特別会計（とくべつかいけい）とは、国または地方公共団体の官庁会計において、一般会計とは別に設けられる、独立した経理管理が行なわれる会計のことをいう。略称は「特会（とっかい）」。
各特別会計ごとに予算をもち、一般会計における単一予算主義の原則に対する例外となっている。単一予算主義の原則とは、国・地方公共団体の会計について、すべての歳入・歳出などを単一の会計で経理する原則をいう。しかし、特定の歳入（特定の税収・登記印紙などの特定財源、財政投融資資金、特別公債・政府証券など）をもって特定の事業を行なう場合、この原則に固執すると、かえって個々の事業の収支損益や資金管理などが不明となり、好ましくない場合がある。そのようなことを避けるため、例外的に一般会計から切り離して独立の会計を設けて経理を行うのが特別会計である。もっとも、一般会計から特別会計への繰り入れもあるため、完全に独立しているわけではない。
目次
1 法的根拠
2 特別会計の種類
2.1 国における特別会計
2.1.1 事業特別会計
2.1.2 資金特別会計
2.1.3 区分経理特別会計
2.2 地方公共団体における特別会計
3 特別会計の経理
4 国における特別会計改革
5 関連項目
6 外部リンク
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法的根拠
国・・・財政法 ⇒第13条
国が特定の事業をおこなう場合、特定の資金を保有してその運用をおこなう場合、その他特定の歳入を以て特定の歳出に充て一般の歳入歳出と区分して経理する必要がある場合に限り、法律を以て、特別会計を設置するものとする（財政法第13条第2項）。
地方公共団体・・・地方自治法 ⇒第209条
特別会計は、普通地方公共団体が特定の事業をおこなう場合、その他特定の歳入をもつて特定の歳出に充て一般の歳入歳出と区分して経理する必要がある場合において、条例でこれを設置することができる（第209条第2項）。
平成20年度現在、国には21の特別会計がある。平成20年度当初予算においては、特別会計の歳出額は約368兆円となっている。これは単純に各会計を足した総額であり、他の会計との重複を除いた純計額は約178兆円である。
国の特別会計は、事業特別会計、資金特別会計、区分経理特別会計の3種のみが認められている（財政法13条2項）。
事業特別会計とは、特定の事業をおこなう場合に設置される。平成20年度には16種類の事業特別会計がある。
この16種類は、便宜上、企業・保険事業・公共事業・行政的事業・融資事業の5つの区分に分けることができる。
企業
国有林野事業特別会計（農林水産省所管）
保険事業
地震再保険特別会計（財務省所管）船員保険特別会計（厚生労働省所管）年金特別会計（厚生労働省所管）基礎年金勘定、国民年金勘定、厚生年金勘定、福祉年金勘定、健康勘定、児童手当勘定、業務勘定労働保険特別会計（厚生労働省所管）労災勘定、雇用勘定、徴収勘定農業共済再保険特別会計（農林水産省所管）再保険金支払基金勘定、農業勘定、家畜勘定、果樹勘定、園芸施設勘定、業務勘定森林保険特別会計（農林水産省所管）漁船再保険及び漁業共済保険特別会計（農林水産省所管）漁船普通保険勘定、漁船特殊保険勘定、漁船乗組員給与保険勘定、漁業共済保険勘定、業務勘定貿易再保険特別会計（経済産業省所管）
公共事業
社会資本整備特別会計（国土交通省所管）治水勘定、道路整備勘定、港湾勘定、空港整備勘定、業務勘定
行政的事業
登記特別会計（法務省所管）特定国有財産整備特別会計（財務省所管）国立高度専門医療センター特別会計（厚生労働省所管）食料安定供給特別会計（農林水産省所管）農業経営基盤強化勘定、農業経営安定勘定、米管理勘定、麦管理勘定、業務勘定、調整勘定特許特別会計（経済産業省所管）自動車安全特別会計（国土交通省所管）保障勘定、自動車検査登録勘定、自動車事故対策勘定
融資事業
なし（廃止された融資事業を行なっていた特別会計の資金は統合された先の特別会計の勘定の中で管理されている。また、特別会計資金を用いる個々の事業で融資事業への資金貸付・出資を行なっているものがある。）
省庁別区分
法務省
登記特別会計
財務省
地震再保険特別会計
特定国有財産整備特別会計
厚生労働省
年金特別会計
船員保険特別会計
労働保険特別会計
国立高度専門医療センター特別会計
農林水産省
農業共済再保険特別会計
漁船再保険及び漁業共済保険特別会計
森林保険特別会計
国有林野事業特別会計
食料安定供給特別会計
経済産業省
貿易再保険特別会計
特許特別会計
国土交通省
社会資本整備特別会計
自動車安全特別会計
資金特別会計とは、特定の資金を保有してその運用を行う場合に設置される。すべて財務省所管の特別会計であり、資金特別会計は2種類ある。財政投融資資金特別会計財政融資資金勘定、投資勘定外国為替資金特別会計
区分経理特別会計（または単純特別会計）とは、他の会計と区分する必要がある場合に設置される。区分経理特別会計には3種類ある。