旧浦和、大宮、与野市の中間にさいたま新都心が建設されてからは、さいたま新都心が浦和・大宮両都心に次ぐ「第三極」となっている。このことから大宮市は合併時に、新市の名称を「大宮市」とする主張を取り下げるかわりに新市庁舎のさいたま新都心への建設を主張したが、結局「さいたま新都心周辺地域が望ましいとの意見を踏まえ、将来の新市の事務所の位置についての検討や庁舎建設基金を創設を行う」という玉虫色の妥結がとられている（#名称問題を参照）。また合併した三市の他にYOU And I（与野・大宮・浦和・上尾・伊奈から頭文字が取られている）構想に組み込まれていた上尾市と伊奈町も合併すると新市の地理的中心は旧大宮市となることから、大宮市議会は上尾市の合併離脱を取り下げるよう説得を行っていた。また、旧大宮市の中央に位置した富士重工の工場跡地を再開発する「北部拠点宮原土地区画整理事業」の一角に北区の区役所が設置されているが、かつて大宮市議会は、ここに大宮市の新しい市役所を建設する計画があったために、新市の市役所として活用する案を推していた。政令指定都市に移行時に建設された北区役所の庁舎はプレハブ造の仮庁舎で業務をしていたが、建設予定地だった場所に北区役所本庁舎を中心とした「プラザノース」が建設され、2008年4月28日に新庁舎での業務を開始した。この北区役所の周辺の土地は長く更地の区画が多かったが、建築物が建つようになりつつある。だが、どれも仮設的に建設されたものが多いために再々開発される可能性は残されている。ただし、財政上の問題もあり早急な市役所本庁舎の移転建設は予定されていない。
浦和市、大宮市、与野市の三市が合併する時に、新しい県庁所在地に相応しい名称ということで公募を行った上で、県名をひらがなにした『さいたま市』に決定した。全国で唯一、ひらがな名称の県庁所在地である。さいたま市の「さ」の字体は、2画目と3画目が連続した字体（「ち」の鏡文字）を正式としており、フォントによっては作字もした上で市報などの活字を全て統一しているが、市民などが住所を表記する際にはどちらでも構わないとしている。
市名公募の結果では、『さいたま市』という名称は2位であり、1位は漢字の『埼玉市』であった。また合併を構成する各市の名称を用いる案は『大宮市』が3位、『浦和市』が6位、『与野市』は100位以内に入らなかった。公募後、新市名検討委員会は『埼玉市』（公募1位）・『さいたま市』（2位）・『彩都市』（5位）・『さきたま市』（7位）・『関東市』（37位）の5案を市名候補とした。しかしその後の議論では『さいたま市』を推す浦和市・与野市に対し、大宮市がこの5案になかった『大宮市』（公募3位）を主張した。最終的に大宮市は新市の事務所（市役所）の位置について、「さいたま新都心周辺地域が望ましいとの意見を踏まえ、将来の新市の事務所の位置についての検討や庁舎建設基金を創設を行う」旨を合併協議書に盛り込ませることで、この主張を取り下げた。
『埼玉』の地名は、本来は埼玉郡埼玉村（現在の行田市大字埼玉〈さきたま〉）に由来している。この事から、『埼玉』の由来とは無縁で、北足立郡に属する本地域にできた市が『埼玉』『さいたま』を称する事には、「僭称地名だ」とする否定的な意見がある。また、行田市から、行田市周辺が将来合併する時に用いる可能性があるからという理由で新しい名称に『埼玉』『さいたま』を使わないで欲しいという要望も出たが、これはすでに浦和市・大宮市・与野市合併協議委員会の新市名発表の後であり、考慮されなかった（なお、さいたま市発足後に合併した旧岩槻市は南埼玉郡に属する）。 単に市名をひらがなにする事に対しては、同時期に合併が行われた『東かがわ市』『さぬき市』（いずれも香川県）などと共に批判も多い。だが、この『さいたま市』『東かがわ市』以後、全国各地でひらがな名称の市町村や企業が続々と誕生している。なお、中国語などでの表記は『埼玉市』である。
このほか、区名についても批判がある。
名称選定までの推移
1997年（平成9年）
12月18日 - 任意協議会「浦和市・大宮市・与野市合併推進協議会」が設置される。
1998年（平成10年）
4月15日 - 新市の名称の議論を付託された「第2小委員会」が設置される。
10月30日 - 3市の市民代表・学識経験者・マスコミ関係者で構成される「浦和市・大宮市・与野市新市名検討委員会」が設置される（会長:兵藤?埼玉大学学長）。
1999年（平成11年）
8月31日 - 第14回第2小委員会開催。新市名検討委員会の報告に基づき、市名の公募の実施が合意される。
2000年（平成12年）
1月10日 - 市名の公募が実施される。期限の2月18日までに全国から67,665件、8,580種類の応募がなされる。
3月26日 - 新市名検討委員会での検討の結果、『埼玉市』（公募1位）・『さいたま市』（2位）・『彩都市』（5位）・『さきたま市』（7位）・『関東市』（37位）の5案が市名候補として選考され、第2小委員会委員長及び小委員会に報告される。
4月4日 - 第22回第2小委員会が開催。浦和市・与野市から『さいたま市』（公募2位）、大宮市から『大宮市』（3位）の2つの市名案が提案される。尚、『大宮市』の名称は新市名検討案の市名候補5案にはないものだった。
4月11日 - 第23回第2小委員会が開催。『埼玉』などの名称を使用しないで欲しいとする要望書を提出した、行田商工会議所会頭・行田市埼玉地区自治会連合会会長が招聘される。
4月17日 - 第25回第2小委員会が開催。新市名を『さいたま市』とすることが合意される。
4月24日 - 第21回合併推進協議会が開催。新市名を 『さいたま市』（公募2位）とする旨委員長報告があり、議案が提出。即日議決される。
4月29日 - 法定協議会「浦和市・大宮市・与野市合併協議会」が設置される。
応募総数67,665件、うち無効269件
順位市名応募件数順位市名応募件数
1位埼玉市7,11711位浦野宮市920
2位さいたま市3,82112位和野宮市875
3位大宮市3,00813位埼京市827
4位彩玉市2,58814位新埼玉市771
5位彩都市2,49515位彩の国市685
6位浦和市1,82116位大浦野市579
7位さきたま市1,37417位彩央市506
8位大和野市1,13118位宮野浦市488
9位彩京市1,02519位氷川市486
10位彩市96220位大野浦市479
37位関東市217
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以下の10区で構成される。「区の色」は市内の小中学生から募集し、区のイメージカラーとして2005年4月に制定された。市の広報誌やポスター等に使用されている。
旧大宮市
西区（■あお）
北区（■ふかみどり）
