進化（しんか、英：evolution）とは、生物の遺伝的形質が世代を経る中で変化していく現象のことである。この場合の生物の単位は、実質的な繁殖集団（メンデル集団）であり、種ではない[1]。
遺伝現象は、生物において子が親と同じ形質を持つことを証明したが、にもかかわらず長期的視野では生物はその形質を次第に変えてゆくものと考えられている。たとえばヒトは類人猿的動物からいくつかの中間段階を経て現在の姿になったと考えられている。このような変化を進化と言う。
進化によって生物は多様化し、現在に見られる複雑な生き物は初期の単純な生命体から生じたと考える。進化は、チャールズ・ダーウィンなど複数の博物学者が動物や植物の分類学的な洞察から導きだした仮説から始まった。現在の自然科学ではこの説を裏付ける証拠が、形態学、遺伝学、比較発生学、分子生物学などさまざまな分野から提出されており、実証しづらい現象ではあるが、進化はほぼ確実に起こってきたことである、と認められている。
進化論の歴史・進化論と宗教などについての詳細は、進化論の項目を参照のこと。
目次
1 進化の根拠
1.1 比較解剖学から
1.1.1 収斂
1.1.2 適応放散
1.2 分布と分類から
1.3 古生物学に関わる事柄
1.4 生命の起源にかかわって
2 進化の実体
3 進化のしくみ
4 新しい形質の出現
4.1 遺伝子
4.2 自己組織化
5 形質の固定と消失
5.1 自然選択
5.2 遺伝的浮動
6 小進化と大進化
6.1 小進化
6.2 大進化
6.3 形態の長期的安定化と断続平衡説
7 進化に関する誤った理解
7.1 その他の誤解
8 関連項目
9 参考文献
10 外部リンク
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進化が実際にあった事柄であるとの判断は、生物学のさまざまな分野から得られた知見によるものである。
比較解剖学は、主として動物において、体の内部構造を把握し、それをさまざまな種の間で比較しながら、外見だけではわからないような、その構造の意味を説き明かしてきた。
その結果、根本的に全く内部構造の異なる器官が、外見が表面上よく似たものになることがあり、しかもそれが同じ機能を果たすケースがあることを見つけた（脊椎動物の目とイカなど軟体動物の目など）。このような相似器官が見つかったことで、ほとんどの場合において、一つの機能を実現するのには何通りもの解決法があることが示され、生命にとって普遍的な特性がすべて必要であるという説は信じがたくなった。このことはまた、ある特定の機能を果たすためには、本来異なった部位であっても、同じ目的にあわせると、どうしても外見上の類似を生ずるのだろう、と言うこともできる。このように見たとき、この現象を収斂という。
さらにまた、同じような内部構造の器官が、まったく異なる機能を実現している例（相同器官）も明らかになった。脊椎動物の四肢は、相同器官の好例である。たとえば脊椎動物の二つの種の前足を比較したとき、基本的に共通の構造が明確に認められ、その構造がそれらの生物種が分岐する前の共通の祖先に存在して、そこからその両者のような外見的違いが派生したことを強く示唆するのである。具体的に見れば、われわれヒトの前足は手と呼ばれ、全体に長く、指は長くてよく曲がり、ものを掴める。イヌの前足は指が短く、全体に丸まり、肉球がある。クジラのそれは見かけ上は指がなく、どう見ても魚のヒレにしか見えない。ところが、それぞれを骨格で比較すれば、肩の骨からつながった骨の配置は、指の形や数に違いがあるとしても、全体としては共通している。それを解釈する方法として、共通の祖先がいて、そこから生活の違いに応じて適応し、その使い方の違いによって変化していったのだと見る訳である。なお、このように共通祖先がさまざまな環境への対応として、多様な姿に変化した現象を適応放散と呼ぶ。
地球上の様々な地域では、ほぼ同じものが見られる場合もあるが、それぞれに異なった生物が見られる。これは生物地理学の分野である。その立場からは、そのような地域ごとの差がどのように生じたのか、という問いかけを生むことになる。興味深いのは、それぞれが全く異なっていることはまれで、大抵は類似しているが異なる、という形が見られることである。また、これを生物個々から見れば、分布の狭いものや広いものがあることがわかる。それらは分類学の材料を提供するものであるが、たとえばクマの仲間はアフリカを除く世界中に分布し、それぞれに様々な種に分かれるが、概して高緯度のものほど体が大きい（ベルクマンの法則）。