレーつばめ」
新八代行き「つばめ」も、「リレーつばめ」に接続する列車には、「リレーつばめ」の終着駅の行先表示・構内や列車内での案内がなされている（ただし、新八代駅到着時に行先表示器は「新八代行き」の表示になっている。）。
「つばめ」が停車する各駅では、「この列車は、新八代で○○行き特急リレーつばめ○号に接続いたします（停車駅の案内は、新幹線駅→在来線駅両方説明する）。」とのアナウンスがある。
なお、「リレーつばめ」と「つばめ」の特急券は一枚で発行することができ、利用者の利便を図っている。また両列車の指定席特急券を同時に購入した場合は、席番まで同じになる傾向がある。この「つばめ」と「リレーつばめ」の両列車に係る特急券制度についての正確な内容は、九州新幹線に関する乗り継ぎ料金制度も参照されたい。
使用車両・設定車種
新幹線「つばめ」
新幹線800系電車
開業区間が137kmと比較的短距離であることから、普通車のみで編成されている。座席指定席・自由席が設定されているが、全座席禁煙となっている。
在来線「リレーつばめ」
リレーつばめ787系電車
グリーン車座席指定席
編成中1両または2両に設定されており、67号以外ではコンパートメント席（4人用×1室）・DXグリーン席の設定もある。
普通車
座席指定席・自由席が設定されており、このうち67号以外の4号車はボックスシート（4人用×6室）の設定もある。なお、2007年（平成19年）3月18日改正より、全列車全車両が禁煙車になった。
新幹線「つばめ」
＜6両編成（800系）＞
鹿児島中央← →新八代
1
(Mc1)2
(M')3
(M2)4
(M1)5
(M')6
(Mc2)
指指指自自自
白枠＝普通車 指＝指定席 自＝自由席 全車両禁煙席
指定席が自由席となる場合は、以下のとおりである。
31号、100号について、3号車。
101・103号について、2・3号車。
200番台の列車について、全車。
逆に、4号車は指定席に変更される場合がある。
エル特急「リレーつばめ」
＜7・8・11両編成（787系）＞
※67号以外
新八代←→熊本・博多・門司港
←基本編成→←付属編成→※
1
(Msc)2
(M')3
(T1)4
(T2)5
(T0)6
(M)7
(M'c)8
(T'hsc)9
(M)10
(M')11
(Tc0またはTc1)
DXGG個指指指B自自自G指自自自
※67号（4+4両＜付属*2＞）
新八代←→博多
1
(T'hsc)2
(M)3
(M')4
(Tc0またはTc1)5
(T'hsc)6
(M)7
(M')8
(Tc0またはTc1)
G指指指自G自自自自
■枠G＝グリーン車指定席 ■枠DX＝DXグリーン席指定席 白枠＝普通車 ■枠B＝普通車ボックスシート（4人用×6室） 個＝4人個室（4人用×1室） 自＝自由席 指＝指定席 ※全列車全車両禁煙※の付属編成は、熊本以北のみ連結。3・5・21・30・32・36号は毎日、その他の列車でも多客時には臨時連結している。
指定席が自由席となる場合は、以下のとおりである。
30号、65号について、3号車（ただし、自由席とならない場合もある。）。
上り列車の久留米→博多間について、2号車を除く普通指定席車両（この場合は空いている指定席を自由席として開放するため、指定券を持つ客が優先）。
1、3号の門司港→博多間について、2号車を除く普通指定席車両（同上）。
逆に、5・9・10号車は指定席に変更される場合がある。
運転区間・停車駅
運行区間
新幹線「つばめ」新八代駅・新水俣駅・川内駅?鹿児島中央駅
在来線「リレーつばめ」門司港駅・小倉駅・博多駅・熊本駅?新八代駅
「つばめ」・「リレーつばめ」停車駅列車名停車駅／号数1号?30号?100号?200号?
在来線
エル特急
リレー
つばめ門司港駅1・3
門司駅1・3
小倉駅1・3
戸畑駅1
黒崎駅1・3
折尾駅1・3
赤間駅1・3
博多駅●●●
二日市駅｜｜○
鳥栖駅●●●
久留米駅●●●
羽犬塚駅｜｜▲
瀬高駅｜｜▲
